[[山内のサイト]]

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**参考 [#n18c9a36]
-[[(ウィキペディア)フローサイトメトリー:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%83%A1%E3%83%88%E3%83%AA%E3%83%BC]]
-[[サイトメトリー(Beckman-Coulter):http://www.bc-cytometry.com/cytometry.html]]
-[[FCMの原理入門講座(Beckman-Coulter):http://www.bc-cytometry.com/FCM/fcmprinciple.html]]
-[[フローサイトメーターFACScanの使用法(滋賀医科大学 医学部附属実験実習機器センター):http://www6.tok2.com/home/yukiso/kyo3/facs/facsgaid/FAgaid.html]]

*FCS20extP(Python版のFCS20ext) プログラム(Mac OSX Yosemite用)  2015-08-07 [#r6f58351]


機能~
 1) FCS測定装置の出力 xxx.001ファイルを入力とし、その内容をCSVファイル形式に出力する~
 2) リミットファイル FCS20.lim に指定された順序に従って、範囲を切り出す~
 3) 個々の切り出し段階の結果について、切り出し範囲内と範囲外の粒子数をカウントする~
 4) すべての切り出しを修了した結果のそれぞれの粒子情報を、CSVファイル形式に出力する

操作~
 1) 入力となる測定データファイル(複数可)と、リミットファイル FCS20.lim を同じフォルダに準備する。~
  リミットファイルの書式は、~
    行先頭が#で始まる行と空行は無視(コメントと見なす)~
    それ以外は、<キーワード><空白><下限値><上限値><改行> と書く。~
    キーワードは、FCS-H, FL1-H, FL3-H など

 2) ファイルfcs20extを右クリック⇒開く。ダウンロード直後の第1回目は保護エラーが出るが右クリック⇒開くを右クリックでよいはず。

 3) 入力となる測定データファイルを選択。複数選択可能。選択すると処理開始。

 4) 出力は、~
  <データファイル名>.csv         全粒子の計測データのCSV形式出力~
  <データファイル名><リミット条件>.csv  すべてのリミット操作後の全粒子データ~
  <データファイル名>_all.csv       フォルダ内の各計測データでの、リミット範囲内粒子数のカウント結果


ダウンロード・インストール~
Zipファイルをダウンロードし、展開する。~
  ⇒ &ref(fcs20view.zip);~
~
内容は、
-起動用AppleScript fcs20ext.app, fcsview.app
-本体Pythonファイル fcs20ext.py, fcs20anal.py, fcs20util.py, fcsview.py
-説明書ファイル(未)
インストールは、これらのファイルを適当な?フォルダにおけば良い。

履歴~
-2015-08-07 バージョン0をアップしました。  &ref(fcs20extP.zip,,実行ファイル);~
前のバージョン([[フローサイトメトリー支援−R編]])との違いは、
--以前のVersion 0.2 for Macのロジックをベースにして、C言語からPython言語に移した
--切り出しを、limitファイルの記述の順番に行い、1行ずつに対して残った粒子数を数える。limitファイルに記述されているすべての記述が終わるまでそれぞれのステップで残った粒子数をリストアップし、ファイルとして出力する。
--切り出し前の粒子と同様に、全ての切り出しの終わった粒子を、CSVファイルとして出力する。

*FCS20extP-v02(Python版のFCS20ext 第2版) プログラム(Mac OSX Yosemite用)  2017-08-15 [#cbde8eb9]

第1版(上記)からの変更点は、AppleScriptのマイナーな仕様変更に対応するための修正。アプリを好きなフォルダに置けるようにすると時々(いつもではない)エラーが出るようになったので、アプリの置き場所を固定。

使用上は、ダウンロード先(セットアップ先)をアプリケーションフォルダ内のfcs20view_ver02 サブフォルダに限定することにした。Python2.7以上が必要。

ダウンロード・インストール~
Zipファイルを <<アプリケーションフォルダに>> ダウンロードし、そこに展開(ダブルクリック)する。~
もしくは、好きなところへダウンロードして展開した後で、つくられたフォルダ「fcs20view_v02」をアプリケーションフォルダにコピーする。(どちらでも良い)~
  ⇒ &ref(fcs20view_v02.zip);~

*クラスタリング+3D表示プログラム [#s26baf56]
機能~
上記出力の全粒子CSVファイルを用いて、これから FCS-H, FL1-H, FL3-H の3次元空間へのプロットを表示する。同時に、k-means法によってクラスタ化を行い、8つのクラスタに色分けをして表示する。結果は通常はPDFファイルに出力する。

操作~
 1) ファイルfcsview を右クリック⇒開く。ダウンロード直後の第1回目は保護エラーが出るが右クリック⇒開くを右クリックでよいはず。

 2) 入力となる粒子CSVファイルを選択。

 3) 出力は、~
  <データファイル名>.pdf         全粒子の計測データのCSV形式出力~
   クラスタには0〜7の番号が付く。凡例には、クラスタ番号、色、クラスタの重心座標、粒子数を表示する~
  <データファイル名>.tab         それぞれのクラスタの重心座標と粒子数を表として保存する

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