[[ノート>ノート/ノート]]~
訪問者数 &counter(); 最終更新 &lastmod();~
＞＞[[2018年の分>ノート/ハックメモ2018]] （このページの前）~
//＞＞[[2019年の分>ノート/ハックメモ2019]] （このページの前）~
---------------------------------------
[[ムキムキで疲れにくい体ができる？らくらくできる体幹トレーニングがこれｗｗｗ:https://twicolle-plus.com/articles/393992]] [[短期間で効率的にカロリー消費できるトレーニング10:https://www.lifehacker.jp/amp/2018/11/179095-10-trainings-to-lose-weight_mylohas.html]] [[健康にいい、適度な運動量ってどのくらい？:https://www.lifehacker.jp/2018/04/how-much-exercise-do-i-really-need.html]] [[Physical activity guidelines for adults (UK National Health Service):https://www.nhs.uk/live-well/exercise//]] [[動画でレクチャー！ たった8回で効果大の脂肪燃焼エクササイズ:https://www.mylohas.net/2019/03/186745pvn_plankjack.html]]
[[からだとこころのリラックス薬「芍薬甘草湯」:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/kanpokoza/201812/559055.html]]
[[ゾンビに追われ運動！？やる気を引き出すアプリ：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/blog/ogata/201904/560469.html]]
[[Qiita Advent Calendar 2018:https://qiita.com/advent-calendar/2018]]
---------------------------------
-2019-04026 [[コニカミノルタと米AIベンチャー、胸部X線画像から異常部位を検出へ | 日経 xTECH（クロステック）:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/event/18/00055/00011/?n_cid=nbpnxt_mled_nmo]
-2019-04026 [[コニカミノルタと米AIベンチャー、胸部X線画像から異常部位を検出へ | 日経 xTECH（クロステック）:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/event/18/00055/00011/?n_cid=nbpnxt_mled_nmo]]
-2019-04-26 [[国内初承認の「AI診断支援ソフト」ができるまで | 日経 xTECH（クロステック）:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/column/18/00001/01947/?n_cid=nbpnxt_mled_nmo]] SVMだそうな。
-2019-04-26 [[AIは放射線科医に代わるのか？ 答えはNo：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/hotnews/int/201904/560709.html?n_cid=nbpnmo_mled]]
-2019-04-26 [[医学会総会、「AIとICT」が一番人気：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/1000research/201904/560650.html?n_cid=nbpnmo_mled]]
-2019-04-23 [[バイオインフォマティクスに関連する機関の一覧 - Wikipedia:https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AB%E9%96%A2%E9%80%A3%E3%81%99%E3%82%8B%E6%A9%9F%E9%96%A2%E3%81%AE%E4%B8%80%E8%A6%A7]]
-2019-04-23 [[人工知能が生成したデスメタルを毎日24時間配信し続けるYouTubeチャンネル「Dadabots」 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190422-ai-generated-death-metal/]] どんなジャンルの曲にでも適用できそうな気がする。
-2019-04-23 [[ヤフー、分散表現の学習時間を短縮化するAI技術「yskip」をOSSとして公開 - CNET Japan:https://japan.cnet.com/article/35135988/]]
-2019-04-21 [[平成28年度NGSハンズオン講習会 NGS解析基礎（アメリエフ）:https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20160725_amelieff.pdf]]
-2019-04-21 [[〜 Rで塩基配列解析:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20140423_kadota.pdf]] シロイヌナズナの例（門田先生）
-2019-04-21 DNA-seqがらみで、２つのVCFファイルの比較。[[サンプル間で共通する変異と固有の変異を抽出する:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/06/165329]]、 GATKを使う方法と、bcftoolsを使う方法と。要確認。~
その手前。[[small indelとSNV検出のワークフロー:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/05/31/170329]]~
更にその元 (GATKサイト) [[Variant Calling Pipeline: FastQ to Annotated SNPs in Hours:https://gencore.bio.nyu.edu/variant-calling-pipeline/]]
-2019-04-21 DNA-seq pipeline [[A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data (Nature Genetics 43, 491?498 (2011) doi:10.1038/ng.806):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3083463/]]
-2019-04-21 NIG National Institute of Genetics [[Maser_ja:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/index_ja.html]]、
NIGのパイプラインサービス [[NGSアプリケーション Pipline-Menu-wiki:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/Applications/applications_top.html]]、 [[提供全パイプラインリスト All-Pipelines:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser_cgi/cip-pl_list_violin_ja.cgi]]、と [[RNA-seqのパイプライン:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/Applications/RNA-seq.html]]、と [[DNA-seqのパイプライン:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/Applications/Genome-seq.html]]
-2019-04-20 [[cufflinksのFPKMを遺伝子ごとに集計して、サンプル間で比較する。 - kuroの覚え書き:http://k-kuro.hatenadiary.jp/entry/20180209/p2]]
-2019-04-20 [[Python系解析ツール(HT-seq/subread)のらくらくインストール:https://ncrna.jp/blog/item/319-subread]] Python系というとsubread/featureCountの辺なのか？
-2019-04-20 [[RNA-seqデータ解析（２群間比較, Unstranded, Single-end） - いろいろ試してみる:http://imamachi-n.hatenablog.com/entry/2017/03/25/232035]] 〜 いくつかのワークフロー（パイプライン？）の紹介 TopHat-Cuffdiff TopHat-featureCounts-edgeR、古いけれど基礎的な知識の補充
-2019-04-20 [[あまり紹介されていない可視化ツールを試す - drillerの部屋:https://drillan.github.io/notebooks/jupyter_advent_calendar_2017.html]] いろいろなツールの紹介
-2019-04-20 [[[Python] CufflinksでPandasのデータフレームをPlotlyに一発描画 - Qiita:https://qiita.com/inoory/items/7c8ca9fd5e1aca3e2e72]] 〜〜 Python世界でのcufflinksは違うものらしい
-2019-04-19 [[音声で外国語を学べるWebサービスのプロトを作りました。英語と中国語と韓国語を学べます。：村上福之の「ネットとケータイと俺様」：オルタナティブ・ブログ:https://blogs.itmedia.co.jp/fukuyuki/2019/04/web.html]]
-2019-04-18 [[VcXsrv Windows X Server download | SourceForge.net:https://sourceforge.net/projects/vcxsrv/]]
-2019-04-18 [[HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう - Palmsonntagmorgen:http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/11/09/165200]]
-2019-04-18 [[HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう その2 - Palmsonntagmorgen:http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/11/26/145847]]
-2019-04-18 [[Bioconductor - ballgown:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ballgown.html]]
-2019-04-18 [[Bioconductor - ballgown:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ballgown.html]]
-2019-04-18 [[GitHub - alyssafrazee/ballgown: Bioconductor package "ballgown", devel version. Isoform-level differential expression analysis in R.:https://github.com/alyssafrazee/ballgown]]
-2019-04-18 [[VcXsrv Windows X Server download | SourceForge.net:https://sourceforge.net/projects/vcxsrv/]]
-2019-04-18 [[Download RStudio - RStudio:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/]]
-2019-04-17 [[AIのトレーニング時間を60％以上短縮する新手法を開発、米大学：AIアプリの開発を加速 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/17/news093.html]]
-2019-04-17 [[StringTie:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml]] is a fast and highly efficient assembler of RNA-Seq alignments into potential transcripts. It uses a novel network flow algorithm as well as an optional de novo assembly step to assemble and quantitate full-length transcripts representing multiple splice variants for each gene locus. Its input can include not only the alignments of raw reads used by other transcript assemblers, but also alignments longer sequences that have been assembled from those reads.In order to identify differentially expressed genes between experiments, StringTie's output can be processed by specialized software like Ballgown, Cuffdiff or other programs (DESeq2, edgeR, etc.).~
マニュアルは[[manual:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]]~
HISAT2の出力を使う場合、be sure to run HISAT2 with the --dta option for alignmen~
~
StringTieのHPで照会されている[[gffcompare:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml#gffcompare]]は、~
The program gffcompare can be used to compare, merge, annotate and estimate accuracy of one or more GFF files (the "query" files), when compared with a reference annotation (also provided as GFF/GTF).
