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2019-10-03 [[Student Experience in the Research University (SERU) | Center for Studies in Higher Education:https://cshe.berkeley.edu/SERU]]~
[[スーパーグローバル大学創成支援事業 | 広島大学:https://www.hiroshima-u.ac.jp/sgu]]
[[ムキムキで疲れにくい体ができる？らくらくできる体幹トレーニングがこれｗｗｗ:https://twicolle-plus.com/articles/393992]] [[短期間で効率的にカロリー消費できるトレーニング10:https://www.lifehacker.jp/amp/2018/11/179095-10-trainings-to-lose-weight_mylohas.html]] [[健康にいい、適度な運動量ってどのくらい？:https://www.lifehacker.jp/2018/04/how-much-exercise-do-i-really-need.html]] [[Physical activity guidelines for adults (UK National Health Service):https://www.nhs.uk/live-well/exercise//]] [[動画でレクチャー！ たった8回で効果大の脂肪燃焼エクササイズ:https://www.mylohas.net/2019/03/186745pvn_plankjack.html]] [[ジムでの１時間と同じ効果？１２のプランク - YouTube:https://www.youtube.com/watch?v=aZDUt41L2oI]] [[コアをしっかり！ 簡単にできる筋肉強化トレーニング6 | MYLOHAS:https://www.mylohas.net/2019/07/194852sp_muscle_pushup.html]] [[お尻・下腹・太もも引き締める 足パカダイエット10｜WOMAN SMART｜NIKKEI STYLE:https://style.nikkei.com/article/DGXMZO48539740U9A810C1000000]] [[少ない回数で効果大の筋トレ！ スクワット8つ【動画あり】 | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/08/197639-squat-variations-for-a-ridiculously-sculpted-and-strong-butt_mylohas.html]]
[[痩せたいなら絶対コレ！ダンス初心者でも10分で効果が出るダイエット エクササイズ - YouTube:https://www.youtube.com/watch?v=a_FsAcaM-wI]] [[痩せすぎ注意ダンス 簡単な動きで痩せるダイエットエクササイズ - YouTube:https://www.youtube.com/watch?v=lOpBdPdi_tw]]
[[からだとこころのリラックス薬「芍薬甘草湯」:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/kanpokoza/201812/559055.html]] ⇒ [[「クラシエ」漢方桂枝加芍薬湯エキス顆粒 ［45包］:http://www.kracie.co.jp/products/ph/1201654_2220.html]]
[[脂質異常症によくみられる証と漢方処方：DI Online:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/di/column/koui/201909/562285.html?n_cid=nbpnmo_mled_html-new-arrivals]]
[[Qiita Advent Calendar 2018:https://qiita.com/advent-calendar/2018]]
[[株価を読むために、業績発表より重要なこと:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00130/00002/]]
[[Bullet Journal:https://bulletjournal.com/]]
2019-05-16 [[CentOS6のgccをアップデートする:http://thr3a.hatenablog.com/entry/20180308/1520506543]]
2019-06-23 [[MacOSとHomebrewとpyenvで快適python環境を。 - Qiita:https://qiita.com/crankcube@github/items/15f06b32ec56736fc43a]]
2019-06-20 [[ゲノム医学第1回:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20190125_kadota.pdf]]
2019-07-03 [[Windows 10はレジストリの自動バックアップを停止している - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190702-windows-10-lack-registry-backups/]]
-2019-09-02 [[python - debug Flask server inside Jupyter Notebook - Stack Overflow:https://stackoverflow.com/questions/41831929/debug-flask-server-inside-jupyter-notebook]]
-[[Windows 10 無償アップグレード方法【無料】2019年1月現在もOK:https://comp-lab.net/windows10-free-upgrade]]
-[[Windows7からWindows10への移行方法！サポート期限後のアップグレード方法は？ | アプリやWebの疑問に答えるメディア:https://applica.info/windows7-windows10-translate]]
-[[Windows 10 へのアップグレード: FAQ - Windows Help:https://support.microsoft.com/ja-jp/help/12435/windows-10-upgrade-faq]]
