ノート/breseq/チュートリアルを試す２

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ノート/ノート
訪問者数　668　　　　　　最終更新　2017-04-09 (日) 08:22:52

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breseqその２ 2017-03-24 †

breseqのHPのチュートリアルセクションーClonal Samplesを参照しつつ

Download data filesのRead filesのところ †

we’re going to use Illumina genome re-sequencing data from E. coli strains that evolved for up to 40,000 generations in population Ara-3 from the Lenski long-term evolution experiment [Blount2011].

元のTutorialでは、

Accession	Clone	Description
SRR098289	ZDB564	Cit+ clone isolated at generation 31,500
SRR098042	ZDB172	Cit+ clone isolated at generation 32,000
SRR098040	ZDB143	Cit+ clone isolated at generation 32,500
SRR097977	CZB152	Cit+ clone isolated at generation 33,000
SRR098026	CZB154	Cit+ clone isolated at generation 33,000
SRR098034	ZDB83	Cit+ clone isolated at generation 34,000

を扱っている。これらを一通りチェックしてみたい。

チュートリアルにある元のデータの解析 †

ダウンロード

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098289/SRR098289.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098042/SRR098042.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098040/SRR098040.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR097/SRR097977/SRR097977.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098026/SRR098026.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098034/SRR098034.fastq.gz 

FastQCでチェックしてみる

fastqc *.gz

処理結果として SRR098289_fastqc.htmlなどが得られる。更にbreseqで解析した結果が得られる。

FastQCでの評価を見ると、結構品質が不十分なデータがあることが分かる。