山内の授業のページ
アクセス数 1866  このページの最終更新 2011-06-27 (月) 11:34:05

学期内のレポート課題は3回を想定していましたが、適当な課題にならないので、2回のみにします。

学期末のレポート課題を準備しました。 ⇒ file期末課題.pdf

2011年春学期 バイオインフォマティクス基礎論

火曜日 4限

授業の目的

「バイオ」(生物学・生命科学)を適用の中心分野としたときの、「インフォマティクス」(情報学 〜 大量のデータから意味ある情報を知的処理によって抽出)のさまざまな手法・原理を学ぶ。

前提知識

授業スケジュール(as of 2011/02/22)

テーマ内容教科書
104/05バイオインフォマティクス総論file(分子)生物学の概観、情報処理第1章
204/12配列アラインメント(1)fileペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント2.1〜2.4
304/19配列アラインメント(2)fileホモロジー検索・マルチプルアラインメント2.5〜2.6
404/26配列解析(1)fileモチーフ・HMM・カーネル法3.1〜3.3
505/10配列解析(2)fileゲノム配列推定・ゲノム再構成 3.4〜3.5
605/17進化系統樹推定(1)file系統樹・距離行列法4.1〜4.3
705/24進化系統樹推定(2)file最節約法・進化の確率モデル・評価と比較4.4〜4.6
805/31高次構造解析・比較fileRNA2次構造予測・構造比較5.1〜5.2
906/07高次構造推定    fileタンパク質立体構造予測5.3
1006/14ネットワーク解析(1)file遺伝子発現解析・遺伝子ネットワーク6.1〜6.4
1106/21情報のマイニング(1)file文献情報とテキストマイニング
1206/28情報のマイニング(2)fileデータマイニングとテキストマイニング追加
1307/05
1407/12  

授業の進め方・評価・教科書などについて

授業の進め方:

教科書:

参考書: いずれも、図書館にある。その他、授業中に必要に応じて紹介する。

評価

オフィス・アワー

  メモ: 清水謙多郎先生の資料

メモ: JSTバイオインフォマティクス推進センターゲノム解析ツール リンク集

2011年度課題

内容締切
第1回file配列アラインメントプログラミングfileサンプル入力5/17
第2回ClustralWを使って系統樹を書く(下記2010年度分資料参照)下記fastaデータ参照6/7
第3回タンパク質の構造 ⇒ 中止 無しにします
期末期末課題レポートfile期末レポート課題7/19(火)午後5時

2010年度分の第7回進化系統樹(2)演習課題のための資料とデータ例


添付ファイル: fileテキストマイニング.pdf 267件 [詳細] fileデータマイニング.pdf 267件 [詳細] file期末課題.pdf 905件 [詳細] fileネットワーク解析(1).pdf 1963件 [詳細] file高次構造解析(2).pdf 2443件 [詳細] file高次構造解析(1).pdf 1148件 [詳細] file進化系統樹(2).pdf 1987件 [詳細] file進化系統樹(1).pdf 2149件 [詳細] file配列解析(2).pdf 167件 [詳細] filealignmentdata.txt 336件 [詳細] fileアラインメント課題.pdf 828件 [詳細] file配列解析(1).pdf 930件 [詳細] fileアラインメント(2).pdf 1150件 [詳細] fileアラインメント(1).pdf 561件 [詳細] fileバイオインフォ総論.pdf 659件 [詳細]

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Last-modified: 2011-06-27 (月) 11:34:05 (2217d)