[[人生最後の友人ができる趣味習い事10選 | プレジデントオンライン:https://president.jp/articles/-/29086?cx_referrertype=mail]]
[["なにもしていない人はダメ"という人の苦しさ "効率と生産性の追求"が追い詰める (5/5) | PRESIDENT Online（プレジデントオンライン）:https://president.jp/articles/-/29492?page=5]]
[[最高に簡単なスパゲティのゆで方が最高すぎた 鍋でお湯を沸かすのさえ面倒な人々への救世主レシピ - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1905/21/news096.html]]
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-2019-10-14 [[多摩川氾濫から一夜、「世田谷セレブエリア」想定外の惨状（MONEY PLUS） - Yahoo!ニュース:https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20191013-00010001-moneyplus-bus_all]]
-2019-10-11 [[英語音声自動認識＆テキスト化サービス「Otter」をさらにリアルタイムで日本語翻訳する：旅人目線のデジタルレポ 中山智 - Engadget 日本版:https://japanese.engadget.com/2019/03/18/otter/]]
-2019-10-08 [[声に含まれる「感情」を分析して話者の顔をアニメーションで自動生成するAIが開発される - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20191008-microsoft-emotion-animating-face/]] VAEだって。
-2019-10-07 [[歴史から探る「仮想GPU」が生まれた理由と、機械学習では“使えない”理由：次の注目分野は「FPGA」 - TechTargetジャパン サーバ＆ストレージ:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1910/04/news05.html#_ga=2.153202555.298131643.1570400906-515190955.1468534508]]
-2019-10-05 [[「AIによるセールストークは人間の4倍も高い売上をみせた」という調査結果 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20191004-ai-improve-sales/]
-2019-10-03 [[機械学習概論〜ディープラーニングGAN、本格的に学べる全20時間の大学講義が無償公開：気になるニュース＆ネット記事 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1910/03/news013.html]]
-2019-09-28 [[医療用AI(人工知能)の画像診断技能は人間医師に匹敵することが明らかに(英研究) : カラパイア:http://karapaia.com/archives/52282891.html]]
-2019-09-28 Go Enrichment Analysisとは
--[[（ヒト、マウス向け）GO term enrichment解析を行う GOnet - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/06/17/073000]]
--[[Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）について | 国立がん研究センター 研究所:https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/rare_cancer_research/labo/20181011150525.html]]
--[[遺伝子発現解析:http://coop-math.ism.ac.jp/files/216/%E8%B3%87%E6%96%99_nakaoka.pdf]]
--[[DAVID Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis:https://david.ncifcrf.gov/]]
---[[DAVID Web (and API) Service:https://david.ncifcrf.gov/content.jsp?file=WS.html]]
-2019-09-27 ガボールパッチ
--[[トップページ｜ガボールパッチ・ガボールアイ解説サイト:http://www.gabor-patch.com/]]
--[[1日1回見るだけの視力改善法。「ガボールパッチ」とは？:https://www.msn.com/ja-jp/health/healthy-lifestyle/1%E6%97%A51%E5%9B%9E%E8%A6%8B%E3%82%8B%E3%81%A0%E3%81%91%E3%81%AE%E8%A6%96%E5%8A%9B%E6%94%B9%E5%96%84%E6%B3%95%E3%80%82%E3%80%8C%E3%82%AC%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%91%E3%83%83%E3%83%81%E3%80%8D%E3%81%A8%E3%81%AF%EF%BC%9F/ar-AAGNjvx]]
--[[1日1回見るだけの視力改善法。「ガボールパッチ」とは？（ESSE-online） - Yahoo!ニュース:https://headlines.yahoo.co.jp/article?a=20190904-00010001-esse-life]]
-2019-09-25 [[AIが作ったこの世に存在しないけどすごくリアルな顔画像がフリー素材に。10万枚の顔写真が無料で自由に使用できる。 : カラパイア:http://karapaia.com/archives/52282768.html]]
-2019-09-25 [[お酒も飲まずに肝臓病！？ NASHのお話｜東邦大学医療センター大森病院 臨床検査部:https://www.lab.toho-u.ac.jp/med/omori/kensa/column/column_069.html]]
