山内の授業のページ
アクセス数 1948 このページの最終更新 2009-12-18 (金) 10:24:49
12/18 【期末レポート課題】 今日の授業で、期末レポート課題をアナウンスしました。⇒ 
bif09_final.pdf なお、1/8はレポート作成のための自習とします。
11/20 【レポート課題３を追加】 今日の授業で予告した「レポート課題３」（系統樹アルゴリズムのプログラミング）の内容を、第８回「進化系統樹（２）」のページに掲載しました。入力ファイルをアップしたと同時に、出力の表示プログラム（ダウンロードして使う）についても触れておきました。不明の点はメール等で質問してください。締切は12/04とします。
金曜日 １限
【注意】 ４月配布のシラバスの内容から多少変更があるので、よく注意すること
このクラスでは、情報科学の眼から見たバイオインフォマティクス（生命科学への情報科学・情報処理の応用）を概観し、およそどのような分野であるか、またどのような情報科学・技術が求められてきたのか、を理解する。その最終目的は、情報技術者としての応用分野との関わり方を、生命科学を例題分野として、掴み取ることである。
シラバスから若干の変更があるので注意。
| 回 | 日 | テーマ | 内容 | 教科書 |
| 1 | 09/25 | バイオインフォマティクス総論 | （分子）生物学の概観、情報処理 | 第１章 |
| 2 | 10/02 | 配列アラインメント（１） | ペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント | 2.1〜2.4 |
| 3 | 10/09 | 配列アラインメント（２） | ペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント | 2.1〜2.4 |
| 4 | 10/16 | 配列アラインメント（３） | ホモロジー検索・マルチプルアラインメント | 2.5〜2.6 |
| 5 | 10/23 | 配列解析（１） | モチーフ・ＨＭＭ・カーネル法 | 3.1〜3.3 |
| 6 | 10/30 | 配列解析（２） | ゲノム配列推定・ゲノム再構成 | 3.4〜3.5 |
| 7 | 11/13 | 進化系統樹推定（１） | 系統樹・距離行列法 | 4.1〜4.3 |
| 8 | 11/20 | 進化系統樹推定（２） | 最節約法・進化の確率モデル・評価と比較 | 4.4〜4.6 |
| 9 | 11/27 | 高次構造解析（１） | RNA２次構造予測・構造比較 | 5.1〜5.2 |
| 10 | 12/04 | 高次構造比較（２） | タンパク質立体構造予測 | 5.3 |
| 11 | 12/11 | ネットワーク解析（１） | 遺伝子発現解析・遺伝子ネットワーク | 6.1〜6.2 |
| 12 | 12/18 | ネットワーク解析（２） | タンパク相互作用推定・ネットワーク構造解析 | 6.3〜6.4 |
| 13 | 01/08 | 文献情報とテキストマイニング | ||
| 14 | 01/15 | （未定） |
授業の進め方：
教科書： （シラバスより変更あり）
参考書： いずれも、図書館にある。その他、授業中に必要に応じて紹介する。
評価 （シラバスより変更あり）
オフィス・アワー
メモ： 清水謙多郎先生の資料
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