-2019-04-17 [[NGSデータから新たな知識を導出するためのデータ解析リテラシー 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2018008.html]]の「データ解析」の項が参考になりそう。
-2019-04-17 Cufflinks回り
--[[次世代シークエンサーDRY解析教本による遺伝子発現解析〜Cufflinks、cummeRbund、DAVID〜@AJACSa三島2 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2016010.html]]はcufflinksを使った解説で、古い？
--[[Cufflinks | RNA-seq を利用した遺伝子発現解析:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/expression/cufflinks.html]]
--その手前の概論 [[発現量解析 | RNA-Seq を利用した発現変動遺伝子の検出:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/]]
-2019-04-17 vcfとbcf 要はvcfがテキスト版、bcfがバイナリ版。変換は [[bcftools view:ｖ]]で可能らしい。~
ついでに[[コンセンサス配列の作成 | VCF の変異情報に基づいてリファレンスの塩基配列を置換しコンセンサス配列を作成方法:https://bi.biopapyrus.jp/gwas/vcf-consensus-fasta.html]]
-2019-04-17 [[能力と人物を見極める3つの新しい評価手法 | DHBR最新号から｜DIAMOND ハーバード・ビジネス・レビュー :https://www.dhbr.net/articles/-/5853]]
-2019-04-17 [[無料で手描きの線から超リアルな雲画像を誰でもサクッと作成できる「KumoWorks」レビュー - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190416-kumoworks/]]~
ソースコードもオープンだとか。[[GitHub - opentoonz/kumoworks: KumoWorks - A Cloud Rendering Tool for Animation Production.:https://github.com/opentoonz/kumoworks]]
-2019-04-16 EMBOSSのSeqRetを使ってGenBankからGFF3を作る
--EMBOSSのインストール 〜 [[ダウンロード:http://emboss.sourceforge.net/download/]] 〜 configure/make/make install
--[[使い方 Introduction to Sequence:http://emboss.sourceforge.net/docs/emboss_tutorial/emboss_tutorial.html]] ⇒ [[seqret:http://emboss.sourceforge.net/docs/emboss_tutorial/node2.html#SECTION00212000000000000000]]~
$seqret AP012030.gb -outseq AP012030.gff3 -osformat gcc3 -feature
-2019-04-16 IGVにsorted.BAMを食わせるために、インデックス付けをする。
--[[SAMtools:https://cell-innovation.nig.ac.jp/surfers/SAMtools.html#bam_index_]]~
$samtools index SRR453566.sorted.bam
これを作っておいて、同じディレクトリ内にSRR453566.sorted.bamとSR453566.sorted.bam.bai がある状態にして、IGV.jsに対して
{
"name": "BAM",
"type": "alignment",
"format": "bam",
#"displayMode": "EXPANDED",
"url": "files/SRR453566.sorted.bam",
"indexed": True
}
-2019-04-16 IGVにvcfを食わせるために、index付けをする。
[[サンプル間で共通する変異と固有の変異を抽出する - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/06/165329]]を参考にした。
--インデックス付けはbcftoolsで可能だが、入力たるvcfファイルがbgzipされていなければならない。[[gdzip:http://www.htslib.org/doc/bgzip.html]]自体はsamtoolsのhtslibの中に入っていて、samtoolsをmake; make installしただけでは入らない。make all all-htslib; make install install-htslib のように追加makeする必要がある。
bgzip -c s288c.vcf > s288c.vcf.gz
bcftools index s288c.vcf.gz
この結果できたs288c.vcf.csiをs288c.vcf.gzとおなじフォルダに置いて食わす。
-2019-04-16 [[次世代シークエンスデータベースの活用法最前線:https://katosei.jsbba.or.jp/view_html.php?aid=699]]
-2019-04-13 [[京大の「ニコ動的講義」が話題に 講師と学生がスライド上のコメントを介して交流 - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1904/12/news127.html]]~
[[「ニコ動的講義」が生み出す、教員と学生のシンクロ｜Topics | CONNECT:https://www.highedu.kyoto-u.ac.jp/connect/topics/mizuhara01.php]]
-2019-04-12 [[VLOOKUPで複数結果を全て抽出・表示する方法／重複したときに２番目以降も抽出できる？:https://excelkamiwaza.com/excel_hukusuu_kekka.html]]~
[[関数で条件を満たす複数のデータを表から取り出す方法 [エクセル（Excel）の使い方] All About:https://allabout.co.jp/gm/gc/297817/]]
-2019-04-11 [[「人の脆弱性」がセキュリティ最大のリスク どうやって「最悪の事態」を想定する？：事例で分かる、中堅・中小企業のセキュリティ対策【第17回】 - TechTargetジャパン 中堅・中小企業とIT:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1904/01/news01.html]]
-2019-04-11 [[AWS、Google、Azureの自然言語処理APIを比較 長所短所は？：開発者が注目するAIテクノロジー - TechTargetジャパン システム開発:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1904/02/news07.html]]
-2019-04-10 [[Microsoftが.NET向け機械学習フレームワーク「ML.NET 1.0 RC」を公開：95％のAPIを固定 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/09/news047.html]]
-2019-04-10 [[仮説なきデータマイニングが陥る「ファインマン・トラップ」という落とし穴｜WIRED.jp:https://wired.jp/2019/04/09/exaggerated-promise-of-data-mining/]]
-2019-04-09 [[Microsoftが「ハードウェアの安全な取り外し」を行わなくてもUSBを取り外してOKと認める - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190409-microsoft-windows-remove-usb/]]
-2019-04-05 [[Python向け日本語自然言語処理ライブラリ「GiNZA」、リクルートがGitHubで公開：新元号「令和」にも対応 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/05/news046.html]]
-2019-04-03 [[Pythonってどんな言語なの？ (1/2)：Python入門 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/02/news024.html]]
-2019-04-03 [[【Google Chrome】特定のサイト（ドメイン）のCookieだけ削除する方法：Google Chrome完全ガイド - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/03/news041.html]]
-2019-04-03 [[自然言語処理などに利用されるAIモデルは言葉の「言い換え」に脆弱であると研究者らが指摘 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190402-text-based-ai-vulnerable-paraphrasing/]]
-2019-04-02
--[[パスウェイデータベースの紹介とKEGG PATHWAYの使い方 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2016003.html]] 2016-01-26
--[[パスウェイデータベースの紹介とKEGG PATHWAYの使い方 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2016017.html]] 2016-07-05~
データ形式はどうもBioPAXが標準になりつつあるらしい（のか？）。BioPythonがサポートするKGMLモジュールはどうよ？~
この中の「パスウェイデータベースのデータ形式」に曰く~
計算機での取り扱いを目的として XML (Extensible Markup Language) で記述されていることが多くなっています - KGML (KEGG Markup Language) は分子間の関係とダイアグラムのレイアウトを取り扱うための KEGG 独自のフォーマット - SBML (Systems Biology Markup Language)、CellML、CSML (Cell System Markup Language) はパスウェイのシミュレーションやモデリングを行うためのフォーマット - PSI-MI (Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction XML Format) はタンパク質間相互作用を記述するためのフォーマット - BioPAX (Biological Pathways Exchange) は様々なパスウェイデータを統合したり、データ交換を行うことを目的として策定された標準化を目指したフォーマット~
