ノート/breseq/UT-Austinの進化データを試す

サイトトップ

ノート
データ処理
├マイニング
├バスケット解析
├バスケット解析をＲで
├図書貸出をＲで
├モデルクラスタリング
└
テキストマイニング
├テキストマイニングTM
├TMとシソーラス
├PubMedをTM
├TMとMeSH
├TMとNLTK
├テキストマイニングとtagger
├医薬品添付文書ＤＢ
├論文の処理1
├剽窃１
├Bing検索
└
分子進化学
├分子進化学
└
Pythonと論文アクセス
├Pythonを使ってみる
├PythonでPubMed
├Pythonで...続き
└
Macメモ
├Script

&ref(): File not found: "favicon_story.txt" at page "ノート/ノート";

自信ないので
├Winのバッチ
│├スクリプト入門
│├バッチファイル
│├SETコマンド
│├自分のメモ
│└
└

メニュー編集

最新の5件

ノート/ノート
訪問者数　708　　　　　　最終更新　2017-04-09 (日) 08:23:17

ノート/breseq/チュートリアルを試す１　＞　ノート/breseq/チュートリアルを試す２　＞　ノート/breseq/UT-Austinの進化データを試す
ノート/breseq/Multi-Isolate１　＞　ノート/breseq/Multi-Isolate２

UT-AustinのEvolution Experimentデータ 2017-03-24 †

ENAでAra-3を検索すると、いくつかの情報が得られるが、さらに左側のRead/runをクリックすると、執筆時点で

が得られた。

この中で、下記のようなデータ（UT-Austin）が見つかる。

Study: PRJNA270637
Escherichia coli Long-Term Evolution Experiment, Ara-3 Whole-Population Sequencing
Name Escherichia coli REL606
Submitting Centre The University of Texas at Austin
Organism Escherichia coli REL606
Strain REL606

Description
This study used whole-population re-sequencing to track the appearance and dynamics of different adaptive mutations in population Ara–3 from the Lenski long-term evolution experiment with E. coli. The goal is to understand the genetic and ecological history that led to the evolution of a rare metabolic innovation (citrate utilization) in this population.

これに関するrunは

SRR1721880    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 2,000 generation mixed population
SRR1721881    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 5,000... 
SRR1721882    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 10,000... 
SRR1721883    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 15,000... 
SRR1721884    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 20,000... 
SRR1721885    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 25,000... 
SRR1721886    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 30,000... 
SRR1721888    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 31,500...  
SRR1721889    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 32,000... 
SRR1721890    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 32,500... 
SRR1721956    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 33,000... 
SRR1721957    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 33,500... 
SRR1721958    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 34,000... 
SRR1721959    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 36,000... 
SRR1721960    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 38,000... 
SRR1721961    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 45,000... 
SRR1721963    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 40,000... 

これらを分析することができる。

FastQCで品質をチェックした結果は以下の通り。

FastQCでの評価を見ると、結構品質がばらばらに見える。