-2019-09-24 [[初音ミクが画面に書いた文字に合わせて歌ってくれる「おとひら」レビュー - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190924-hatsune-miku-otohira/]]
-2019-09-24 Python ランキング
--1位 [[IEEE Spectrum Top Programming Languages:https://spectrum.ieee.org/computing/software/the-top-programming-languages-2019]]
--1位 +4.6% [[PYPL PopularitY of Programming Language:http://pypl.github.io/PYPL.html]]
--3位 +2.22% [[Tiobe Index (Sep 2019):https://www.tiobe.com/tiobe-index/]]
-2019-09-21 [[小学生プログラミング教材、アップルやグーグルの狙い :日本経済新聞:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO50021420Q9A920C1000000/]]
-2019-09-20 [[Pythonが世界を席巻している理由：PyCon JP 2019 第1日目 基調講演レポート：Pythonイベント - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1909/20/news019.html]]~
~
これでPython2のサポート終了について調べてみたら、公式では
--[[PEP 373 -- Python 2.7 Release Schedule | Python.org:
https://www.python.org/dev/peps/pep-0373/]]
--[[PEP 404 -- Python 2.8 Un-release Schedule | Python.org
https://www.python.org/dev/peps/pep-0404/]]
など
--[[Learn Python the Hard Way:https://learnpythonthehardway.org/book/nopython3.html]]
--[[やせいのPython2.8があらわれた！ - Qiita:https://qiita.com/taxpon/items/b9ce0823035624cf1461]]
--2019-09-27 [[今がPython 2からPython 3へ移行するのにベストなタイミング：トークセッションレポート：Pythonイベント - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1909/27/news028.html]]
-2019-09-19 [[PowerEdgeサーバで第2世代AMD EPYCに対応した新製品群が発表：「全機種が新世代のシステムボード」 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1909/19/news095.html#_ga=2.24996410.1084414381.1568875827-656144023.1519282674]]
-2019-09-19 [[登録しないと損かも。PASMOポイント還元サービスの登録が開始。忘れずに登録を - Engadget 日本版:https://japanese.engadget.com/2019/09/18/pasmo/]]
-2019-09-18 [[お客様に時間を売る「時間泥棒撃退ビジネス」：日経 xTECH Active -:https://active.nikkeibp.co.jp/atcl/act/19/00025/091300002/]]
-2019-09-17 [[「Jetson Nano」にUSBカメラをつなげてにゃんこを認識させる (1/3) - MONOist（モノイスト）:https://monoist.atmarkit.co.jp/mn/articles/1909/12/news032.html#utm_medium=email&utm_source=ee-elemb&utm_campaign=20190917]]
-2019-09-17 チャットボット作成
--[[チャットボット開発ツール比べをしてみた！ | kintone hive online:https://kintone-blog.cybozu.co.jp/developer/000350.html]]
--[[プログラミングなしで出来るチャットボット開発│開発方法やツールを紹介��トラムシステム｜Voice:https://www.tramsystem.jp/voice/voice-3136/]]
--[[新卒エンジニアがAIチャットボットをQiitaに実装してみました！ - Qiita:Zine:https://zine.qiita.com/products/ai-chatbot-on-qiita/]]
--[[自動で返信してくれるチャットボットを作成できるサービスまとめ｜ferret:https://ferret-plus.com/7101]]（有料サービスでの提供）
-2019-09-17 [[プログラムちょい替え（4）COBOLを40年ぶりにうごかしてみた:dockerでcobol - Qiita:https://qiita.com/kaizen_nagoya/items/9d9a216ce1b7b05dbb43]]
-2019-09-16 @@「志水太郎 vs AI診断」は志水氏の圧勝：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/dxbias/201909/562114.html?n_cid=nbpnmo_mled]]
-2019-09-16 機密保持関係
--[[経産省機密情報の保護ハンドブック（chap3）:https://www.meti.go.jp/policy/economy/chizai/chiteki/pdf/handbook/chapter3.pdf]]
--[[経産省機密情報の保護ハンドブック（full）:https://www.meti.go.jp/policy/economy/chizai/chiteki/pdf/handbook/full.pdf]]