これらのデータ形式を扱うことのできるネットワーク可視化ソフトウェアには Cyroscape や VisANT などがあります - AJACS58 : Cytoscapeを使ったデータの可視化~
どのパスウェイデータベースを研究に使えば良いかは、対象生物や対象パスウェイ、目的によって異なってきます~
今回は BioCyc, Reactome, KEGG PATHWAY のブラウザ上での使い方を紹介します
-2019-03-29 [[genome-sci/basic_course: Basic session for Bioinformatics (especially RNA-seq analysis) supported by the project "Platform for Advanced Genome Science" (PAGS):https://www.genome-sci.jp/e https://github.com/genome-sci/basic_course]]
-2019-03-28 [[「Python」「R」「Jupyter Notebook」「Tableau」「Keras」が愛用される理由：経験豊かなデータサイエンティストのお墨付き - TechTargetジャパン データ分析:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1902/12/news04.html]]
-2019-03-27 [[政府、AI人材年25万人育成へ 全大学生に初級教育 :日本経済新聞:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO42932250W9A320C1SHA000/]]
-2019-03-26 [[株価を読むために、業績発表より重要なこと：日経ビジネス電子版:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00130/00002/?n_cid=nbpnb_mled_mre]]
-2019-03-24 [[Overleaf, Online LaTeX Editor:https://www.overleaf.com/]]
-2019-03-22 [[ブロックチェーン向けPythonライブラリ、VIPPOOLがOSSとして公開：秘密鍵を手元に保持できる - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/22/news046.html]]
-2019-03-22 [[情報解析講習会ビデオ＜2018年度 情報解析講習会（中級者向け）:https://www.genome-sci.jp/lecture20181st]] と [[その資料:https://github.com/genome-sci/python_bioinfo_2018]]
-2019-03-20 [[大容量のzipを展開(解凍)できない bad CRCなどのエラーが発生する場合の対処法 - Qiita:https://qiita.com/zakisanf05/items/6b305f505f9c96cd1935]]
-2019-03-20 [[Pandas DataFrameへの置換操作のまとめ - Qiita:https://qiita.com/kazetof/items/992638be821a617b900a]]
-2019-03-20
--[[GitHub - danielecook/Awesome-Bioinformatics: A curated list of awesome Bioinformatics libraries and software.:https://github.com/danielecook/Awesome-Bioinformatics]]
--[[samtools · GitHub:https://github.com/samtools]]
--[[Python for Biologists:https://pythonforbiologists.com/]]
-2019-03-18 [[NVIDIA、1万円台の小型AIコンピュータ「Jetson Nano」を発表 - CNET Japan:https://japan.cnet.com/article/35134401/]]
-2019-03-18 [[igv.js:https://igv.org/doc/doc.html]] こんなものがあるんだ。
-2019-03-18 [[bcbio/bcbio-nextgen: Validated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis:https://github.com/bcbio/bcbio-nextgen]]
-2019-03-18 [[Power BI Desktop | Microsoft Power BI:https://powerbi.microsoft.com/ja-jp/desktop/]]
-2019-03-18 [[今の小学生ってすげー PCいらずでプログラミングが勉強できる小学生向けドリルの誕生秘話を聞いた - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1903/14/news095.html]]
--[[ドリルの王様:https://www.shinko-keirin.co.jp/shinko/elementary/do/site/index.html]]
--[[プログラミングドリル「１〜２年の たのしいプログラミング」 無料ダウンロード｜ドリルの王様 大特集｜ドリルの王様 〜楽しく取り組めるから長続き！苦手対策にも！〜 新興出版社啓林館×ちびむすドリル コラボ企画:https://happylilac.net/ssk/sk1903041210.html]]
--[[プログラミングドリル「３〜４年の 楽しいプログラミング」 無料ダウンロード｜ドリルの王様 大特集｜ドリルの王様 〜楽しく取り組めるから長続き！苦手対策にも！〜 新興出版社啓林館×ちびむすドリル コラボ企画:https://happylilac.net/ssk/sk1903041215.html]]
--[[プログラミングドリル「５〜６年の 楽しいプログラミング」 無料ダウンロード｜ドリルの王様 大特集｜ドリルの王様 〜楽しく取り組めるから長続き！苦手対策にも！〜 新興出版社啓林館×ちびむすドリル コラボ企画:https://happylilac.net/ssk/sk1903041218.html]]
-2019-03-18 [[Scrimer:https://scrimer.readthedocs.io/en/latest/index.html]]
-2019-03-18
--[[Galaxy Samtools mpileup (supporting parallelization)(version 0.1.19-a.a):https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository/display_tool?repository_id=fd948844d7eb9b6b&render_repository_actions_for=tool_shed&tool_config=%2Fsrv%2Ftoolshed%2Fmain%2Fvar%2Fdata%2Frepos%2F001%2Frepo_1999%2Fsamtools-parallel-mpileup.xml&changeset_revision=460f0749aac5]]~
で、リンク先は [[GitHub - yhoogstrate/parallel-mpileup: attempt to parallelize mplileup:https://github.com/yhoogstrate/parallel-mpileup/]]
--[[the step of samtools mpileup is very slow · Issue #945 · samtools/samtools · GitHub:https://github.com/samtools/samtools/issues/945]]
--結局chromosomeなりregionなりごとにmpileupして、結果を結合するという話のようです。
-2019-03-18 [[【WSL入門】第1回 Windows 10標準Linux環境WSLを始めよう：ITの教室 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/18/news031.html]]
-2019-03-17 GUIXソースコンパイル [[Requirements (GNU Guix Reference Manual) :ttps://www.gnu.org/software/guix/manual/en/html_node/Requirements.html]]
--GNU Guile, version 2.0.13 or later, including 2.2.x;~
[[Download:http://ftp.gnu.org/gnu/guile/]], configure/make/make install~
これのために、libtool中のlibltdtが必要になる。
---libtool: [[ダウンロード:http://ftpmirror.gnu.org/libtool/libtool-2.4.6.tar.gz]]~
./configure make make install
---libunistring: [[https://ftp.gnu.org/gnu/libunistring/libunistring-0.9.10.tar.gz]]~
./configure make make install
---Guile-Gcrypt, version 0.1.0 or later; 1.8.4
---libgpg-error version 1.35
---libnettle 3.4.1
---GnuTLS, specifically its Guile bindings (see how to install the GnuTLS bindings for Guile in GnuTLS-Guile);
---libnettle 3.4.1
---bdw-gc yum install gc-devel
--Guile-SQLite3, version 0.1.0 or later;
--Guile-Git, from August 2017 or later;~
この中でハング中 autoconfしたところconfigureはできたが、install-shが無いと言って怒る。
--zlib;
--GNU Make.
