ノート/ハックメモ - 東邦大学理学部情報科学科　山内のサイト

2019-03-17 GUIXソースコンパイル　[[Requirements (GNU Guix Reference Manual) :ttps://www.gnu.org/software/guix/manual/en/html_node/Requirements.html]]
- GNU Guile, version 2.0.13 or later, including 2.2.x;
  Download, configure/make/make install
  これのために、libtool中のlibltdtが必要になる。
  - libtool: ダウンロード
    ./configure make make install
  - libunistring: https://ftp.gnu.org/gnu/libunistring/libunistring-0.9.10.tar.gz
    ./configure make make install
  - Guile-Gcrypt, version 0.1.0 or later; 1.8.4
  - libgpg-error version 1.35
  - libnettle 3.4.1
  - GnuTLS, specifically its Guile bindings (see how to install the GnuTLS bindings for Guile in GnuTLS-Guile);
  - libnettle 3.4.1
  - bdw-gc yum install gc-devel
- Guile-SQLite3, version 0.1.0 or later;
- Guile-Git, from August 2017 or later;
  この中でハング中　autoconfしたところconfigureはできたが、install-shが無いと言って怒る。

zlib;
GNU Make.

2019-03-17

2019-03-16 bcbio
- bcbio/bcbio-nextgen: Validated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis
- bcbio-nextgen 1.1.3 documentation

2019-03-15 genebank to gff

GFF（General Feature Format）
SeqIO | データベースからダウンロードしたファイルを処理する BioPython モジュール
BiopythonでGenbankファイル操作：CDSをすべてFASTAに書き出す - Qiita
Biopython：Genbank file parsing cheat sheet - Qiita
BiopythonでGenbankファイルからアミノ酸配列を抽出する - ほぼ中立ブログ

Parsing GFF Files · Biopythonの中に、Writing GFF3というセクションがあって、その中に

#Converting other formats to GFF3
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO

in_file = "your_file.gb"
out_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")

GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)

in_handle.close()
out_handle.close()

2019-03-15 Faceook、AI処理向けのモジュラーハードウェアプラットフォームとASICを発表

2019-03-14 「わたし」のウェルビーイングから、「わたしたち」のウェルビーイングへ：ドミニク・チェン｜WIRED.jp

2019-03-14 稼ぐなら"やりたくないこと"を仕事に選べ | プレジデントオンライン

2019-03-11 Google音声入力をWindowsの任意アプリでインラインで使う方法

2019-03-10 個人事業主・フリーランス必見！経費にできるものをまとめました｜スモビバ！

2019-03-10 markdown to ePub - おっさんプログラマの戯れ言

2019-03-10
- VFC | VFC フォーマットファイルの特徴および Python でパースする方法
- VCF and BCF formatted files - GeneticVariation.jl

2019-03-10 RNA-Seq | 遺伝子発現量解析

2019-03-09 Let's Encrypt　　Apache httpd : SSL/TLS の設定　　 WebDAV の設定

2019-03-09 「この仕組み思い付いた人、天才だ」　どんなネジでもヌルヌル回せる工具が超便利だと注目集める - ねとらぼ

2019-03-08 グーグルがエッジでAIを利用するためのワンボードコンピュータを発表 - ZDNet Japan

2019-03-05 不測の事態に備えてGmailのメールデータをバックアップする：Tech TIPS - ＠IT

2019-03-05 市民のライフイベントに寄り添う--フィンランド政府が取り組むAIアシスタント「Aurora」 - ZDNet Japan

2019-03-03 1クリックでページタイトルとURLをコピーできるChrome拡張機能「Simple URL Copy」

2019-03-01 散布図の各点に文字コメントを付ける

pyplotの散布図グラフでマーカーに文字を使う方法

2019-03-01 次期Windows 10最新動向：Windows 10からWSL上のLinuxのファイルシステムへのアクセスが可能に

2019-03-01 【 pdftotext 】コマンド――PDFファイルからテキストを抽出する

2019-03-01 システムの脆弱性からユーザーの心理的弱点へ、サイバー攻撃の手口が変化

2019-02-28
- A Gene Ontology Tutorial in Python (Springer)　と
- その紹介PubMedページ　A Gene Ontology Tutorial in Python.　と
- その中で "An interactive version of the tutorial, including solutions, is available at" と書いてある
- THE GO HANDBOOK 　
2019-02-27 プログラミングの力で貧困の連鎖を止める・・・恵比寿Unity部の活動とは　「ゲーム作りで」＋「ボランタリー」がいいと思う。

