ノート/ノート
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ノート/解析支援_2017-01-15

お勉強記事

FastQCでの品質解析

参考

本家は

Trimmomaticによるアダプタートリミング

Platanusによるアセンブリ

Bowtie2によるマッピング

GATK (Genome Analysis Toolkit)

HaploTypeCaller

変異・多型検出? GATKの一部らしい

nspEff

snpEffとは、SNVやIndelなどの変異にアノテーション付けをしてくれるソフトの事です。

Integrative Genomics Viewer

TIGER2

TCC

GSA GO・Path解析

EQTL (expression quantitative trait loci, expression quantitative trait locus) 発現定量的形質遺伝子座

TWAS


G/C含量

コドン使用頻度

01-17 追加メモ


Bachillus cereusの場合

全308件をチェック、そのうち18件にOptimal Temperature記述あり。ほとんど役立たず?

Bacillusの場合

全210件をチェック、そのうち8件にOptimum Temperature記述あり。

Bacillus licheniformisの場合

全42件をチェック、そのうち2件にOptimum Temperature記述あり。

Bacillus subtilisの場合

全135件をチェック、そのうち19件にOptimum Temperature記述あり。

Escherichia coliの場合

Genome Referenceのページ から Escherichia coli 
全部で5400件のうち、先頭の200件だけチェック。そのうち20件にOptimum Temperature記述あり。ほとんど37C。

何ができる?

16S rRNA系統解析


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Last-modified: 2017-01-29 (日) 16:42:51 (238d)