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訪問者数 63      最終更新 2017-03-31 (金) 16:15:12

Platanusまとめ 2017-03-31

Platanusイントロ

トップページ
Platanus Assembler 書いてあることはほぼ同じ
Platanus is a novel de novo sequence assembler that can reconstruct genomic sequences of highly heterozygous diploids from massively parallel shotgun sequencing data.

tips & usage
To get good statistical results, mate-pair library sequences are indispensable. We received many claims and questions of poor assembling results. However, in almost all cases, only paired-end sequences were inputted. Except in the case of assembling very simple and small size genomes, it is impossible to get good results without using a mate-pair library.

インストールは、ダウンロードページ http://platanus.bio.titech.ac.jp/platanus/?page_id=14 からソースでダウンロード、README.txtに従って、make して終わり。 バイナリを、見えるように/usr/local/bin/からシンボリックリンクを貼っておく。

トライアル

PlatanusのTips & Usageのページにも簡単なPlatanus Tutorialがある。

Tutorialにあるように、DRP002483:https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=DRP002483から、Experiment DRX019819 のFASTQを開いて、

を得る。同様に、Experiment DRX019820 のFASTQを開いて、

を得る。

トライアル2

ここではJSTバイオサイエンスデータベースセンターのH28年度 NGSハンズオン講習会カリキュラム(門田先生方)での 第2回目「第1部統計解析」の「ゲノム解析・塩基配列解析」の スライド27〜31にある手順で試してみる。 ただし、DDBJパイプラインサービスを使わず、自前でダウンロードして行う。

DDBJのDRA Searchから DDR024501 を探してダウンロード。

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_1.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_2.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_2.fastq.bz2

Step 1) Assembly

platanus assemble -t 15 -m 120 -o out -f DRR024501_1.fastq DRR024501_2.fastq

  fileAssemblyのログ

Step 2) Scaffold

platanus scaffold -o out -c out_contig.fa -b out_contigBubble.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8

  fileScaffoldのログ

Step 3) Gap_Close

platanus gap_close -o out -c out_scaffold.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8

  fileGap_Closeのログ


添付ファイル: fileDRR024501_GapCloselog.txt 18件 [詳細] fileDRR024501_Scaffoldlog.txt 24件 [詳細] fileDRR024501_Assemblylog.txt 23件 [詳細]

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Last-modified: 2017-03-31 (金) 16:15:12 (83d)