-2019-03-17
-- [[SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換 – バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]:http://bioinfo-dojo.net/2017/04/19/sra-toolkit_data_download_sra_fastq/]]
--[[公共NGSデータの検索と登録(2017NGSハンズオン講習会-8月29日):https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20170829_3_nakazato_20170818.pdf]]
--[[SRAデータを効率的にダウンロード - ノート:http://mctakashima.blog.jp/archives/2625885.html]]
--[[Home - SRA - NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/]]
-2019-03-16 bcbio
--[[bcbio/bcbio-nextgen: Validated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis:https://github.com/bcbio/bcbio-nextgen]]
--[[bcbio-nextgen 1.1.3 documentation:https://bcbio-nextgen.readthedocs.io/en/latest/index.html]]
-2019-03-15 genebank to gff
--[[mscook/to-gff: Convert .gbk or .embl to .gff (and optionally .fa) (required for QUAST):https://github.com/mscook/to-gff]]
--[[Convert GFF and associated FASTA file into GeneBank format:https://www.biostars.org/p/2492/]]
--[[Converting sequence files with the Bio.SeqIO module.:https://biopython.org/wiki/Converting_sequence_files]]
--[[GFF（General Feature Format）:https://staffblog.amelieff.jp/entry/2015/07/31/143358]]
--[[SeqIO | データベースからダウンロードしたファイルを処理する BioPython モジュール:https://bi.biopapyrus.jp/python/biopython/seqio.html]]
--[[BiopythonでGenbankファイル操作：CDSをすべてFASTAに書き出す - Qiita:https://qiita.com/sato32ha6/items/b9d85fad2d9de53374bf]]
--[[Biopython：Genbank file parsing cheat sheet - Qiita:https://qiita.com/sato32ha6/items/9687f5f0b56d7f318783]]
--[[BiopythonでGenbankファイルからアミノ酸配列を抽出する - ほぼ中立ブログ:https://www.hobochuritsu.com/entry/2018/10/13/004352]]
--[[Parsing GFF Files · Biopython:https://biopython.org/wiki/GFF_Parsing]]の中に、Writing GFF3というセクションがあって、その中に
#Converting other formats to GFF3
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO
in_file = "your_file.gb"
out_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()
-2019-03-15 [[Faceook、AI処理向けのモジュラーハードウェアプラットフォームとASICを発表:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/15/news069.html]]
-2019-03-14 [[「わたし」のウェルビーイングから、「わたしたち」のウェルビーイングへ：ドミニク・チェン｜WIRED.jp:https://wired.jp/2019/03/14/well-being-dominique-chen/]]
-2019-03-14 [[稼ぐなら"やりたくないこと"を仕事に選べ | プレジデントオンライン:https://president.jp/articles/-/27921]]
-2019-03-11 [[Google音声入力をWindowsの任意アプリでインラインで使う方法:https://www.teradas.net/archives/29242/]]
-2019-03-10 [[個人事業主・フリーランス必見！経費にできるものをまとめました｜スモビバ！:https://www.sumoviva.jp/trend-tips/20150625_325.html]]
-2019-03-10 [[markdown to ePub - おっさんプログラマの戯れ言:http://d.hatena.ne.jp/unk_pizza/20141118/p1]]
-2019-03-10
--[[VFC | VFC フォーマットファイルの特徴および Python でパースする方法:https://bi.biopapyrus.jp/gwas/vcf.html]]
--[[VCF and BCF formatted files - GeneticVariation.jl:https://biojulia.net/GeneticVariation.jl/v0.1.0/io/vcf-bcf/]]
-2019-03-10 [[RNA-Seq | 遺伝子発現量解析:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/]]
--[[マッピング | RNA-seq による遺伝子発現解析:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/]]
--[[発現量取得 | マッピング結果らリードカウントデータを取得する方法:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/expression/]]
--[[発現量解析 | RNA-Seq を利用した発現変動遺伝子の検出:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/]]
-2019-03-09 [[Let's Encrypt:https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=ssl&f=2]] [[Apache httpd : SSL/TLS の設定:https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=httpd&f=7]] [[WebDAV の設定:https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=httpd&f=12]]
-2019-03-09 [[「この仕組み思い付いた人、天才だ」 どんなネジでもヌルヌル回せる工具が超便利だと注目集める - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1903/09/news019.html]]
-2019-03-08 [[グーグルがエッジでAIを利用するためのワンボードコンピュータを発表 - ZDNet Japan:https://japan.zdnet.com/article/35133858/]]
-2019-03-05 [[不測の事態に備えてGmailのメールデータをバックアップする：Tech TIPS - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1612/05/news023.html]]
-2019-03-05 [[市民のライフイベントに寄り添う--フィンランド政府が取り組むAIアシスタント「Aurora」 - ZDNet Japan:https://japan.zdnet.com/article/35133145/]]
-2019-03-03 [[1クリックでページタイトルとURLをコピーできるChrome拡張機能「Simple URL Copy」:https://gigazine.net/news/1urlchromesimple_url_copy/]]
-2019-03-01 散布図の各点に文字コメントを付ける
--[[【matplotlib】散布図の各点に文字を付けたい:https://www.tcom242242.site/entry/2017/08/21/185255]]
--[[pythonのmatplotlibで散布図の点に名前をつける:https://teratail.com/questions/110775]]
--[[<Python, matplotlib> 散布図の各要素に文字を付ける。:http://nekoyukimmm.hatenablog.com/entry/2015/10/08/224607]]
--[[matplotlib.pyplot.annotate:https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.annotate.html?highlight=annotate#matplotlib.pyplot.annotate]]
--[[matplotlib.axes.Axes.annotate:https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.axes.Axes.annotate.html#matplotlib.axes.Axes.annotate]]
--[[Annotating a plot:https://matplotlib.org/gallery/pyplots/annotation_basic.html?highlight=annotating%20axes]]
--[[Annotations:https://matplotlib.org/tutorials/text/annotations.html?highlight=annotating%20axes]]
--[[Annotating Plots:https://matplotlib.org/gallery/text_labels_and_annotations/annotation_demo.html]]
--[[pyplotの散布図グラフでマーカーに文字を使う方法:https://blog.shikoan.com/pyplot-scatter-string-marker/]]
-2019-03-01 [[次期Windows 10最新動向：Windows 10からWSL上のLinuxのファイルシステムへのアクセスが可能に:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/01/news043.html]]
-2019-03-01 [[【 pdftotext 】コマンド――PDFファイルからテキストを抽出する:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/01/news029.html]]
-2019-03-01 [[システムの脆弱性からユーザーの心理的弱点へ、サイバー攻撃の手口が変化:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/01/news053.html]]
-2019-02-28
--[[A Gene Ontology Tutorial in Python:https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-3743-1_16]] (Springer) と
--その紹介PubMedページ [[A Gene Ontology Tutorial in Python.:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27812946]] と
--その中で "An interactive version of the tutorial, including solutions, is available at" と書いてある
--[[THE GO HANDBOOK:http://gohandbook.org/doku.php]]
-2019-02-27 [[プログラミングの力で貧困の連鎖を止める・・・恵比寿Unity部の活動とは:https://news.yahoo.co.jp/byline/onokenji/20190226-00116273/]] 「ゲーム作りで」＋「ボランタリー」がいいと思う。
