![[Toho University]](image/CLogo_Kihon_process.jpg "[Toho University]")
|
ノート/ハックメモhttp://pepper.is.sci.toho-u.ac.jp/pepper/index.php?%A5%CE%A1%BC%A5%C8%2F%A5%CF%A5%C3%A5%AF%A5%E1%A5%E2 |
![[YYLAB]](image/yamanouc2.png "[YYLAB]")
|
|
|
ノート/ハックメモhttp://pepper.is.sci.toho-u.ac.jp/pepper/index.php?%A5%CE%A1%BC%A5%C8%2F%A5%CF%A5%C3%A5%AF%A5%E1%A5%E2 |
|
訪問者数 5135 最終更新 2020-06-04 (木) 15:35:08
＞＞2018年の分 （このページの前）
中野ジェームズ修一が指南！ 自宅でできるエクササイズ動画5選：トピックス：日経Gooday（グッデイ）
ジムに通えないときに自宅でできる筋トレ動画集｜初級〜上級者向け | ライフハッカー［日本版］
無料で同時1000人・最長6時間のオンライン会議ができる「FreeConferenceCall.com」は専用アプリなしでも音声・ビデオ通話に参加できるリモートワークの強力な味方 - GIGAZINE
スペースマーケット | 貸し会議室から球場までレンタルスペース簡単予約
SSL/TLS証明書の「不正発行」を防ぐ多視点ドメイン検証、Let's Encryptが開始：BGP攻撃などを困難に - ＠IT
スマホだけで本格的な動画撮影｜コツを覚えて編集して楽しもう | iPhone格安SIM通信
スマホでの動画撮影の基礎知識、おすすめのテクニックや動画アプリを紹介！ | はいチーズ！clip
ムービーメーカーなき今、Windows 10で動画編集｜大塚商会
上司の友達申請困らない フェイスブックの悩み解消術｜WOMAN SMART｜NIKKEI STYLE
KMNIST／Kuzushiji-MNIST：日本古典籍くずし字（手書き文字）データセット：AI・機械学習のデータセット辞典 - ＠IT
たとえ無職でも友達ができる個人名刺の作り方 肩書は「猫評論家」でも何でもいい | PRESIDENT Online（プレジデントオンライン）
（Deep Insight）動画パワーで強い経営 :日本経済新聞
Seabornの漢字対応：
【Seaborn】日本語を表示する (フォントを変更する) - Qiita
なお、cacheをクリアするのに
import matplotlib matplotlib.font_manager._rebuild()
SSHポート転送VPNで、SAMBAを飛ばす法
スマホのバッテリー残量キャリブレーション等
2020-01-09 隅田川の「歩ける橋」ぜんぶ渡って「一番、がっかりしたこと」 おすすめ「2万5千歩」のモデルコース（withnews） - Yahoo!ニュース
2020-01-09 Makuake｜思うがままに、好きなだけこの1冊に。デジタルノート「 Freno（フリーノ）」｜マクアケ - クラウドファンディング
2020-01-09 ［Pythonチートシート］基本要素編：Pythonチートシート - ＠IT
2020-01-06 これは捗る！ ダイソー店内に貼られた「この汚れには重曹？クエン酸？」が一目で分かる表が便利すぎる | えのげ
2019-12-19 漢文風プログラミング言語「文言」を読み解いてみた - GIGAZINE
2019-12-19 PFNがChainerの開発を終了しPyTorchへ移行、西川社長「非常に大きな決断」 - MONOist（モノイスト）
2019-12-14 Facebookによる顔認証・タグ付をオフにする方法 | ライフハッカー［日本版］
2019-11-25 sshポートフォワーディング - Qiita
2019-12-10 ［Python入門］Pythonコーディングスタイルガイド：Python入門 - ＠IT 訳して＆整理してくれてあって、便利かも。
ベッドのボックスシーツをきれいに畳む方法 | ライフハッカー［日本版］
日本のどこに電子部品店があるか一目で分かる「日本全国電子部品店マップ」 - GIGAZINE
2019-10-31 アドレス欄に「doc.new」と入力するだけでドキュメントが新規作成できるGoogleのショートカットにSpotifyやGitHubも追加 - GIGAZINE
2019-10-03 Student Experience in the Research University (SERU) | Center for Studies in Higher Education
スーパーグローバル大学創成支援事業 | 広島大学
仕事の合間にできる動きで腰痛改善 ムキムキで疲れにくい体ができる？らくらくできる体幹トレーニングがこれｗｗｗ 短期間で効率的にカロリー消費できるトレーニング10 健康にいい、適度な運動量ってどのくらい？ Physical activity guidelines for adults (UK National Health Service) 動画でレクチャー！ たった8回で効果大の脂肪燃焼エクササイズ ジムでの１時間と同じ効果？１２のプランク - YouTube コアをしっかり！ 簡単にできる筋肉強化トレーニング6 | MYLOHAS お尻・下腹・太もも引き締める 足パカダイエット10｜WOMAN SMART｜NIKKEI STYLE 少ない回数で効果大の筋トレ！ スクワット8つ【動画あり】 | ライフハッカー［日本版］
痩せたいなら絶対コレ！ダンス初心者でも10分で効果が出るダイエット エクササイズ - YouTube 痩せすぎ注意ダンス 簡単な動きで痩せるダイエットエクササイズ - YouTube