2019-02-26 眠らせることで性能が向上するAIが開発される（イタリア研究）　記事に曰く
　人工ニューラルネットワーク（ANN）は、生物学的な神経ネットワークをモデルにした人工知能の一種であるが、放っておかれたからといって自然と眠りについて、夢を見たりはしない。| 　だが、イタリア・サレント大学の数学者アドリアーノ・バッラ氏は、哺乳類の脳に備わった睡眠と夢のメカニズムにヒントを得て、「ホップフィールド・ネットワーク」なるANNの一種に睡眠機能を実装した。
　　　　ちょっと意外で面白い思い付きだ！

2019-02-26 Python内で対話的にpythonスクリプトを走らせる
- python -i <file name>で、ファイル中のスクリプト実行後にプロンプトに戻る
- exec(open("./ファイル名").read())　　いつでも使える。しかもスクリプトで実行した結果の変数とかが残っていて、そのまま継続可能みたいだ。

2019-02-26 Python内でたプログラムをexecするとき（subprocess.Popenだったのが新しくsubprocess.runができてそちらを推奨しているようだ）
- subprocess — サブプロセス管理（Pythonマニュアル）
- Pythonで外部プログラムを実行してコンソール出力を取得する　　runの時は出力はreadが要らないらしい？
- subprocess.run(..., stdout=subprocess.PIPE)で日本語を含む場合のメモ(文字コード判定)
```
process = subprocess.run(['cal', '-A', '3'], stdout=subprocess.PIPE)
output = process.stdout.decode('utf-8')
# output = process.stdout.decode('cp932')  # Windowsの場合
```

2019-02-26 PythonのMac用配布プログラムの作成 Py2App
- 【番外編コラム】Pythonプログラムの配布方法
  バイナリ化を行うツールは、そのバイナリの対象OSごとにあり、Windowsの場合はpy2exeなどを使い、Macなどの場合はpy2appを使います。これ以外にもバイナリ化のツールにはいろいろありますので、自分の好きなものを使っていただければと思います。
- 【Python】py2appでMacのネイティブアプリを作る（エラーあり？）
- QuickIR を py2app で Macのアプリケーションにしてみた
- PythonでスタンドアロンのMac OS Xアプリケーションを作成する
- Macintosh で Python を使う (Python正規マニュアル)
- pythonCUIアプリケーションをmac用のappにする (2015)
- [Mac]自作アプリの配布用ディスクイメージの作り方 (2017, dmgbuild)

2019-02-26 Pythonの(Win用) EXEファイル作成

2019-02-26 Pythonのモジュール配布

2019-02-26 人工塩基を加えて通常の2倍である8種類の塩基で構成される「Hachimoji DNA(8文字DNA)」が作り出されるこれによってどんなアミノ酸が作られるのかな？

2019-02-25 マイクロソフトの「Kinect」がIoT機器として復活--ゲーム機向けから業務用へ進化

2019-02-23 トランスクリプトーム解析の現況 ~マイクロアレイ vs. RNA-seq (2013-10-30 門田先生)

2019-02-21 MAS5をPythonで？

2019-02-21 MAS5 (affimetrix)
- Robust estimators for expression analysis
- Bioconductor中の"affy"
  Description of affy
- Affymetrix Power Tools
  Affymetrix Power Tools (APT) is a set of cross-platform command line programs that implement algorithms for analyzing and working with GeneChip™ arrays. APT programs are intended for "power users" who prefer programs that can be utilized in scripting environments and are sophisticated enough to handle the complexity of extra features and functionality.
  Features include:
  . Multiple summarization methods like PLIER, RMA, MAS5, DABG, and IterPLIER
  . ...
- マイクロアレイの正規化手法とデータの解釈について

Gene Expression取得 and Array Expression (マイクロアレイは使わなくなってきたのかも？）
Array Express (EMBL-EBI)
- Array Express:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/]]
- FTP
- ArrayExpress データの ftp ミラーサイト提供を開始

pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得
pyaffy 0.3.2 pyAffy is a Python/Cython implementation of the RMA algorithm for processing raw data from Affymetrix expression microarrays. For a detailed discussion of this implementation, see the pyAffy PeerJ preprint.

