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ノート/breseq/チュートリアルを試す2http://pepper.is.sci.toho-u.ac.jp/pepper/index.php?%A5%CE%A1%BC%A5%C8%2Fbreseq%2F%A5%C1%A5%E5%A1%BC%A5%C8%A5%EA%A5%A2%A5%EB%A4%F2%BB%EE%A4%B9%A3%B2 |
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ノート/ノート
訪問者数 832 最終更新 2017-04-09 (日) 08:22:52
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breseqのHPのチュートリアルセクションーClonal Samplesを参照しつつ
we’re going to use Illumina genome re-sequencing data from E. coli strains that evolved for up to 40,000 generations in population Ara-3 from the Lenski long-term evolution experiment [Blount2011].
元のTutorialでは、
Accession Clone Description SRR098289 ZDB564 Cit+ clone isolated at generation 31,500 SRR098042 ZDB172 Cit+ clone isolated at generation 32,000 SRR098040 ZDB143 Cit+ clone isolated at generation 32,500 SRR097977 CZB152 Cit+ clone isolated at generation 33,000 SRR098026 CZB154 Cit+ clone isolated at generation 33,000 SRR098034 ZDB83 Cit+ clone isolated at generation 34,000
を扱っている。これらを一通りチェックしてみたい。
ダウンロード
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098289/SRR098289.fastq.gz wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098042/SRR098042.fastq.gz wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098040/SRR098040.fastq.gz wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR097/SRR097977/SRR097977.fastq.gz wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098026/SRR098026.fastq.gz wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098034/SRR098034.fastq.gz
FastQCでチェックしてみる
fastqc *.gz
処理結果として SRR098289_fastqc.htmlなどが得られる。更にbreseqで解析した結果が得られる。
FastQC 出力結果 | breseq 実行結果 |
SRR098289_fastqc.html | breseq結果 |
SRR098042_fastqc.html | breseq結果 |
SRR098040_fastqc.html | breseq結果 |
SRR097977_fastqc.html | breseq結果 |
SRR098026_fastqc.html | breseq結果 |
SRR098034_fastqc.html | breseq結果 |
FastQCでの評価を見ると、結構品質が不十分なデータがあることが分かる。