Entrez・PubMedをプログラムからアクセスする方法 - 東邦大学理学部情報科学科　山内のサイト

守るべきこと
- 100以上要求するときは、すいている時に実行せよ（週末もしくは米国東海岸時間で9pmから5am）
- 要求はhttp://eutils.ncbi.nlom.nih.gov宛てに発行せよ。直接ページを参照してはいけない
- 要求は３秒に１要求以下にせよ
- URLパラメタのEmailとtoolパラメタを書いておけ～問題があったときコンタクトするぞ。
- 他人にサービスするときは、NCBI等のDisclaimer and Copyrightを徹底させよ

簡単な手順（他の方法もあり。一番簡単な場合）
- 基本的にURLの後ろに引数を書くことによって動作させる
- ESearchによって、キーワード検索をし、結果としてprimary ID（数字）を得る
- そのprimary IDに関して（複数可）、EFetchによってレコード全体を（希望の形式で）取り出す。

ESearchの出し方
- データベース名　db=pubmedとかdb=omimとか。すべてのリストはここ
- History　usehistory=y　とすると、WebEnvやQuery_keyを使える
- WebEnv　今まで使ってきた環境。前の戻り値でXMLで書かれているはず？
- Query_key　前のESearchの戻り値での項番のようなもので、「これ」と言える
- tool　こちらのソフトの名前。MCBIが「お前か！」と呼ぶための文字列（空白なし）。tool=xxxxxと書く
- Email　同上。email=yyyy%40zzzzと書くらしい。%40は@のこと
- ここまで共通。以下pubmedの場合
- term=検索文字列。ブール演算子を含んでもよい。例：term=asthma[mh]+OR+hay+fever[mh]。[mh]はMeSH Termsの記号。その他のタグはここ
- field=検索のフィールド。PubMedで選べるフィールドはaffl, auth, ecno, jour, iss, mesh, majr, mhda, page, pdat, ptyp, si, subs, subh, tiab, word, titl, lang, uid, fltr, vol
- 日付の指定　reldate=90（今日から90日前まで）、mindate=2001 maxdate=2002/01/01（初め・終わりの日付）、datetype=edat（日付のタイプ、なんだろう？）
- 表示する項番　retstart=x retmax=y　（xは取り出すレコードの順番。0が先頭でデフォルト、yはいくつ取り出すか）
- 取り出すモード　retmode=xml　（XMLで取り出す。ESearchではxmlしかない。テキストで内容を見たいときはEFetchを使え）
- 取り出すタイプ　rettype=countかuilist(デフォルト)か
- ソートキー　sort=xxx　PubMedではauthor, last+author, journal, pub+dateがある。

例　（pukiwikiでは[]を含むリンクをうまく書けないので、項目全体をブラウザにコピー＆ペーストして使ってください）
- http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=cancer&reldate=60&datetype=edat&retmax=100&usehistory=y
- http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=PNAS[ta]+AND+97[vi]&retstart=6&retmax=6&tool=biomed3　
- http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=journals&term=obstetrics
- http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pmc&term=stem+cells+AND+free+fulltext[filter]　
- http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=nucleotide&term=biomol+trna[prop]　
- http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=protein&term=200020[molecular+weight]

DTDはここ

Perlでのデモプログラム
- ESearch,EFetch
- EPost,Esummary

EFetchの出し方
- データベース名　db=pubmedとかdb=omimとかdb=pmcとかdb=journalsとか
- History　usehistory=y　とすると、WebEnvやQuery_keyを使える
- WebEnv　今まで使ってきた環境。前の戻り値でXMLで書かれているはず？
- Query_key　前のESearchの戻り値での項番のようなもので、「これ」と言える
- tool　こちらのソフトの名前。MCBIが「お前か！」と呼ぶための文字列（空白なし）。tool=xxxxxと書く
- Email　同上。email=yyyy%40zzzzと書くらしい。%40は@のこと
- ここまで共通。以下pubmed系の場合　（配列、タクソノミーなどは形が少し違う）
- レコード識別子（UI）　id=11877539,11822933など
- 表示する項番　retstart=x retmax=y　（xは取り出すレコードの順番。0が先頭でデフォルト、yはいくつ取り出すか）
- 取り出すモード　retmode=xml（journalは不可）, html, text, asn.1（journalは不可）
- 取り出すタイプ　rettype=uilist, abstract（omim不可）, citation（omim不可）, medline（omim不可）, full（journalとomim）。細かくはここ
例