2019-02-21 衛星データを無料で活用--“誰でも使える”宇宙データプラットフォーム「Tellus」開始　曰く
このサービスは、経済産業省の「平成30年度政府衛星データのオープン&フリー化及びデータ利用環境整備事業」として同社が受託したもの。これまで高価だった衛星データをはじめ、巨大なストレージ、コンピューティングパワー、解析用ソフトウェアまですべてを、さくらインターネットがクラウド上で提供。利用料は無料で、法人・個人問わず利用可能だ。

2019-02-20 学生の課題の採点をGitHubとTravis CIで自動化することで成績向上や採点にかかる時間短縮などの利点が得られる　プログラム課題に対してテストケースを用意して、自動採点するのだそうな。「この考えが間違っている」というようなコメントまでしてくれるといいのだがな？？

2019-02-20 BioPython Tutorial

2019-02-20 Biopython Module QualityIO

2019-02-20 ssbio: A Framework for Structural Systems Biology

2019-02-20 社長のトイレ掃除で、業績がよくなる理由

2019-02-20 備忘　門田先生　(Rで)塩基配列解析　と　(Rで)マイクロアレイデータ解析

2019-02-20 国会図書館の書誌データ、利用目的かかわらず誰でも無償で利用可能に　4月1日から

2019-02-19 「架空の人物の顔写真」を自動生成するサイトが登場　いそうでいない顔をポンポン生成　著作権や肖像権のない顔画像として利用できるのかな？

2019-02-19 京都市交通局アニメ「地下鉄に乗るっ」

2019-02-19 Bioconda

2019-02-19 バイオインフォマティクス勉強用サイトリンク集

2019-02-19 (Bio)python course at CSC
2019-02-19 PyEnsemblとPyVCF

2019-02-19 Bioconductor Essentials　←　BioconductorのオフィシャルページのCourses & Conferencesより

2019-02-19 [[Bioconductor — Genomicデータ解析ツール群:https://heavywatal.github.io/rstats/bioconductor.html]　この辺がPythonでどう足りるか？？

2019-02-19 Python on Bioinfomatics関連の本？

2019-02-19 記事と元記事に曰く
どうすれば教師は悪夢ともいえる大量の宿題をモチベーションを高く保ったまま学生に処理させられるのか
Will Students Actually Want to Do This Assignment?
夏休みの課題を実行させるための動機づけとして、３つ挙げている。
- Value: how much the student values the learning goal we are trying to motivate them to pursue. 到達目標が学生にとってどれだけの価値があるか？　学生が目標に価値を見出すほどモチベーションが高まる。
- Expectancies: Can the student expect to succeed in attaining the goal? 学生が到達目標を達成できると期待できるか？　これには２つの要素があって、(1)与えられたステップが学生を到達目標に導くものか？、(2)学生がステップを完了することができそれによって最終目標に到達することができるものか？　学生がより目標へ到達できると思うほどモチベーションが高まる。
- Environment: How supportive is the classroom environment?　学習環境・コースの環境がサポーティブであるか？　環境がサポーティブなほどモチベーションが高まる。
  
  また、学生に目標を設定してもらうため、「なぜ授業を受けるのか？」や「授業を受ければ将来何の役に立つと思うか？」などのさまざまな質問を投げかけるという。

2019-02-19 アルバイトへのブラックの実態調査が引用されている　　「バイトテロ」への企業の法的措置と、ぬぐえない違和感

2019-02-18 Watsonと大人の工作の融合〜AIロボット"TJBot"を作って学んで遊ぼう！

2019-02-18 世界最速のスパコンが深層学習の最速記録、気象予測を新たな次元へ

2019-02-17 確定申告で通る｢経費｣と通らない経費の大差

2019-02-17 AI(人工知能)を用いた映像変換技術「Deepfake(ディープフェイク)」の文章版とも言うべきテキストジェネレーターを、イーロン・マスク氏らが出資する非営利のAI研究組織であるOpenAIが開発しました。しかし、あまりにも高精度のテキストを簡単に自動生成できるため、開発陣が「あまりにも危険過ぎる」と危惧しています。

2019-02-16 pandasのplotを使うとき

2019-02-15
- シラバスの厳格化と「生活費はバイトで稼いで」と言う保護者の間で詰む学生が出る　藤代裕之
  　　　いつも自分が思っていることと同じような主張だが、根拠データがあるのがいいかも。
- （その参照データの1つ）：第53回学生生活実態調査の概要報告（by 生協）　うちと比較してみるか？
- （と、）：大学生の学習状況に関する調査結果の概要（by 国立教育政策研究所）