からだとこころのリラックス薬「芍薬甘草湯」 ⇒ 「クラシエ」漢方桂枝加芍薬湯エキス顆粒 ［45包］
2019-05-16 CentOS6のgccをアップデートする
2019-06-23 MacOSとHomebrewとpyenvで快適python環境を。 - Qiita
2019-06-20 ゲノム医学第1回
2019-07-03 Windows 10はレジストリの自動バックアップを停止している - GIGAZINE
人生最後の友人ができる趣味習い事10選 | プレジデントオンライン
"なにもしていない人はダメ"という人の苦しさ "効率と生産性の追求"が追い詰める (5/5) | PRESIDENT Online（プレジデントオンライン）
最高に簡単なスパゲティのゆで方が最高すぎた 鍋でお湯を沸かすのさえ面倒な人々への救世主レシピ - ねとらぼ
教育で最も大切な18〜19歳の時期
最近の研究では、大学の教員がどれだけ素晴らしい夢のような講義を行っても、そもそも学生に興味がなければ、単位を取った瞬間にほぼすべてを忘れてしまうという結果が出ています。
そうであれば、大学は教員が夢のような講義を行い、学生をうっとりさせて、単位を取らせる場所ではありません。
むしろ、大学は、学生が自分の好きなこと、やりたいこと、チャレンジしたいことを見つける場所であり、教職員はそれをバックアップする存在であると考えています。
最近の脳科学や心理学では、知らないことを知りたいという好奇心や勉強に対する意欲や習慣は、18〜19歳がピークだという結果が出ています。
それを過ぎてしまうと感度が鈍くなることが明らかにされていますから、1回生の初年次教育にも力を入れています。
java -jar /usr/local/snpEff.jar databases | grep -i Escherichia_coli見たところ、Escherichia_coli_k_12 が使えるか？
import pandas as pd
import numpy as np
np.random.seed(24)
df = pd.DataFrame({'A': np.linspace(1, 10, 10)})
df = pd.concat([df, pd.DataFrame(np.random.randn(10, 4), columns=list('BCDE'))],
axis=1)
df.iloc[0, 2] = np.nan
def color_negative_red(val):
"""
Takes a scalar and returns a string with
the css property `'color: red'` for negative
strings, black otherwise.
"""
color = 'red' if val < 0 else 'black'
return 'color: %s' % color
s = df.style.applymap(color_negative_red)
s.to_excel('pandasstyle.xlsx')
これで実行できた。
import pandas as pd
df = pd.read_excel('mytest.xlsx')
print(df)
Excelファイルはそのまま（文字コード変換とかcsvとか考える必要なし）でよい。xlrdライブラリをインストールしておく必要ありHISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements. Kim D, Langmead B, Salzberg SL Nat Methods. 2015 Apr;12(4):357-60.を訳したものらしい。
for fieldname in p._fields:
print(getattr(p, fieldname) #if (__GNUC__ * 10000 + __GNUC_MINOR__ * 100 + __GNUC_PATCHLEVEL__) < 40900
#error "unsupported GCC version - see https://github.com/nlohmann/json#supported-compilers"
#endif
やることは
# yum install centos-release-scl # yum install scl-utils # yum install devtoolset-7-gcc devtoolset-7-gcc-c++ devtoolset-7-binutils # または全部のdevtoolset-7を入れるなら yum install devtoolset-7 # レベル6とか5も可加えて毎回使用を宣言
# scl enable devtoolset-7 bashなので、何時も使うならbash_profileの中で
$ cat /etc/profile.d/enabledevtoolset-7.sh #!/bin/bash source scl_source enable devtoolset-7
git clone https://github.com/tanghaibao/goatools.git --- まず全体をclone
./run.sh
select the test from below
1) Test enrichment 3) Test mapslim
2) Test plotting go terms 4) Test mapslim on assocation
1を選択する
go-basic.obo: fmt(1.2) rel(2019-04-17) 47,398 GO Terms
HMS:0:00:00.463984 128,975 annotations READ: data/association
Study: 276 vs. Population 33239
Propagating term counts to parents ..
