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**Mac OSX上の環境設定 [#zecabde9]
このプログラムはPython version3 プログラミング言語で書かれています。~
そのための動作環境を整える必要があります。概略は
-Python version3 (以下Python3)を導入するのに必要なツールの導入 〜 HomeBrewの導入
-Python3自体の導入
-本プログラムで使っている追加パッケージの導入
--numpy

これらの導入作業は、ターミナル画面で行います。ターミナル画面はLaunchPadの「その他」の中に「ターミナル」があるので、それを起動してください。


***Python3を導入するのに必要なツールの導入 [#jbeb3ba2]
HomeBrewを導入します。ターミナル画面のコマンドプロンプト「$」の後に、次の行をペーストして、Return(Enter)キーを押してください。
 /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

***Python3本体の導入 [#v0bcd94f]
上記で導入したHomeBrew (brewコマンド)を使って、Python version3パッケージを導入します。
 brew install python3

python3の「3」を忘れないこと。これが重要です。

python3が無事に導入できたかどうかを、次のコマンドで確認します。
 python3 -V

「V」は大文字です。これで、バージョン番号が Python 3.*.* (たとえばPython 3.6.2)と表示されればOKです。~
なお、「3」を書かずに python -V とすると、Python 2.*.* (たとえばPython 2.7.5)のように表示されます。つまり、pythonとだけ指示すればver2が、python3と指示すればver3が使える状態になったわけです。

***追加パッケージの導入 [#a449d251]
Pythonは、いろいろなパッケージを追加することで、機能が増えていろいろなことができるようになっています。面倒ですが、いくつかのパッケージを追加してください。

追加は基本的にpip3というコマンド(これも「3」でPython ver3対応になります)で行います。
-numpyの追加
ターミナル画面のコマンド入力に、
 pip3 install numpy
と入れてください。正常終了すればnumpyが使えるようになっています。numpyは数値計算のライブラリです。

**本体プログラムの導入 [#v152a29d]
本体プログラムのファイルは、

&ref(abifread.zip);

をダウンロードしてください。適当なところへ解凍してください。ファイルが2つ
をダウンロードしてください。適当なところへ解凍してください。フォルダabifreadの中にファイルが2つ
-abifread.py
-abifread.app

あるはずです。次の使い方にあるように、データを置く作業フォルダと同じところに
コピーしておきます。(美しくないのですが、ファイルが散逸しないための工夫です。)
あるはずです。このabifreadフォルダを、Macのアプリケーションフォルダ(/Applications)の下に持ってきます。

**使い方 [#e84dc42f]

まず、作業フォルダを作りましょう。仮にデスクトップの中に1つフォルダ「work」を作ったとします。

その作業フォルダに、
-中を見たいABIFファイル(xxxx.ab1ファイル)を置きます。
-同時に、プログラムのファイル abifread.app と abifread.pyを同じフォルダに置きます。~
これらはABIFファイルと同じフォルダでなくてもよいので、たくさんのデータを処理したいときには別の所においても構いません。但し、abifread.pyの方は自分のホームディレクトリより下にあることという制限をしてあります。これは人によって違うバージョンの abifread.py を使いたいかもしれないからです。なので、abifread.py はアプリケーションフォルダに入れると見えなくなります。abifread.appの方はアプリケーションフォルダに入れてもOKです。
その作業フォルダに、中を見たいABIFファイル(xxxx.ab1ファイル)を置きます。

ここまでできたら、ABIFファイル (xxxx.ab1ファイル)を、abifread.appの上にドラッグアンドドロップしてください。これによって起動できます。
ここまでできたら、アプリケーションフォルダ内のabifreadフォルダ下のabifread.appを(ダブルクリックで)起動します。最初の起動時は「ネットワークから持ってきたので起動できません」と言われるかもしれませんが、この時はダブルクリックの代わりにCtrl-右クリックし、メニューで「開く」をクリックします。これによって起動できます。

実行は比較的短時間で終わります。いくつかの出力ファイルができたら終わりです。「終わりました」というメッセージは出していません。
起動したら、ファイル選択画面が出ます。ファイルは複数選択できるようになっていますが、1つだけしか処理できません。

ファイルはたくさんできますが、興味があるのは ****PKVAL.csv だと思います。CSV形式なので、Excelで見ることができます。
実行は比較的短時間で終わります。いくつかの出力ファイルができたら終わりです。「終わりました」というメッセージが画面上に出ます。。

ファイルはたくさん作られますが、興味があるのは ****PKVAL.csv だと思います。CSV形式なので、Excelで見ることができます。

元々は4チャンネル(AGCT)のピーク値をロケーションに合わせて(ソートして)書き出したものですが、併せてQuality値(QVALファイルと同じ内容)とUser Edited Sequence(修正されたAGCT、PBAS)、Max Value Sequence(4チャンネルのうち最大のAGCT)を追加してあります。

出力ファイルを一応全部説明すると、元のABIFデータファイル ****.ab1 に対して
-****_RAW.csv  ピークテーブルの値(DATA1〜4)
-****_ANAL.csv  ピークテーブルの値(DATA9〜12)
-****_LOC.csv  ロケーションテーブルの値(PLOC)
-****._QVAL.csv  Qualityの値(PCON)
-****_PKVAL.csv  4チャンネルのピーク値をロケーションに合わせて出力
-****.log  処理のログファイル
-****.plt  GNUplot用のドライバースクリプト
-****.dat  GNUplot用のデータ
を生成します。

**参考 [#daaf47ad]
-[[ノート/シーケンサ出力の解読]]
-[[ABIFファイルのフォーマット記述資料:http://www6.appliedbiosystems.com/support/software_community/ABIF_File_Format.pdf]]

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