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アクセス数 3585   このページの最終更新 2015-08-11 (火) 10:10:12

参考

FCS20extプログラム

FCS20extPプログラム新版 (Python version) (2015-08-07) [#w08c4b8f]

Pythonバージョンは、上記のVersion 0.2 for Macを,C言語からPython言語に移し、 同時に他のPythonプログラムとの連携を容易にしたもの。
 ⇒ フローサイトメトリー支援−Python編

Rを用いた結果表示支援 freqcount

Version freqcount.R (2009/01/15)

FSC20extプログラム(上記)の出力は、下記のようなCSV形式であるが、それを入力として、頻度分布を積算する。

FSC-H,SSC-H,FL1-H,FL2-H,FL3-H,FL1-A,FL1-W,
 626, 611, 566, 300, 308,  35,   0,
 478, 581, 526, 341, 321,  24,   0,
 562, 618, 597,  32, 263,  69,  28,
 505, 577, 495, 115, 225,  28,   0,
 586, 620, 643, 436, 278,  85,  38,
 547, 623, 604, 465, 144,  57,   0,
 592, 617, 644,   0, 215,  89, 111,
 608, 576, 568,  63, 128,  50,   0,

具体的には、上記入力から2つの欄(x,y)を指定し(FSC-HとSSC-H、またはFSC-HとFL1-H)、 それらを2軸に取った頻度分布図を描く。
それぞれの値は定義域が0〜1023であるので、それをnperiods個の区間に分割する。 たとえばnperiods=64とすれば、1024/64=16ずつ([0,15], [16,31], [32,48], ...)を 区間とする64個の区間に分割する。
上記入力データが各区間に落ちる頻度を積算する。たとえば入力(35,23)は、 xは区間2=35/16に、yは区間1=23/16に落ちるので、領域(2,1)に1を積算する。
このようにして積算したnperiods×nperiodsの頻度分布を、Rによって図示する。 頻度は色で表す。(Rには等高線で3次元的に表す機能もあるが、ここでは色別表示)

前提条件

起動方法

実行するためには

起動時のオプション指定

Version freqcountNR.R (2010/03/10)

上記のプログラムに、雑音除去の機能を追加した。雑音除去のパラメタは入力データによって調整する必要があるので、動作を対話的にして調整できるようにした。

雑音除去の方法として、次の3つを準備してある

前提条件

起動方法 (2009版に比べて、どの欄(SSC, FL1, ...)を処理するかをオプションで指定するようにした)

実行するためには

起動時のオプション指定 (2009版に比べて、データ欄名を追加したこと、雑音除去用のパラメタが増えたこと、デフォルト値を一部修正したこと、が主な変更)

実行中(起動後)のパラメタ変更入力

実行中(起動後)のパラメタ変更入力は、次のようにして行う。
  「 最高(h 0.2), 周下限(sq 3), Z下限(zl 2), X下限(xl 1), ...(途中略)... 出力(w), 終了(q)⇒ 」   というパラメタ入力促進メッセージが出る。
  これに対して、次のようなパラメタを指定する事が出来る。但し、1回に1つのパラメタしか指定できない(1つ指定してEnterを押し、表示させる)。
  下記のいずれかを入力した後Enterキーを押すと、パラメタが変更され、それに基づいて計算しグラフを表示する。

雑音除去のパラメタを、対話的に設定する例:

>fcount_data("100113 24h 40C +20-1_limit.csv", data="SSC", nperiods=256, levelmax=0.2)
最高(h 0.2), 周下限(sq 3), Z下限(zl 2), X下限(xl 1), X上限(xu 256), Y下限(yl 1), Y上限(yu 256), 編集(e), 出力(w), 終了(q)⇒sq 3
[1] "Peak Level =  0.576"
最高(h 0.2), 周下限(sq 3), Z下限(zl 2), X下限(xl 1), X上限(xu 256), Y下限(yl 1), Y上限(yu 256), 編集(e), 出力(w), 終了(q)⇒h 0.1
[1] "Peak Level =  0.576"
最高(h 0.1), 周下限(sq 3), Z下限(zl 2), X下限(xl 1), X上限(xu 256), Y下限(yl 1), Y上限(yu 256), 編集(e), 出力(w), 終了(q)⇒zl 1
[1] "Peak Level =  0.532"
最高(h 0.1), 周下限(sq 3), Z下限(zl 1), X下限(xl 1), X上限(xu 256), Y下限(yl 1), Y上限(yu 256), 編集(e), 出力(w), 終了(q)⇒

下記の図は、雑音除去の進行の様子を写したものである。

manualpic_all.jpg
manualpic_additional.jpg

添付ファイル: filefcs20ext_v02_forMac_source.zip 130件 [詳細] filefcs20ext_v02_forMac.zip 138件 [詳細] filefcs20ext_v02_forMac_source.zip_old 62件 [詳細] filefcs20ext_v02_forMac.zip_old 43件 [詳細] filemanualpic_additional.jpg 260件 [詳細] filefreqcountNR_mac.R 229件 [詳細] filefreqcountNR_mac.R_OLD 84件 [詳細] filefreqcount.R 399件 [詳細] filefreqcountNR.R 358件 [詳細] filemanualpic_all.jpg 264件 [詳細] filenoisereduction1.jpg 157件 [詳細] filenoisereduction2.jpg 150件 [詳細] filefcs20ext_v01_forMac_source.zip 472件 [詳細] filefcs20ext_v01_forMac.zip 506件 [詳細] filefcs20ext_v01_source.zip 466件 [詳細] filefcs20ext_v01.zip 495件 [詳細] filefcs20ext_v0.zip 764件 [詳細] filefcs20ext_v0_source.zip 574件 [詳細]

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