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訪問者数 940      最終更新 2011-08-18 (木) 15:46:49

11/08/10 AB1ファイル(ABIF)の解読 

拡張子 AB1 (AB-one) や ABI (AB-ai) の付いたファイルは、Applied Biosystems社の 3100/3130/3500/3730 (xlを含む)シーケンサの出力として得られるデータで、 下記の資料にある書式を持つ、バイナリファイルである。

http://www6.appliedbiosystems.com/support/software_community/ABIF_File_Format.pdf

fileサンプルデータ(東邦大学理学部生物分子科学科岸本准教授のご好意による)

フォーマットにのっとって実データを解釈してみよう。

ヘッダー部分の解釈

フォーマットを簡単に整理すると、

ABIFformat.png

このようにして、データを読み取ることができる。 サンプルプログラムをfilereadabif.cに掲げる。あくまでサンプルである。

データの解釈

ABIFの情報は、シーケンスに関する値が書かれており、それは次のようなタグに対応する。(一部のみ紹介)

追加情報


添付ファイル: fileABIF.ab1 254件 [詳細] fileABIFformat.png 269件 [詳細] filereadabif.c 427件 [詳細]

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Last-modified: 2011-08-18 (木) 15:46:49 (2313d)