2019-02-15 マスク氏が支援するOpenAI、大規模な教師なし言語モデル「GPT-2」の情報を公開

2019-02-15 な、懐かしい…。｢パワポマンメーカー｣なら、今はなきパワポのクリップアートを作成できるぞ

2019-02-13 カテゴリーを設定して、WordPressブログを整理整頓！

2019-02-13 markdownで書けるドキュメントツールのGitbookを試す

2019-02-11 BioConductor
2019-02-11 R Studio
2019-02-11 RStudio Server
- RStudio Server: 始めよう
- 第529回　RStudio Serverをよりかんたんにインストールする (Dockerでインストール)

2019-02-10 学校の授業時間再編を巡る騒動から得た、人工知能にまつわる重要な視点：伊藤穰一

2019-02-08 DMPとは
- DMP（データマネジメントプラットフォーム）の仕組みと特徴　　記事に曰く
  DMP（Data Management Platform）とは、インターネット上の様々なサーバーに蓄積されるビッグデータや自社サイトのログデータなどを一元管理、分析し、最終的に広告配信などのアクションプランの最適化を実現するためのプラットフォームのことです。
  DMPは全く新しいシステムということではなく、DMPと同じような目的・機能を持つシステムにDWH（Data WareHouse）が昔からあります。これにオーディエンスデータという外部データが加わり、さらに分析したデータを広告配信などの施策に、より落としやすくなったシステムがDMPというイメージです。
  オープンDMP
  「オープンDMP」は、Webサイト訪問ユーザーのデモグラ情報や、興味関心・嗜好性等などの外部のオーディエンスデータとデータエクスチェンジさせることができるクラウド型のデータプラットフォーム（様々なWebサイトのオーディエンスデータを集約して整理するデータ格納庫のようなもの）のことです。
  プライベートDMP
  「プライベートDMP」は、オープンDMPの領域に加え、企業独自ののマーケティングデータ（購買情報、ユーザープロファイル、各種プロモーションの結果等）を集約し、これを外部のオーディエンス情報とシンクさせ構築するプラットフォームです。CRMデータに、従来では取得することが難しかった外部データを組み合わせたものだとすると、理解しやすいと思います。データ格納先が企業側にある点がポイントです。
- 国内DMPの一覧と比較～DMPの実際の画面と使い方～

2019-02-08 最新版!｢面倒見がよい大学ランキング｣TOP100

2019-02-08 無料で数式を自動計算したりグラフを図示したりしてくれる手書きノートのようなソフトウェア「SMath Studio」レビュー

2019-02-08 “感情Ai”技術、気付きにくい13の活用法

2019-02-07 Identification of mutations in laboratory evolved microbes from next-generation sequencing data using breseq

2019-02-07 SNPデータ解析入門スライド（アメリエフ）　～　SNPによる遺伝統計解析（p14）

2019-02-07 （岩崎貴也氏（神奈川大）の）解析ソフトウェア

2019-02-07 VCF format とその解析

2019-02-07 de novo transcriptomeのcontigクラスタリングツール Corset

2019-02-06 事前届出なしでもオンラインで確定申告を行えるようになった「e-Tax」を実際に利用してみた

2019-02-05 Googleがスマホ上で音声をリアルタイムでテキストに起こすアプリを聴覚障害者向けに開発

2019-02-05 プログラミング言語の人気ランキング、独自調査で解明
 プログラミング言語別に年収を分析、ランキング1位は？

2019-02-01 英語が自然と好きになる！ネイティブも使う、子ども向け英語学習サイト3選

2019-01-31 議事録やインタビューにも。録音と文字起こしを同時にしてくれるサイト｢Recording Studio｣

2019-01-29 無料で商用利用可能な写真を自分で組み合わせて作ることができる「Photo Creator」は普通は見つからないような写真も自作可能

2019-01-28 人工知能の「盲点」を人間からフィードバックを得て補うモデルを研究者が作成

2019-01-28 IPA、基本情報技術者試験にPythonを追加／COBOLを廃止

2019-01-28 Googleで検索ワードと一緒に使うと効率が劇的にアップする「検索演算子」とは？

2019-01-27 無料で商用利用可能な画像をサクッと検索できるネットサービス「Pixel Mob」

2019-01-27 AIも人間も、ともに学んで進化する：「スタークラフト2」の歴史的な闘いを読み解く
 人工知能が「スタークラフト2」で人間に勝利、その闘いから見えた機械学習の次なる課題