-2019-02-26 [[眠らせることで性能が向上するAIが開発される（イタリア研究）:http://karapaia.com/archives/52271325.html]] 記事に曰く~
人工ニューラルネットワーク（ANN）は、生物学的な神経ネットワークをモデルにした人工知能の一種であるが、放っておかれたからといって自然と眠りについて、夢を見たりはしない。|
だが、イタリア・サレント大学の数学者アドリアーノ・バッラ氏は、哺乳類の脳に備わった睡眠と夢のメカニズムにヒントを得て、「ホップフィールド・ネットワーク」なるANNの一種に睡眠機能を実装した。~
ちょっと意外で面白い思い付きだ！
-2019-02-26 [[Python内で対話的にpythonスクリプトを走らせる:https://hacknote.jp/archives/25213/]]
--python -i <file name>で、ファイル中のスクリプト実行後にプロンプトに戻る
--exec(open("./ファイル名").read()) いつでも使える。しかもスクリプトで実行した結果の変数とかが残っていて、そのまま継続可能みたいだ。
-2019-02-26 Python内でたプログラムをexecするとき（subprocess.Popenだったのが新しくsubprocess.runができてそちらを推奨しているようだ）
--[[subprocess — サブプロセス管理（Pythonマニュアル）:https://docs.python.jp/3/library/subprocess.html]]
--[[Pythonで外部プログラムを実行してコンソール出力を取得する:https://qiita.com/f0o0o/items/06dba8e331eb7897dcc7]] runの時は出力はreadが要らないらしい？
--[[subprocess.run(..., stdout=subprocess.PIPE)で日本語を含む場合のメモ(文字コード判定):https://qiita.com/int_main_void/items/c456d06312817f3bc78d]]
process = subprocess.run(['cal', '-A', '3'], stdout=subprocess.PIPE)
output = process.stdout.decode('utf-8')
# output = process.stdout.decode('cp932') # Windowsの場合
-2019-02-26 PythonのMac用配布プログラムの作成 Py2App
--[[【番外編コラム】Pythonプログラムの配布方法:https://news.mynavi.jp/article/python-28/]]~
バイナリ化を行うツールは、そのバイナリの対象OSごとにあり、Windowsの場合はpy2exeなどを使い、Macなどの場合はpy2appを使います。これ以外にもバイナリ化のツールにはいろいろありますので、自分の好きなものを使っていただければと思います。
--[[【Python】py2appでMacのネイティブアプリを作る（エラーあり？）:https://code-graffiti.com/create-native-mac-application-on-py2app-in-python/]]
--[[QuickIR を py2app で Macのアプリケーションにしてみた:https://y-naito.ddo.jp/index.php?id=1477186158]]
--[[PythonでスタンドアロンのMac OS Xアプリケーションを作成する:https://gist.github.com/uchcode/fb2187111581032ec6b1d71e7e2d754f]]
--[[Macintosh で Python を使う:https://docs.python.org/ja/3/using/mac.html]] (Python正規マニュアル)
--[[pythonCUIアプリケーションをmac用のappにする:https://qiita.com/musubi05/items/266703a1c9d57e14f897]] (2015)
--[[[Mac]自作アプリの配布用ディスクイメージの作り方:https://qiita.com/knoguchi/items/2e71d835ee4c238c9611]] (2017, dmgbuild)
-2019-02-26 Pythonの(Win用) EXEファイル作成
--[[超軽量、超高速な配布用Python「embeddable python」:https://qiita.com/mm_sys/items/1fd3a50a930dac3db299]] (2018-10)
--[[PythonスクリプトをWindows環境で動くexeファイルにしよう！:https://www.sejuku.net/blog/65881]] (2018-7)
--[[Pythonコードをexe化:https://kazusa-pg.com/python-make-exe/]] (2018-7)
--[[Pythonのファイルをexe化する方法【初心者向け】:https://techacademy.jp/magazine/18963]]
-2019-02-26 Pythonのモジュール配布
--[[Python モジュールの配布:https://docs.python.jp/3/distributing/index.html]]
--[[プロジェクトのパッケージングと配布:https://python-packaging-user-guide-ja.readthedocs.io/ja/latest/distributing.html]]
--[[Pythonのパッケージングのベストプラクティスについて考える2018:https://techblog.asahi-net.co.jp/entry/2018/06/15/162951]]
-2019-02-26 [[人工塩基を加えて通常の2倍である8種類の塩基で構成される「Hachimoji DNA(8文字DNA)」が作り出される:https://gigazine.net/news/20190225-hachimoji-dna/]] これによってどんなアミノ酸が作られるのかな？
-2019-02-25 [[マイクロソフトの「Kinect」がIoT機器として復活--ゲーム機向けから業務用へ進化:https://japan.cnet.com/article/35133211/]]
-2019-02-23 [[トランスクリプトーム解析の現況 ~マイクロアレイ vs. RNA-seq:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20131030_kadota.pdf]] (2013-10-30 門田先生)
-2019-02-21 MAS5をPythonで？
-2019-02-21 MAS5 (affimetrix)
--[[Robust estimators for expression analysis:https://watermark.silverchair.com/181585.pdf?token=AQECAHi208BE49Ooan9kkhW_Ercy7Dm3ZL_9Cf3qfKAc485ysgAAAmIwggJeBgkqhkiG9w0BBwagggJPMIICSwIBADCCAkQGCSqGSIb3DQEHATAeBglghkgBZQMEAS4wEQQMZd9X-RqistPe2OmNAgEQgIICFXDA-479kw445qbCyMjfh_YK4zGcOPTzJTEThmvJ72CWCU_J__JkU_UD2DY35LGdNBgKZP4DSM17x9q5Y5-erc1kr1z8UHq-qYyDdU5Bhy-WQtuj59Hrzj1U7iR-EOU_jeqTJDqo8tE7PDA0nco-qVnCxzm3nL3pEm633Kicgnp-lTu_tFEbY8e3UdEHLFvF77SFX0wiO6FAUfYR6sMprLD01rYnvqaCIfEXcMVNdG7Y_ITFq2NHoIXnUJGfYjgIgNzLiIDb8gJufwsxuHFWhCyCdFjm5wlwtgn9XfgXGVk9RyzLboN_lyisPjBLJJDxhsidO1VV43vXL1qtTqN5blPd2LjxwOUXJv5k4GtArhazZztGSk5QLgkiQ9XDoGBuXP7zLnnajYAodmITk1rOQG4fRHx9IEwi6LwfxKbvUu7UXMuwgb54vh0SzGX_sxv5U6HoZ3GKcnJAog7w1zUPyeVWZzu2MK6NcAecImmZkMTEGqGUGUPQb2cvklA_VN4Tjf4fUldOOrbugkZPyrZ2Tf6E_aZrUNSvltn94MoruwmvkKzES6nOf5PARrFslUg0t0rE-RMD7nI5zwzNrFX1A2gt8L-Xb_OjxI_fEPBtjHFR45q4dk5BaWZ5LcbVaDjncuXp48dQbWmPppmXNidQDXo-o8IqPi05zJ784fdEwi6GZKqF2H6QuitkmN8-PGLZFfjmrJZT]]
--[[Bioconductor中の"affy":https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/affy.html]]~
[[Description of affy:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/affy/inst/doc/affy.pdf]]
--[[Affymetrix Power Tools:https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/microarray-analysis/microarray-analysis-partners-programs/affymetrix-developers-network/affymetrix-power-tools.html]]~
Affymetrix Power Tools (APT) is a set of cross-platform command line programs that implement algorithms for analyzing and working with GeneChip™ arrays. APT programs are intended for "power users" who prefer programs that can be utilized in scripting environments and are sophisticated enough to handle the complexity of extra features and functionality. ~
Features include:~
. Multiple summarization methods like PLIER, RMA, MAS5, DABG, and IterPLIER~
. ...
--[[マイクロアレイの正規化手法とデータの解釈について:https://www.subioplatform.com/ja/products/subioplatform/mas5-vs-rma]]
-Gene Expression取得 and Array Expression (マイクロアレイは使わなくなってきたのかも？）
--[[NCBI Gene Expression Omnibus（GEO):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/]]
--[[遺伝子発現データベースの使い方 at AJACS津軽:https://github.com/AJACS-training/AJACS56/tree/master/bono1]]
--[[Programmatic access to GEO:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo_paccess.html]]
-Array Express (EMBL-EBI)
--Array Express:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/]]
--[[FTP:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/]]
--[[ArrayExpress データの ftp ミラーサイト提供を開始:https://www.ddbj.nig.ac.jp/news/ja/wn161128.html]]
--[[pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得:https://qiita.com/joemphilips/items/4de464e63a5c0784b17d]]
--[[pyaffy 0.3.2:https://pypi.org/project/pyaffy/]] pyAffy is a Python/Cython implementation of the RMA algorithm for processing raw data from Affymetrix expression microarrays. For a detailed discussion of this implementation, see the pyAffy PeerJ preprint.
