ノート/platanusまとめ

サイトトップ

ノート
データ処理
├マイニング
├バスケット解析
├バスケット解析をＲで
├図書貸出をＲで
├モデルクラスタリング
└
テキストマイニング
├テキストマイニングTM
├TMとシソーラス
├PubMedをTM
├TMとMeSH
├TMとNLTK
├テキストマイニングとtagger
├医薬品添付文書ＤＢ
├論文の処理1
├剽窃１
├Bing検索
└
分子進化学
├分子進化学
└
Pythonと論文アクセス
├Pythonを使ってみる
├PythonでPubMed
├Pythonで...続き
└
Macメモ
├Script

&ref(): File not found: "favicon_story.txt" at page "ノート/ノート";

自信ないので
├Winのバッチ
│├スクリプト入門
│├バッチファイル
│├SETコマンド
│├自分のメモ
│└
└

メニュー編集

最新の5件

ノート/ノート
訪問者数　1835　　　　　　最終更新　2017-03-31 (金) 16:15:12

Platanusまとめ 2017-03-31 †

Platanusイントロ †

トップページ
Platanus Assembler　書いてあることはほぼ同じ
Platanus is a novel de novo sequence assembler that can reconstruct genomic sequences of highly heterozygous diploids from massively parallel shotgun sequencing data.

tips & usage
To get good statistical results, mate-pair library sequences are indispensable. We received many claims and questions of poor assembling results. However, in almost all cases, only paired-end sequences were inputted. Except in the case of assembling very simple and small size genomes, it is impossible to get good results without using a mate-pair library.

インストールは、ダウンロードページ　http://platanus.bio.titech.ac.jp/platanus/?page_id=14　からソースでダウンロード、README.txtに従って、make して終わり。　バイナリを、見えるように/usr/local/bin/からシンボリックリンクを貼っておく。

トライアル †

PlatanusのTips & Usageのページにも簡単なPlatanus Tutorialがある。

Tutorialにあるように、DRP002483:https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=DRP002483から、Experiment DRX019819 のFASTQを開いて、

• DRR021673_1.fastq.bz2,
• DRR021673_2.fastq.bz2

を得る。同様に、Experiment DRX019820 のFASTQを開いて、

• DRR021674_1.fastq.bz2,
• DRR021674_2.fastq.bz2

を得る。

トライアル２ †

ここではJSTバイオサイエンスデータベースセンターのH28年度 NGSハンズオン講習会カリキュラム（門田先生方）での 第２回目「第１部統計解析」の「ゲノム解析・塩基配列解析」の スライド27〜31にある手順で試してみる。 ただし、DDBJパイプラインサービスを使わず、自前でダウンロードして行う。

DDBJのDRA Searchから DDR024501 を探してダウンロード。

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_1.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_2.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_2.fastq.bz2

Step 1) Assembly

platanus assemble -t 15 -m 120 -o out -f DRR024501_1.fastq DRR024501_2.fastq

　　Assemblyのログ

Step 2) Scaffold

platanus scaffold -o out -c out_contig.fa -b out_contigBubble.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8

　　Scaffoldのログ

Step 3) Gap_Close

platanus gap_close -o out -c out_scaffold.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8

　　Gap_Closeのログ