ノート/DRY解析教本_2017-02-12

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ノート/DRY解析教本_2017-02-12 †

DRY解析教本の練習のコメント

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Level2 ②発言解析（97ページ） †

ginger環境で実験

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解析準備 †

サーバーへのRのインストール
```
yum install R
```

サーバーへのRStudioのインストール
- RStudioのダウンロードページ
```
$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
$ sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
```
- RStudio Server: 始めよう
- TerTermでポートフォワード（ginger:8787をlocalへ）設定
- ブラウザで localhost:8787 をアクセス
- サーバーの起動・停止は
```
sudo rstudio-server {start, stop, restart}
```

フォルダを準備 bio/expression

ツールソフト国立遺伝学研究所～利用可能バイオツール
- bowtie2 TopHatのインストールに必要
  2.3.0のダウンロードページ
  linux binary（bowtie2-2.3.0-linux-x86_64.zip）をダウンロードして適当なディレクトリにセットするか、ソース（bowtie2-2.3.0-source.zip）をmakeするか、だが、linux binaryの場合（おきっぱなし型なので）内部のディレクトリ指定が不明なので、ソースからmake, make installしよう。

TopHat
2.1.1のLinuxバイナリ　か　2.1.1のソース
Linuxバイナリをダウンロード、展開。/usr/local/binからリンクを貼っておく。

cd ~/src 
wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz
tar xvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz
sudo ln -s ~/src/tophat-2.1.1.Linux_x86_64/tophat2 /usr/local/bin/tophat2

cufflinks Cufflinksページ
2.2.1のLinuxバイナリ　か　2.2.1のソース Linuxバイナリをダウンロード、展開。/usr/local/binからリンクを貼っておく。

cd ~/src 
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
tar xvf cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
sudo ln -s ~/src/cufflinks-2.1.1.Linux_x86_64/cufflinks /usr/local/bin/cufflinks

cummeRbund　　CummeRbundで遺伝子発現のプロットを遺伝子ごとに並べる
R（RStudio）を起動し、その中でインストールする。
```
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("cummeRbund")
```

FastQC
クオリティチェックの代表的なプログラムとして FastQC がある。FastQC は Java で書かれているため、OS を問わずにダウンロードすればすぐに利用できる。Linux 上では GUI 画面が利用できるに加え、コマンドラインからも利用でき、非常に便利なプログラムである。
ダウンロード（babraham univ)
v0.11.5のLinuxパッケージをダウンロードしunzip。　あとは、
```
sudo ln -s ~/src/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc
```

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データの入手 †

レファレンスデータのダウンロード①

wget -r http://shujunsha.com/NGS_DAT/Lv2_2/iGenome/Homo_sapiens/

はうまくいかなかった。問題はrobot.txtがあるためらしく、/etc/wgetrc上で robots=off を指定するとOKとなった。

105ページからの記述は、別のデータを必要としている。

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR266/ERR266335/ERR266335.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR266/ERR266349/ERR266349.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR266/ERR266337/ERR266337.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR266/ERR266351/ERR266351.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR266/ERR266338/ERR266338.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR266/ERR266347/ERR266347.fastq.gz

106ページにある、SRAtoolkitのダウンロード。これはSRAファイルをダウンロードした場合のfastqファイルを取り出すツール。
本ではHomebrewでインストールしている
NCBI SRA Toolkit
NCBI SRA Toolkitの使い方
[[Linux用パッケージをダウンロード:

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.1-3/sratoolkit.2.8.1-3-centos_linux64.tar.gzw

展開した後、ディレクトリノードを/usr/local/sratoolkitにmvしておいて、~/.bash_profile中に

PATH=/usr/local/sratoolkit:$PATH
export PATH

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FastQCによるチェック †

まず、出力を置くためのディレクトリを作っておく。./FastQCとする。解析は、

fastqc --nogroup -o ./FastQC ERR266335.fastq

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faxtx_toolkitによるトリミング †

まず、fastx_toolkitをインストール。
Linux用パッケージをダウンロード。
展開するとbinディレクトリができるので、、そのbinノードを /usr/local/fastx_toolkit/bin にmvしておいて、~/.bash_profile中に

PATH=/usr/local/fastx_toolkit:$PATH
export PATH

トリミングは

fastq_quality_trimmer -Q 33 -t 20 -l 30 -i ERR266335.fastq -o ERR266335_trim.fastq

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TopHatでマッピングする †

tophat -p 32 -G Homo_sapiens/NCBI/build37.2/Annotation/Archives/archive-2014-06-02-13-47-29/Genes/genes.gtf -o tophat_results/ERR266335_P0 ./ERR266335_trim.fastq

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