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ノート/ノート
訪問者数 134 最終更新 2017-04-09 (日) 08:23:17
ノート/breseq/チュートリアルを試す１ ＞ ノート/breseq/チュートリアルを試す２ ＞ ノート/breseq/UT-Austinの進化データを試す
ノート/breseq/Multi-Isolate１ ＞ ノート/breseq/Multi-Isolate２
ENAでAra-3を検索すると、いくつかの情報が得られるが、さらに左側のRead/runをクリックすると、執筆時点で
が得られた。
この中で、下記のようなデータ（UT-Austin）が見つかる。
Study: PRJNA270637 Escherichia coli Long-Term Evolution Experiment, Ara-3 Whole-Population Sequencing Name Escherichia coli REL606 Submitting Centre The University of Texas at Austin Organism Escherichia coli REL606 Strain REL606
Description
This study used whole-population re-sequencing to track the appearance and dynamics of different adaptive mutations in population Ara–3 from the Lenski long-term evolution experiment with E. coli. The goal is to understand the genetic and ecological history that led to the evolution of a rare metabolic innovation (citrate utilization) in this population.
これに関するrunは
SRR1721880 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 2,000 generation mixed population SRR1721881 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 5,000... SRR1721882 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 10,000... SRR1721883 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 15,000... SRR1721884 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 20,000... SRR1721885 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 25,000... SRR1721886 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 30,000... SRR1721888 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 31,500... SRR1721889 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 32,000... SRR1721890 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 32,500... SRR1721956 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 33,000... SRR1721957 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 33,500... SRR1721958 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 34,000... SRR1721959 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 36,000... SRR1721960 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 38,000... SRR1721961 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 45,000... SRR1721963 Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 40,000...
これらを分析することができる。
FastQCで品質をチェックした結果は以下の通り。
FastQCでの評価を見ると、結構品質がばらばらに見える。