-2019-02-21 [[衛星データを無料で活用--“誰でも使える”宇宙データプラットフォーム「Tellus」開始:https://japan.cnet.com/article/35133163/]] 曰く~
このサービスは、経済産業省の「平成30年度政府衛星データのオープン&フリー化及びデータ利用環境整備事業」として同社が受託したもの。これまで高価だった衛星データをはじめ、巨大なストレージ、コンピューティングパワー、解析用ソフトウェアまですべてを、さくらインターネットがクラウド上で提供。利用料は無料で、法人・個人問わず利用可能だ。
-2019-02-20 [[学生の課題の採点をGitHubとTravis CIで自動化することで成績向上や採点にかかる時間短縮などの利点が得られる:https://gigazine.net/news/20190222-github-travis-ci-classroom/]] プログラム課題に対してテストケースを用意して、自動採点するのだそうな。「この考えが間違っている」というようなコメントまでしてくれるといいのだがな？？
-2019-02-20 [[BioPython Tutorial:http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html]]
-2019-02-20 Biopython [[Module QualityIO:http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqIO.QualityIO-module.html]]
-2019-02-20 [[ssbio: A Framework for Structural Systems Biology:https://ssbio.readthedocs.io/en/latest/]]
-2019-02-20 [[社長のトイレ掃除で、業績がよくなる理由:https://president.jp/articles/-/27717]]
-2019-02-20 備忘 門田先生 [[(Rで)塩基配列解析:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html]] と [[(Rで)マイクロアレイデータ解析:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html]]
-2019-02-20 [[国会図書館の書誌データ、利用目的かかわらず誰でも無償で利用可能に 4月1日から:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1902/20/news138.html]]
-2019-02-19 [[「架空の人物の顔写真」を自動生成するサイトが登場 いそうでいない顔をポンポン生成:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1902/19/news078.html]] 著作権や肖像権のない顔画像として利用できるのかな？
-2019-02-19 [[京都市交通局アニメ「地下鉄に乗るっ」:https://www.youtube.com/watch?v=2OInuZFHeQo]]
-2019-02-19 [[Bioconda:https://bioconda.github.io/]]
-2019-02-19 [[バイオインフォマティクス勉強用サイトリンク集:http://sy41211.hatenablog.com/entry/2015/12/16/045039]]
-2019-02-19 [[(Bio)python course at CSC:https://www.csc.fi/documents/200270/272439/Biopython+course/2fb10e48-8cc8-472a-9a11-69ae8836d681]]
-2019-02-19 [[PyEnsembl:https://pypi.org/project/pyensembl/]]と[[PyVCF:https://pypi.org/project/PyVCF/]]
-2019-02-19 [[Bioconductor Essentials:https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2017/BioCAsia/A01-Bioc-Basics.html#25_emerging_area:_very_large_data]] ← Bioconductorのオフィシャルページの[[Courses & Conferences:https://www.bioconductor.org/help/course-materials/]]より
-2019-02-19 [[Bioconductor — Genomicデータ解析ツール群:https://heavywatal.github.io/rstats/bioconductor.html] この辺がPythonでどう足りるか？？
-2019-02-19 Python on Bioinfomatics関連の本？
--[[Bioinformatics with Python Cookbook: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge research in computational biology, 2nd Edition (英語) ペーパーバック – 2018/11/30 Tiago Antao (著):https://www.amazon.co.jp/Bioinformatics-Python-Cookbook-bioinformatics-computational/dp/1789344697/ref=sr_1_2?s=english-books&ie=UTF8&qid=1550537978&sr=1-2&keywords=Python+for+Bioinformatics]]
--[[Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology) (英語) ペーパーバック – 2017/7/31 Sebastian Bassi (著):https://www.amazon.co.jp/Bioinformatics-Chapman-Mathematical-Computational-Biology/dp/1138035262/ref=sr_1_5?s=english-books&ie=UTF8&qid=1550537978&sr=1-5&keywords=Python+for+Bioinformatics]]
--[[Hands-On Bioinformatics with Python: A practical guide to extract useful insights from a large collection of biological data (English Edition) Kindle版 Juan Caballero (著):https://www.amazon.co.jp/Hands-Bioinformatics-Python-collection-biological-ebook/dp/B07MVFLDMX/ref=sr_1_1?s=english-books&ie=UTF8&qid=1550537978&sr=1-1&keywords=Python+for+Bioinformatics]]
-2019-02-19 記事と元記事に曰く~
[[どうすれば教師は悪夢ともいえる大量の宿題をモチベーションを高く保ったまま学生に処理させられるのか:https://gigazine.net/news/20180817-students-want-do-assignment/]]~
[[Will Students Actually Want to Do This Assignment?:https://www.chronicle.com/article/will-students-actually-want-to/244247]]~
夏休みの課題を実行させるための動機づけとして、３つ挙げている。
--Value: how much the student values the learning goal we are trying to motivate them to pursue. 到達目標が学生にとってどれだけの価値があるか？ 学生が目標に価値を見出すほどモチベーションが高まる。
--Expectancies: Can the student expect to succeed in attaining the goal? 学生が到達目標を達成できると期待できるか？ これには２つの要素があって、(1)与えられたステップが学生を到達目標に導くものか？、(2)学生がステップを完了することができそれによって最終目標に到達することができるものか？ 学生がより目標へ到達できると思うほどモチベーションが高まる。
--Environment: How supportive is the classroom environment? 学習環境・コースの環境がサポーティブであるか？ 環境がサポーティブなほどモチベーションが高まる。~
~
また、学生に目標を設定してもらうため、「なぜ授業を受けるのか？」や「授業を受ければ将来何の役に立つと思うか？」などのさまざまな質問を投げかけるという。
-2019-02-19 アルバイトへのブラックの実態調査が引用されている [[「バイトテロ」への企業の法的措置と、ぬぐえない違和感:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00118/00010/?P=3&mds]]
-2019-02-18 [[Watsonと大人の工作の融合〜AIロボット"TJBot"を作って学んで遊ぼう！:http://blogs.itmedia.co.jp/digitalnakayama/2019/02/post_160_TJBot.html]]
-2019-02-18 [[世界最速のスパコンが深層学習の最速記録、気象予測を新たな次元へ:https://wired.jp/2019/02/18/fastest-supercomputer-record/]]
-2019-02-17 [[確定申告で通る｢経費｣と通らない経費の大差:https://toyokeizai.net/articles/-/254023]]
-2019-02-17 [[AI(人工知能)を用いた映像変換技術「Deepfake(ディープフェイク)」の文章版とも言うべきテキストジェネレーターを、イーロン・マスク氏らが出資する非営利のAI研究組織であるOpenAIが開発しました。しかし、あまりにも高精度のテキストを簡単に自動生成できるため、開発陣が「あまりにも危険過ぎる」と危惧しています。:https://gigazine.net/news/20190216-ai-fake-text-generator-dangerous-release/]]
-2019-02-16 pandasのplotを使うとき
--[[pandasのplotメソッドでグラフを作成しデータを可視化:https://note.nkmk.me/python-pandas-plot/]]
--[[Matplotlib でグラフの書き方メモ (折れ線グラフ・棒グラフ・ヒストグラム・散布図編):https://qiita.com/waterada/items/20f2d7aa49d0c1cbef3d]]
--[[Pandasのplotの全引数を解説:http://own-search-and-study.xyz/2016/08/03/pandas%E3%81%AEplot%E3%81%AE%E5%85%A8%E5%BC%95%E6%95%B0%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%84%E3%81%93%E3%81%AA%E3%81%99/]]
-2019-02-15
--[[シラバスの厳格化と「生活費はバイトで稼いで」と言う保護者の間で詰む学生が出る 藤代裕之:https://news.yahoo.co.jp/byline/fujisiro/20190215-00114839/]]~
いつも自分が思っていることと同じような主張だが、根拠データがあるのがいいかも。
--（その参照データの1つ）：[[第53回学生生活実態調査の概要報告（by 生協）:https://www.univcoop.or.jp/press/life/report.html]] うちと比較してみるか？
--（と、）：[[大学生の学習状況に関する調査結果の概要（by 国立教育政策研究所）:http://www.nier.go.jp/05_kenkyu_seika/pdf06/gakusei_chousa_gaiyou.pdf]]
-2019-02-15 [[マスク氏が支援するOpenAI、大規模な教師なし言語モデル「GPT-2」の情報を公開:https://japan.cnet.com/article/35132788/]]
-2019-02-15 [[な、懐かしい…。｢パワポマンメーカー｣なら、今はなきパワポのクリップアートを作成できるぞ:https://www.lifehacker.jp/2019/02/powerpoint-maker.html]]
-2019-02-13 [[カテゴリーを設定して、WordPressブログを整理整頓！:https://www.infact1.co.jp/staff_blog/webmarketing/3739/]]
-2019-02-13 [[markdownで書けるドキュメントツールのGitbookを試す:https://re-engines.com/2018/09/06/markdown%E3%81%A7%E6%9B%B8%E3%81%91%E3%82%8B%E3%83%89%E3%82%AD%E3%83%A5%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AEgitbook%E3%82%92%E8%A9%A6%E3%81%99/]]
-2019-02-11 BioConductor
--[[BioConductorサイト:https://www.bioconductor.org]]
