ノート/ノート
訪問者数 94      最終更新 2017-04-11 (火) 09:16:24

ノート/breseq/チュートリアルを試す1 > ノート/breseq/チュートリアルを試す2 > ノート/breseq/UT-Austinの進化データを試す
ノート/breseq/Multi-Isolate1 > ノート/breseq/Multi-Isolate2

breseq Multi-Isolate その2 2017-04-01

DDBJから、multi-isolateのプロジェクトを探して、breseq処理をしてみる、の続き

出発点は、multi-isolateだと変異の同定が難しいのではないか、と言う疑問。

PRJDB4303のデータをマップしてみる

DRASearch の結果、たくさんのサンプルがあることが分かる。

そもそも元の実験の記述をDRA004267.study.xml で見ると、

Recent rapid increase in ESBL-producing Enterobacteriaceae isolate is closely related to the emergence and worldwide spread of Escherichia coli ST131 clone. Of the ST131 clone, CTX-M-15-producing H30Rx subclone has been identified as the responsible subclone of this pandemic. In this study, we investigated clinical ESBL-producing E. coli ST131 isolates in Japan using whole genome sequencing and comaparative genomic analysis to define responsible subclones spread in Japan.

論文は Global Escherichia coli Sequence Type 131 Clade with blaCTX-M-27 Gene で、

One of the surveillance programs collected ESBL-producing E. coli isolates during 2001–2010 at 10 acute-care hospitals in the Kyoto and Shiga prefectures of Japan (6); the other program collected all E. coli isolates during December 2014 at 10 acute-care hospitals in the 5 prefectures in central Japan. ST131 isolates were identified by PCR specific for mdh and gyrB alleles, O25b or O16 rfb variants, fimH allele, and H30Rx status (6). The selection process of the Japanese ST131 ensured equal representation by geographic location, specimen type, and date of isolation.

We used the Nextera XT DNA sample preparation kit (Illumina, San Diego, CA, USA) to prepare libraries for sequencing. Samples were multiplexed and sequenced on an Illumina MiSeq for 600 cycles (300-bp paired-end) or NextSeq500 for 300 cycles (151-bp paired-end). The ST131 genomes were sequenced at an average depth of 44.03 (SD ± 14.70) and an average coverage of 97.73% (SD ± 0.93%) using the 5,109,767-bp EC958 chromosome as previously described (16).

ということなのだけれど、勉強不足で、良くは分からないです。

リードデータのダウンロード

DRASearch の DRA004266.experiment.xml の行から、Accessionのリンクをたどる。まとめて見るには ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/ が簡単かも。

それぞれのDRXのリンクの先にFASTQのリストが(2つずつ)貼ってあるので、それらをダウンロードする。

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045886/DRR050994_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045886/DRR050994_2.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045887/DRR050995_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045887/DRR050995_2.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045888/DRR050996_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045888/DRR050996_2.fastq.bz2

これも大変なので、まとめてwgetしてしまおう。

wget -r ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/

FastQCとBreseq

DRR050994DRR050994_1_fastqcDRR050994_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR050995DRR050995_1_fastqcDRR050995_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR050996DRR050996_1_fastqcDRR050996_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR050997DRR050997_1_fastqcDRR050997_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR050998DRR050998_1_fastqcDRR050998_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR050999DRR050999_1_fastqcDRR050999_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051000DRR051000_1_fastqcDRR051000_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051001DRR051001_1_fastqcDRR051001_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051002DRR051002_1_fastqcDRR051002_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051003DRR051003_1_fastqcDRR051003_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051004DRR051004_1_fastqcDRR051004_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051005DRR051005_1_fastqcDRR051005_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051006DRR051006_1_fastqcDRR051006_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051007DRR051007_1_fastqcDRR051007_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051008DRR051008_1_fastqcDRR051008_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051009DRR051009_1_fastqcDRR051009_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051010DRR051010_1_fastqcDRR051010_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051011DRR051011_1_fastqcDRR051011_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051012DRR051012_1_fastqcDRR051012_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051013DRR051013_1_fastqcDRR051013_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051014DRR051014_1_fastqcDRR051014_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051015DRR051015_1_fastqcDRR051015_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051016DRR051016_1_fastqcDRR051016_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051017DRR051017_1_fastqcDRR051017_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051018DRR051018_1_fastqcDRR051018_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051019DRR051019_1_fastqcDRR051019_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051020DRR051020_1_fastqcDRR051020_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051021DRR051021_1_fastqcDRR051021_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051022DRR051022_1_fastqcDRR051022_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051023DRR051023_1_fastqcDRR051023_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051024DRR051024_1_fastqcDRR051024_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051025DRR051025_1_fastqcDRR051025_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051026DRR051026_1_fastqcDRR051026_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051027DRR051027_1_fastqcDRR051027_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051028DRR051028_1_fastqcDRR051028_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051029DRR051029_1_fastqcDRR051029_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051030DRR051030_1_fastqcDRR051030_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051031DRR051031_1_fastqcDRR051031_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051032DRR051032_1_fastqcDRR051032_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051033DRR051033_1_fastqcDRR051033_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051034DRR051034_1_fastqcDRR051034_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051035DRR051035_1_fastqcDRR051035_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果
DRR051036DRR051036_1_fastqcDRR051036_2_fastqcbreseq with REL606の結果breseq with ST131の結果

ST131のマップ済みgenome sequenceを探す

この辺 から この辺 を見て この辺 で探す。

最終的に /genomes/all/GCA/000/681/435/GCA_000681435.1_IEH71520_1.0 のインデックス で、 GCA_000681435.1_IEH71520_1.0_genomic.gbff.gz をダウンロード。


トップ   編集 凍結 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2017-04-11 (火) 09:16:24 (79d)