ノート/Trimommaticメモ

サイトトップ

ノート
マイニング
├マイニング
├バスケット解析
├バスケット解析をＲで
├図書貸出をＲで
├モデルクラスタリング
└
テキストマイニング
├テキストマイニングTM
├TMとシソーラス
├PubMedをTM
├TMとMeSH
├TMとNLTK
├テキストマイニングとtagger
├医薬品添付文書ＤＢ
├論文の処理1
├剽窃１
├Bing検索
└
分子進化学
├分子進化学
└
Pythonと論文アクセス
├Pythonを使ってみる
├PythonでPubMed
├Pythonで...続き
└
CUDA
├GPU
├ProgrammingGuide
├Selandメモ
├数値積分
└
ACS、PHPからLDAP
├ACS導入
├新規ホスト移行
├再度やり直し
├OpenLDAP導入
└

Linuxでビデオ
├Linuxでビデオデータを作る
├AVIフォーマット
├x264ソースを見る
├Macでフレーム抜き
└

MPIと並列化
├並列処理の実用化
├Fedora10でMPICH2
├EPMRを見る
├EPMRを見る２
├EPMRを見る〜Ｃ＋＋２
├EPMRを見る〜Ｃ＋＋２
├EPMRを見る〜Ｃ＋＋３
├EPMRを見る〜Ｃ＋＋４
├CASP7と日本人
└
Macメモ
├Script

favicon物語

自信ないので
├Winのバッチ
│├スクリプト入門
│├バッチファイル
│├SETコマンド
│├自分のメモ
│└
└

メニュー編集

最新の15件

ノート/ノート
訪問者数　220　　　　　　最終更新　2017-04-08 (土) 20:37:46

Trimmomaticまとめ 2017-03-31 †

Trimmomaticイントロ †

Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data

java -jar trimmomatic-0.36.jar PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz
  output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz
  output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz
  ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

このマシンでは/usr/local/Trimmomatic-0.36に置いたので

java -jar /usr/local/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 16 -phred33 
 SRR030257_1.fastq SRR030257_2.fastq
 output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz
 output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz 
 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

という感じ。あとはパラメタチューニング。

このデータだと

java -jar /usr/local/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 16 -phred33
  SRR030257_1.fastq SRR030257_2.fastq output_forward_paired.fq.gz
  output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz
  output_reverse_unpaired.fq.gz TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
TrimmomaticPE: Started with arguments:
 -threads 16 -phred33 SRR030257_1.fastq SRR030257_2.fastq
 output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz
 output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz TRAILING:3
 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
Input Read Pairs: 3800180 Both Surviving: 1534275 (40.37%) 
 Forward Only  Surviving: 738222 (19.43%) Reverse Only Surviving: 738370 (19.43%)
 Dropped: 789313 (20.77%)
TrimmomaticPE: Completed successfully

TRAILING:3だけにすると

TrimmomaticPE: Started with arguments:
 -threads 16 -phred33 SRR030257_1.fastq SRR030257_2.fastq
   output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz
   output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz TRAILING:3
Input Read Pairs: 3800180 Both Surviving: 3800180 (100.00%) 
 Forward Only Surviving: 0 (0.00%) Reverse Only Surviving: 0 (0.00%)
  Dropped: 0 (0.00%)
TrimmomaticPE: Completed successfully

Trailing:20にすると

 TrimmomaticPE: Started with arguments:
 -threads 16 -phred33 SRR030257_1.fastq SRR030257_2.fastq
  output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz
  output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz TRAILING:20
Input Read Pairs: 3800180 Both Surviving: 3666565 (96.48%)
  Forward Only Surviving: 133611 (3.52%) Reverse Only Surviving: 1 (0.00%)
  Dropped: 3 (0.00%)
TrimmomaticPE: Completed successfully

Trailing:20でSlidingWindow:4:15にしてみると

TrimmomaticPE: Started with arguments:
  -threads 16 -phred33 SRR030257_1.fastq SRR030257_2.fastq
  output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz
  output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz TRAILING:20
  SLIDINGWINDOW:4:15
Input Read Pairs: 3800180 Both Surviving: 3655255 (96.19%)
  Forward Only Surviving: 144886 (3.81%) Reverse Only Surviving: 19 (0.00%)
  Dropped: 20 (0.00%)
TrimmomaticPE: Completed successfully