山内の授業のページ
アクセス数 1429  このページの最終更新 2009-12-18 (金) 10:24:49

12/18 【期末レポート課題】  今日の授業で、期末レポート課題をアナウンスしました。⇒ filebif09_final.pdf    なお、1/8はレポート作成のための自習とします。

11/20 【レポート課題3を追加】 今日の授業で予告した「レポート課題3」(系統樹アルゴリズムのプログラミング)の内容を、第8回「進化系統樹(2)」のページに掲載しました。入力ファイルをアップしたと同時に、出力の表示プログラム(ダウンロードして使う)についても触れておきました。不明の点はメール等で質問してください。締切は12/04とします。

2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論

金曜日 1限

【注意】 4月配布のシラバスの内容から多少変更があるので、よく注意すること

授業の目的

このクラスでは、情報科学の眼から見たバイオインフォマティクス(生命科学への情報科学・情報処理の応用)を概観し、およそどのような分野であるか、またどのような情報科学・技術が求められてきたのか、を理解する。その最終目的は、情報技術者としての応用分野との関わり方を、生命科学を例題分野として、掴み取ることである。

前提知識

授業スケジュール(as of 2009/09/18)

シラバスから若干の変更があるので注意。

テーマ内容教科書
109/25バイオインフォマティクス総論(分子)生物学の概観、情報処理第1章
210/02配列アラインメント(1)ペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント2.1〜2.4
310/09配列アラインメント(2)ペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント2.1〜2.4
410/16配列アラインメント(3)ホモロジー検索・マルチプルアラインメント2.5〜2.6
510/23配列解析(1)モチーフ・HMM・カーネル法3.1〜3.3
610/30配列解析(2)ゲノム配列推定・ゲノム再構成 3.4〜3.5
711/13進化系統樹推定(1)系統樹・距離行列法4.1〜4.3
811/20進化系統樹推定(2)最節約法・進化の確率モデル・評価と比較4.4〜4.6
911/27高次構造解析(1)RNA2次構造予測・構造比較5.1〜5.2
1012/04高次構造比較(2)タンパク質立体構造予測5.3
1112/11ネットワーク解析(1)遺伝子発現解析・遺伝子ネットワーク6.1〜6.2
1212/18ネットワーク解析(2)タンパク相互作用推定・ネットワーク構造解析6.3〜6.4
1301/08文献情報とテキストマイニング
1401/15(未定)

授業の進め方・評価・教科書などについて

授業の進め方:

教科書: (シラバスより変更あり)

参考書: いずれも、図書館にある。その他、授業中に必要に応じて紹介する。

評価 (シラバスより変更あり)

オフィス・アワー

メモ: 清水謙多郎先生の資料


添付ファイル: filebif09_final.pdf 417件 [詳細]

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Last-modified: 2009-12-18 (金) 10:24:49 (2836d)