2019-01-25 2018年でサポート終了のPHP バージョン5、企業に迫る深刻な脅威

2019-01-19 自分だけのナレッジベースを作れるフリーソフト「Trilium Notes」を使い倒してみた
2019-01-18 コンピュータ西暦2000年問題の概要　今年に起こる元号の変更に絡んで、前に起こった2000年問題が話題に出ていましたが、そこで参照されていた記述です。網羅的かつ整理された記述と思います。

2019-01-18 Robocopyより高機能。ファイル同期ツールの決定版「FreeFileSync」　記事に曰く
「いまさらフォルダ同期など役に立つのか？」と思われるかもしれない。
　だが筆者は、OneDriveを「安全」に使うためにFreeFileSyncを利用している。具体的には、原稿などの仕事用のフォルダは、OneDriveの同期フォルダとは別の位置に保存してある。これをFreeFileSyncで1時間に1回、OneDrive上の同期用フォルダと同期させることで、OneDrive側に問題が起きても、ローカルの作業フォルダには、影響が出ないようにしている

2019-01-18 問い合わせが「10分の1」に：チャットbotを導入して、「社内ヘルプデスクの電話対応」をやめてみた結果　記事に曰く
重複する問い合わせ、マニュアルを作っても読んでもらえない
そんな中、「毎週水曜日以降は、ヘルプデスクの電話対応をやめる」という挑戦に踏み切って成果を挙げた企業がある。

2019-01-17 「95％の消費者は買い物でロボットに話し掛けたいと思わず」――3カ国での調査

2019-01-17 機械学習 × グラフデータベース × チャットで「組織内のカベ」を取り払え！【Developers Boost】　W2Vとかも使うらしい

2019-01-16 pandas-datareaderで株価や人口のデータを取得

2019-01-13 「Pythonでマイクラ」を検索してみたら

2019-01-13 多重比較補正
- 多重比較補正のはなし
- 多重検定

2019-01-11 uniprot access (GO-id)

https://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes+AND+yliB+AND+organism:Escherichia%20coli&columns=go-id&format=tab

結果は

Gene ontology IDs
GO:0006974; GO:0030288; GO:0042938; GO:0043190; GO:1904680

2019-01-10 「若い女性にバルプロ酸」処方していませんか　と　レセプト情報・特定健診情報等データベース（NDB）

2019-01-09 高収入のプログラミング言語は　日経 xTECH独自調査

2019-01-08 MySQLでヒストグラム統計が作れるようになっているらしい。
- MySQLのヒストグラム統計 (MySQL Server Blogより) なお、従来の方法ではこんなことをするとできるらしい。
- MySQLでざっくりとしたヒストグラムを書く

2019-01-05 CRISPRの“民主化”を目指した技術は、こうして中国の「遺伝子操作ベビー」に使われた

2019-01-04 無料＆ワンクリックで簡単に堅牢性の高いrobocopyによるバックアップが可能な「WinRoboCopy」

2019-01-03

biomart
R から BioMart を利用する方法 biomaRt
10. GO term enrichment analysis of DEGs}　ここでBioMartを使っている

GSEAの本家？？（Broad Institute）

バイオインフォマティクスによる遺伝子発現解析

マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について(門田先生)

Go-subset (Go-slim)

2019-01-03 製品紹介系動画に革命!? CGキャラに「現実のモノ」を持たせる驚きのアイデアが話題に　なかなかよさげです。高田社長にするとよさそうな…

2019-01-03 自律走行車は誰を犠牲にすればいいのか？「トロッコ問題」を巡る新しい課題　　授業でトロッコ問題を取り上げるのが楽しみだったが、ここまで如実に社会規範を反映されると、ちょっと怖いものがある。民族間の対立の何割かは、この種の社会規範の相違によると信じているので……l

2018-12-29 タイトルだけ考えたら漫画にしてくれるサービス「まんがか」爆誕　数万件の会話データと「いらすとや」の画像を駆使

2018-12-28 音声認識を使った｢文字起こしの自動化｣を3つの方法で試して比較！夢の｢寝て起きたらテキスト化｣は可能なのか？　2018.04.18の記事

2018-12-28 「若い女性にバルプロ酸」処方していませんか？レセプト情報・特定健診情報等データベース（NDB）の活用について

2018-12-24 ダジャレの面白さをAIが判定し布団が吹っ飛ぶ装置「オフトゥンフライングシステム」が開発される

2018-12-16 pandasノススメ -一行ずつ処理させないでください　「対処. groupbyを使う」が結構よさそう。
```
check_pd=[row for index, row in data.groupby("user_id")]
```