--[[Bioconductor — Genomicデータ解析ツール群:https://heavywatal.github.io/rstats/bioconductor.html]]
--[[R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析入門(Togo TV):https://togotv.dbcls.jp/ajacs2015024.html]]
-2019-02-11 R Studio
--[[R と RStudioのインストール - Qiita:https://qiita.com/hujuu/items/ddd66ae8e6f3f989f2c0]]
--[[Windows で RStudio のインストール:https://www.kunihikokaneko.com/dblab/toolchain/rstudio.html]]
--[[RStudioの基本的な使い方・設定:http://plaza.umin.ac.jp/~takeshou/R/RStudio1st.html]]
-2019-02-11 RStudio Server
--[[RStudio Server: 始めよう:http://memorandum2015.sakura.ne.jp/docs/server/getting_started]]
--[[第529回 RStudio Serverをよりかんたんにインストールする:https://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0529]] (Dockerでインストール)
-2019-02-10 [[学校の授業時間再編を巡る騒動から得た、人工知能にまつわる重要な視点：伊藤穰一:https://wired.jp/2019/02/10/joi-ito-ai-and-bus-routes/]]
-2019-02-08 DMPとは
--[[DMP（データマネジメントプラットフォーム）の仕組みと特徴:https://dmlab.jp/adtech/dmp.html]] 記事に曰く~
DMP（Data Management Platform）とは、インターネット上の様々なサーバーに蓄積されるビッグデータや自社サイトのログデータなどを一元管理、分析し、最終的に広告配信などのアクションプランの最適化を実現するためのプラットフォームのことです。~
DMPは全く新しいシステムということではなく、DMPと同じような目的・機能を持つシステムにDWH（Data WareHouse）が昔からあります。これにオーディエンスデータという外部データが加わり、さらに分析したデータを広告配信などの施策に、より落としやすくなったシステムがDMPというイメージです。~
オープンDMP~
「オープンDMP」は、Webサイト訪問ユーザーのデモグラ情報や、興味関心・嗜好性等などの外部のオーディエンスデータとデータエクスチェンジさせることができるクラウド型のデータプラットフォーム（様々なWebサイトのオーディエンスデータを集約して整理するデータ格納庫のようなもの）のことです。~
プライベートDMP~
「プライベートDMP」は、オープンDMPの領域に加え、企業独自ののマーケティングデータ（購買情報、ユーザープロファイル、各種プロモーションの結果等）を集約し、これを外部のオーディエンス情報とシンクさせ構築するプラットフォームです。CRMデータに、従来では取得することが難しかった外部データを組み合わせたものだとすると、理解しやすいと思います。データ格納先が企業側にある点がポイントです。
--[[国内DMPの一覧と比較 〜DMPの実際の画面と使い方〜:https://dmlab.jp/adtech/new_tech/adtech151005_7.html]]
-2019-02-08 [[最新版!｢面倒見がよい大学ランキング｣TOP100:https://toyokeizai.net/articles/-/264747]]
-2019-02-08 [[無料で数式を自動計算したりグラフを図示したりしてくれる手書きノートのようなソフトウェア「SMath Studio」レビュー:https://gigazine.net/news/20190208-smath-studio/]]
-2019-02-08 [[“感情Ai”技術、気付きにくい13の活用法:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1902/08/news009.html]]
-2019-02-07 [[Identification of mutations in laboratory evolved microbes from next-generation sequencing data using breseq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4239701/]]
-2019-02-07 [[SNPデータ解析入門スライド（アメリエフ）:https://www.slideshare.net/Amelieff/snp-15645912]] 〜 SNPによる遺伝統計解析（p14）
-2019-02-07 [[（岩崎貴也氏（神奈川大）の）解析ソフトウェア:https://sites.google.com/site/takayaiwasakieuotaka/software]]
-2019-02-07 [[NGSのためのバイオインフォマティクス Bioinformatics for NGS:http://crusade1096.web.fc2.com/katei.html]]
--[[featureCounts: a ultrafast and accurate read summarization program:http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/]]
--[[iDEGES正規化:http://crusade1096.web.fc2.com/ideges.html]]
^
-2019-02-07 [[SNPhylo: a pipeline to generate a phylogenetic tree from huge SNP data:http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo/]]~
[[Ensembl tool called Variant Effect Predictor:http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/index.html]]
-2019-02-07 VCF format とその解析
--[[VCF format� 淵▲瓮螢┘奸�:http://staffblog.amelieff.jp/entry/2012/05/23/091656]]
--[[VFC フォーマットファイルの特徴および Python でパースする方法:https://bi.biopapyrus.jp/gwas/vcf.html]]
--[[SNPデータからvcfを作って、手動でalt read のdepthなどを計算する方法:https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/cf30130fee9af38a5891]]
--[[次世代シークエンサーによるSNPの検出:http://k-kuro.hatenadiary.jp/entry/20140528/p2]]
--[[Variant calling using SAMtools:https://wikis.utexas.edu/display/bioiteam/Variant+calling+using+SAMtools]] [[TACC - High Performance Computing for NextGen Sequence Analysis:https://wikis.utexas.edu/display/bioiteam/TACC+-+High+Performance+Computing+for+NextGen+Sequence+Analysis]] (Univ Texas Austin)
--[[bioinformatics-workshops-and-training-2015.md:https://gist.github.com/stephenturner/746384284fe9902f824993ca0b9dc1fa]]
--[[Canadian Bioinformatics Workshops: Summer 2018:https://bioinformatics.ca/workshops/]]
---[[Informatics on High Throughput Sequencing Data:https://bioinformatics.ca/workshops/2018-informatics-on-high-throughput-sequencing-data/]]
---[[https://bioinformatics.ca/workshops/2018-informatics-on-high-throughput-sequencing-data/:https://bioinformatics.ca/workshops/2018-informatics-for-RNA-seq-analysis/]]
--[[Question: What are the best known workflow or tutorial for SNP calling?:http://bioinformaticsonline.com/answers/view/12790/what-are-the-best-known-workflow-or-tutorial-for-snp-calling?wish=stop]]
--[[A beginners guide to SNP calling from high-throughput DNA-sequencing data.:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22886560]]
--[[MiSeqデータのMHC領域へのマッピング（15）：RによるVCF fileの操作 (1): SNPごとの対立遺伝子頻度（allele frequency）および遺伝子型頻度（genotype frequency）の計算:http://hashiyuki.hatenablog.com/category/VCF%20format?page=1434961167]]
-2019-02-07 [[de novo transcriptomeのcontigクラスタリングツール Corset:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/06/15/190300]]
-2019-02-06 [[事前届出なしでもオンラインで確定申告を行えるようになった「e-Tax」を実際に利用してみた:https://gigazine.net/news/20190205-e-tax/]]
-2019-02-05 [[Googleがスマホ上で音声をリアルタイムでテキストに起こすアプリを聴覚障害者向けに開発:https://gigazine.net/news/20190205-google-real-time-continuous-transcription/]]
-2019-02-05 [[プログラミング言語の人気ランキング、独自調査で解明:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/18/010800068/010800001/]]~
[[プログラミング言語別に年収を分析、ランキング1位は？:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/18/010800068/010800003/]]
-2019-02-01 [[英語が自然と好きになる！ ネイティブも使う、子ども向け英語学習サイト3選:https://www.lifehacker.jp/2019/01/three-site-to-learn-english.html]]
-2019-01-31 [[議事録やインタビューにも。 録音と文字起こしを同時にしてくれるサイト｢Recording Studio｣:https://www.lifehacker.jp/2019/01/recording-studio.html]]
-2019-01-29 [[無料で商用利用可能な写真を自分で組み合わせて作ることができる「Photo Creator」は普通は見つからないような写真も自作可能:https://gigazine.net/news/20190128-photo-creator/]]
-2019-01-28 [[人工知能の「盲点」を人間からフィードバックを得て補うモデルを研究者が作成:https://gigazine.net/news/20190128-autonomous-system-blind-spot/]]
-2019-01-28 [[IPA、基本情報技術者試験にPythonを追加／COBOLを廃止:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1901/28/news038.html]]
-2019-01-28 [[Googleで検索ワードと一緒に使うと効率が劇的にアップする「検索演算子」とは？:https://gigazine.net/news/20190128-google-advanced-search-operator/]]
-2019-01-27 [[無料で商用利用可能な画像をサクッと検索できるネットサービス「Pixel Mob」:https://gigazine.net/news/20190127-pixelmob/]]
-2019-01-27 [[AIも人間も、ともに学んで進化する：「スタークラフト2」の歴史的な闘いを読み解く:https://wired.jp/2019/01/26/alphastar/]]~