53 GO IDs in assc. are not found in the GO-DAG: GO:0016566 GO:0005792 GO:0003702
GO:0000300 GO:0046853 GO:0016986 GO:0019204 GO:0016944 GO:0035300 GO:0006987
GO:0006800 GO:0000060 GO:0008471 GO:0003840 GO:0006496 GO:0019446 GO:0000059
GO:0019575 GO:0004428 GO:0008159 GO:0004437 GO:0016585 GO:0000903 GO:0022627
GO:0000072 GO:0005057 GO:0033903 GO:0030528 GO:0007108 GO:0005678 GO:0005625
GO:0042891 GO:0016563 GO:0010149 GO:0046909 GO:0048196 GO:0008565 GO:0000299
GO:0004086 GO:0000739 GO:0003715 GO:0008943 GO:0005624 GO:0003701 GO:0004702
GO:0004871 GO:0042156 GO:0004221 GO:0042991 GO:0022625 GO:0045750 GO:0017163
GO:0016564
96% 31,855 of 33,239 population items found in association
97% 269 of 276 study items found in association
100% 276 of 276 study items found in population(33239)
Calculating 6,076 uncorrected p-values using fisher
6,076 GO terms are associated with 31,847 of 33,239 population items
773 GO terms are associated with 269 of 276 study items
（中略）
# Generated by GOATOOLS v0.8.12 (2019-05-01)
# min_ratio=None pval=0.05
GO NS enrichment name ratio_in_study ratio_in_pop p_uncorrected
depth study_count p_bonferroni p_sidak p_holm p_fdr_bh study_items
....GO:0036211 BP e protein modification process 33/276 1725/33239
8.07e-06 5 33 0.049 0.0470.049 0.00981 AT1G13580, AT1G66610,
AT1G66860, AT1G66980, AT2G29220, AT2G41140, AT2G41970, AT2G42550, AT3G25540,
AT3G28600, AT3G45390, AT3G45420, AT3G46400, AT3G46410, AT3G46420, AT3G46930,
AT3G56760, AT3G57710, AT3G57720, AT3G58690, AT4G00960, AT4G11490, AT4G17483,
AT4G23220, AT4G23270, AT4G26840, AT5G37910, AT5G37930, AT5G38210, AT5G47340,
AT5G55160, AT5G59010, AT5G59650
（以下略）python scripts/find_enrichment.py data/study data/population data/association --outfile=goea_fdr_bh.xlsx,goea_fdr_bh.tsv \
--pval_field=fdr_bh
（上記と同じ表示結果）
Calculating 6,076 uncorrected p-values using fisher
6,076 GO terms are associated with 31,847 of 33,239 population items
773 GO terms are associated with 269 of 276 study items
5 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 5 enriched + 0 purified): local bonferroni
110 study items associated with significant GO IDs (enriched)
0 study items associated with significant GO IDs (purified)
5 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 5 enriched + 0 purified): local sidak
110 study items associated with significant GO IDs (enriched)
0 study items associated with significant GO IDs (purified)
5 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 5 enriched + 0 purified): local holm
110 study items associated with significant GO IDs (enriched)
0 study items associated with significant GO IDs (purified)
17 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 16 enriched + 1 purified): statsmodels fdr_bh
111 study items associated with significant GO IDs (enriched)
1 study items associated with significant GO IDs (purified)
245 of 6,076 results have uncorrected P-values <= 0.05=pval
17 items WROTE: goea_fdr_bh.xlsx
17 items WROTE: goea_fdr_bh.tsv
（ファイル goea_fdr_bh.xlsx、goea_fdr_bh.tsvを生成、xlsxを開いてみる）
$seqret AP012030.gb -outseq AP012030.gff3 -osformat gcc3 -feature
$samtools index SRR453566.sorted.bamこれを作っておいて、同じディレクトリ内にSRR453566.sorted.bamとSR453566.sorted.bam.bai がある状態にして、IGV.jsに対して
{
"name": "BAM",
"type": "alignment",
"format": "bam",
#"displayMode": "EXPANDED",
"url": "files/SRR453566.sorted.bam",
"indexed": True
}bgzip -c s288c.vcf > s288c.vcf.gz bcftools index s288c.vcf.gzこの結果できたs288c.vcf.csiをs288c.vcf.gzとおなじフォルダに置いて食わす。
#Converting other formats to GFF3 from BCBio import GFF from Bio import SeqIO in_file = "your_file.gb" out_file = "your_file.gff" in_handle = open(in_file) out_handle = open(out_file, "w") GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle) in_handle.close() out_handle.close()
process = subprocess.run(['cal', '-A', '3'], stdout=subprocess.PIPE)
output = process.stdout.decode('utf-8')
# output = process.stdout.decode('cp932') # Windowsの場合https://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes+AND+yliB+AND+organism:Escherichia%20coli&columns=go-id&format=tab結果は
Gene ontology IDs GO:0006974; GO:0030288; GO:0042938; GO:0043190; GO:1904680
check_pd=[row for index, row in data.groupby("user_id")]
pandasstyle.png
goatools-goea_fdr_bh_xlsx.png
