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アクセス数 77   このページの最終更新 2017-09-20 (水) 15:34:42

Mac OSX上の環境設定

このプログラムはPython version3 プログラミング言語で書かれています。
そのための動作環境を整える必要があります。概略は

これらの導入作業は、ターミナル画面で行います。ターミナル画面はLaunchPadの「その他」の中に「ターミナル」があるので、それを起動してください。

Python3を導入するのに必要なツールの導入

HomeBrewを導入します。ターミナル画面のコマンドプロンプト「$」の後に、次の行をペーストして、Return(Enter)キーを押してください。

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

Python3本体の導入

上記で導入したHomeBrew (brewコマンド)を使って、Python version3パッケージを導入します。

brew install python3

python3の「3」を忘れないこと。これが重要です。

python3が無事に導入できたかどうかを、次のコマンドで確認します。

python3 -V

「V」は大文字です。これで、バージョン番号が Python 3.*.* (たとえばPython 3.6.2)と表示されればOKです。
なお、「3」を書かずに python -V とすると、Python 2.*.* (たとえばPython 2.7.5)のように表示されます。つまり、pythonとだけ指示すればver2が、python3と指示すればver3が使える状態になったわけです。

追加パッケージの導入

Pythonは、いろいろなパッケージを追加することで、機能が増えていろいろなことができるようになっています。面倒ですが、いくつかのパッケージを追加してください。

追加は基本的にpip3というコマンド(これも「3」でPython ver3対応になります)で行います。

本体プログラムの導入

本体プログラムのファイルは、

fileabifread.zip

をダウンロードしてください。適当なところへ解凍してください。フォルダabifreadの中にファイルが2つ

あるはずです。このabifreadフォルダを、Macのアプリケーションフォルダ(/Applications)の下に持ってきます。

使い方

まず、作業フォルダを作りましょう。仮にデスクトップの中に1つフォルダ「work」を作ったとします。

その作業フォルダに、中を見たいABIFファイル(xxxx.ab1ファイル)を置きます。

ここまでできたら、アプリケーションフォルダ内のabifreadフォルダ下のabifread.appを(ダブルクリックで)起動します。最初の起動時は「ネットワークから持ってきたので起動できません」と言われるかもしれませんが、この時はダブルクリックの代わりにCtrl-右クリックし、メニューで「開く」をクリックします。これによって起動できます。

起動したら、ファイル選択画面が出ます。ファイルは複数選択できるようになっていますが、1つだけしか処理できません。

実行は比較的短時間で終わります。いくつかの出力ファイルができたら終わりです。「終わりました」というメッセージが画面上に出ます。。

ファイルはたくさん作られますが、興味があるのは ****PKVAL.csv だと思います。CSV形式なので、Excelで見ることができます。

元々は4チャンネル(AGCT)のピーク値をロケーションに合わせて(ソートして)書き出したものですが、併せてQuality値(QVALファイルと同じ内容)とUser Edited Sequence(修正されたAGCT、PBAS)、Max Value Sequence(4チャンネルのうち最大のAGCT)を追加してあります。

出力ファイルを一応全部説明すると、元のABIFデータファイル ****.ab1 に対して

参考


添付ファイル: fileabifread.zip 23件 [詳細]

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Last-modified: 2017-09-20 (水) 15:34:42 (84d)