[[人工知能が「スタークラフト2」で人間に勝利、その闘いから見えた機械学習の次なる課題:https://wired.jp/2019/01/26/deepmind-ai-beats-pros-starcraft2/]]
-2019-01-25 [[2018年でサポート終了のPHP バージョン5、企業に迫る深刻な脅威:http://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1811/21/news07.html]]
-2019-01-19 [[自分だけのナレッジベースを作れるフリーソフト「Trilium Notes」を使い倒してみた:https://gigazine.net/news/20190118-trilium/]]
-2019-01-18 [[コンピュータ西暦2000年問題の概要:https://note.mu/rompal/n/n1a3d7e88232c]] 今年に起こる元号の変更に絡んで、前に起こった2000年問題が話題に出ていましたが、そこで参照されていた記述です。網羅的かつ整理された記述と思います。
-2019-01-18 [[Robocopyより高機能。ファイル同期ツールの決定版「FreeFileSync」:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1901/18/news029.html]] 記事に曰く~
「いまさらフォルダ同期など役に立つのか？」と思われるかもしれない。~
だが筆者は、OneDriveを「安全」に使うためにFreeFileSyncを利用している。具体的には、原稿などの仕事用のフォルダは、OneDriveの同期フォルダとは別の位置に保存してある。これをFreeFileSyncで1時間に1回、OneDrive上の同期用フォルダと同期させることで、OneDrive側に問題が起きても、ローカルの作業フォルダには、影響が出ないようにしている
-2019-01-18 [[問い合わせが「10分の1」に：チャットbotを導入して、「社内ヘルプデスクの電話対応」をやめてみた結果:http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/1901/17/news006.html]] 記事に曰く~
重複する問い合わせ、マニュアルを作っても読んでもらえない~
そんな中、「毎週水曜日以降は、ヘルプデスクの電話対応をやめる」という挑戦に踏み切って成果を挙げた企業がある。
-2019-01-17 [[「95％の消費者は買い物でロボットに話し掛けたいと思わず」――3カ国での調査:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1901/17/news041.html]]
-2019-01-17 [[機械学習 × グラフデータベース × チャットで「組織内のカベ」を取り払え！【Developers Boost】:https://codezine.jp/article/detail/11309]] W2Vとかも使うらしい
-2019-01-16 [[pandas-datareaderで株価や人口のデータを取得:https://note.nkmk.me/python-pandas-datareader-stock-population/]]
-2019-01-13 「Pythonでマイクラ」を[[検索してみたら:https://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=Python%E3%81%A7%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%A9&lr=lang_ja]]
-2019-01-13 多重比較補正
--[[多重比較補正のはなし:https://tjo.hatenablog.com/entry/2018/06/12/093633]]
--[[多重検定:https://www.pediatricsurgery.site/entry/2016/11/01/071347]]
-2019-01-11 uniprot access (GO-id)
https://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes+AND+yliB+AND+organism:Escherichia%20coli&columns=go-id&format=tab
結果は
Gene ontology IDs
GO:0006974; GO:0030288; GO:0042938; GO:0043190; GO:1904680
-2019-01-10 [[「若い女性にバルプロ酸」処方していませんか:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/ndb-yoshimura/201812/559074.html]] と [[レセプト情報・特定健診情報等データベース（NDB）:https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000177182.html]]
-2019-01-09 [[高収入のプログラミング言語は 日経 xTECH独自調査:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO38330150Z21C18A1000000/]]
-2019-01-08 MySQLでヒストグラム統計が作れるようになっているらしい。
--[[MySQLのヒストグラム統計 (MySQL Server Blogより):https://yakst.com/ja/posts/4873]]
なお、従来の方法ではこんなことをするとできるらしい。
--[[MySQLでざっくりとしたヒストグラムを書く:https://ainame.hateblo.jp/entry/2015/08/10/010048]]
-2019-01-05 [[CRISPRの“民主化”を目指した技術は、こうして中国の「遺伝子操作ベビー」に使われた:https://wired.jp/2019/01/05/biotech-firms-crispr-babies/]]
-2019-01-04 [[無料＆ワンクリックで簡単に堅牢性の高いrobocopyによるバックアップが可能な「WinRoboCopy」:https://gigazine.net/news/20190103-winrobocopy/]]
-2019-01-03
--[[GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化する:https://www.youtube.com/watch?v=mP_fEypmaHg]]
--[[DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 2012:https://www.youtube.com/watch?v=WIfe7Z_Mvxg]]
--[[DAVIDの使い方 実践編:https://www.youtube.com/watch?v=4f1t1ma9IRc]]
--[[Gene names to GO terms:http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=21829]]
--[[annFUN: Functions which map gene identifiers to GO terms:https://rdrr.io/bioc/topGO/man/annFUN.html]]
--[[Question: How to convert bulk UniProt Id to GO terms/Ids?:https://www.biostars.org/p/238865/]]
--[[GENE ONTOLOGY (GO) TOOLS:https://go.princeton.edu/]]
--[[Tool: Gene Set Clustering based on Functional annotation (GeneSCF):https://www.biostars.org/p/108669/]]
--[[biomart:http://www.biomart.org/notice.html]]
--[[R から BioMart を利用する方法 biomaRt:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/annotation/r-biomart.html]]
--[[10. GO term enrichment analysis of DEGs}:http://girke.bioinformatics.ucr.edu/systemPipeR/mydoc_systemPipeRIBOseq_10.html]] ここでBioMartを使っている
--[[GSEAの本家？？（Broad Institute）:http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp]]
--[[遺伝子発言解析入門（中岡慎治）:http://coop-math.ism.ac.jp/files/216/%E8%B3%87%E6%96%99_nakaoka.pdf]]
--[[RNA-seq tutorial（中岡慎治）:https://www.slideshare.net/ShinjiNakaoka/rnaseq-tutorial]]
--[[Bioconductor DEGseqライブラリ（top page）:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DEGseq.html]]
--[[Bioconductor DEGseq ドキュメント:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DEGseq/inst/doc/DEGseq.pdf]]
--[[Bioconductor DESeqライブラリ (top page):http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq.html]]
--[[Bioconductor DESeq ドキュメント:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/DESeq/man/DESeq.pdf]]
--[[Bioconductor DESeq2ライブラリ (top page):https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html]]
--[[Bioconductor DESeq2 ドキュメント:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/DESeq2/man/DESeq2.pdf]]
--[[バイオインフォマティクスによる遺伝子発現解析:https://www.slideshare.net/sesejun/ss-24923282]]
--[[マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について(門田先生):http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20091120_kadota.pdf]]
--[[Go-subset (Go-slim):http://www.geneontology.org/page/go-subset-guide]]
-2019-01-03 [[製品紹介系動画に革命!? CGキャラに「現実のモノ」を持たせる驚きのアイデアが話題に:http://enoge.org/archives/post-40956.html]] なかなかよさげです。高田社長にするとよさそうな…
-2019-01-03 [[自律走行車は誰を犠牲にすればいいのか？ 「トロッコ問題」を巡る新しい課題:https://wired.jp/2019/01/02/moral-machine/]] 授業でトロッコ問題を取り上げるのが楽しみだったが、ここまで如実に社会規範を反映されると、ちょっと怖いものがある。民族間の対立の何割かは、この種の社会規範の相違によると信じているので……l
-2018-12-29 [[タイトルだけ考えたら漫画にしてくれるサービス「まんがか」爆誕 数万件の会話データと「いらすとや」の画像を駆使:http://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1812/29/news028.html]]
-2018-12-28 [[音声認識を使った｢文字起こしの自動化｣を3つの方法で試して比較！ 夢の｢寝て起きたらテキスト化｣は可能なのか？:https://www.lifehacker.jp/2018/04/mojiokoshi_voice_recognition.html]] 2018.04.18の記事
-2018-12-28 [[「若い女性にバルプロ酸」処方していませんか？ レセプト情報・特定健診情報等データベース（NDB）の活用について:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/ndb-yoshimura/201812/559074.html]]
-2018-12-24 [[ダジャレの面白さをAIが判定し布団が吹っ飛ぶ装置「オフトゥンフライングシステム」が開発される:https://gigazine.net/news/20181224-ofutun-flying-system/]]
-2018-12-16 [[pandasノススメ -一行ずつ処理させないでください:https://qiita.com/shaka/items/5b536061a18f32b30cd4]] 「対処. groupbyを使う」が結構よさそう。
check_pd=[row for index, row in data.groupby("user_id")]
![[Toho University]](image/CLogo_Kihon_process.jpg "[Toho University]")
![[YYLAB]](image/yamanouc2.png "[YYLAB]")