--[[内閣官房情報セキュリティセンター 情報の格付け及び取り扱い制限に関する規定策定手引書::https://www.nisc.go.jp/active/general/pdf/dm3-01-101_manual.pdf]]
--[[経産省大学における秘密情報の保護ハンドブック:https://www.meti.go.jp/policy/innovation_corp/himitsujoho/161012_himitsujoho.pdf]]
--[[システム監査学会情報セキュリティ研究プロジェクト:https://www.sysaudit.gr.jp/seika/kanrikitei.pdf]]
--[[経産省情報セキュリティ管理基準:https://www.meti.go.jp/policy/netsecurity/downloadfiles/IS_Management_Standard_H28.pdf]]
--[[機密文書とは？その定義と分類方法 | 経済産業大臣賞を受賞！フォレンジック、VDR、レグテックならリーガルテック株式会社:https://www.aos.com/about_confidential/]]
--[[秘密文書の管理を文書管理で徹底させる！:https://alpaca.nichimy.co.jp/news/019]]
-2019-09-12 [[電子設計の基本と応用がわかる - EDN Japan:https://ednjapan.com/]]
-2019-09-12 [[繰り返すエンストの恐怖 ―― 劣化した車のバッテリーを復活させる方法（1） (1/3) - EDN Japan:https://ednjapan.com/edn/articles/1908/06/news004.html]] [[さらばエンスト！ ―― 劣化した車のバッテリーを復活させる方法（2） (1/3) - EDN Japan:https://ednjapan.com/edn/articles/1909/05/news036.html]]
-2019-09-11 [[Google、Slack競合の「Hangouts Chat」をG Suiteで提供開始 - ITmedia NEWS:https://www.itmedia.co.jp/news/articles/1803/01/news076.html]]
-2019-09-11 [[The Top Programming Languages 2019 - IEEE Spectrum:https://spectrum.ieee.org/computing/software/the-top-programming-languages-2019]]
-2019-09-09 [[Volodos Turkish March sheet music for Piano download free in PDF or MIDI:https://musescore.com/user/30741/scores/165113]]
-2019-09-08 [[Linuxがほぼそのまま動くようになった「WSL2」のネットワーク機能：Windows 10 The Latest - ＠IT;https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1909/09/news020.html]]
-2019-09-05 [[ドライブ ファイル ストリームを導入する - G Suite 管理者 ヘルプ:https://support.google.com/a/answer/7491144?hl=ja]]~
バックアップと同期、ドライブ ファイル ストリームの違い - Google ドライブ ヘルプ:https://support.google.com/drive/answer/7638428?hl=ja&ref_topic=6069785~
G Suite調査隊活動レポート: 【Apps調査隊】ドライブファイルストリームについて調査せよ 〜よくある質問と注意点〜:https://www.njccloud.jp/2018/06/apps_5.html
-2019-09-05 [[管理職志向・出世意欲が低い日本、自己研鑽しない日本、起業・独立志向が低い日本：『ビジネス2.0』の視点：オルタナティブ・ブログ:https://blogs.itmedia.co.jp/business20/2019/09/post_7632.html]]
-2019-09-04 [[駿台、AIで課題を作成 教材もカスタマイズ時代に ：日経ビジネス電子版:https://business.nikkei.com/atcl/gen/19/00002/090300651]]
-2019-09-04 [[AI学習教材「atama＋」、2020年から全国の駿台予備校に導入へ - CNET Japan:https://japan.cnet.com/article/35141975/]]
-2019-09-03 [[64コア/128スレッドのAMDのモンスタープロセッサ「AMD EPYC 7742」が驚異のベンチマーク結果を達成 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190903-dual-amd-epyc-7742-benchmark/]]
-2019-09-03 [[時短チーム会議術：日経 xTECH Active:https://active.nikkeibp.co.jp/atclact/active/18/062600126/?n_cid=nbpnxta_mled_act]]
-2019-09-02 [[「5ドルコンピューター」が変える世界、ラズパイの力 :日本経済新聞:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO49218360Q9A830C1X11000/]]
-2019-09-02 Werkzeug
--[[「werkzeug」でWSGIアプリをつくろう！ — PythonMatrixJp:http://python.matrix.jp/pages/web/werkzeug.html]]
--[[GitHub - pallets/werkzeug: The comprehensive WSGI web application library.:https://github.com/pallets/werkzeug]]
--[[Werkzeug — Werkzeug Documentation (0.15.x):https://werkzeug.palletsprojects.com/en/0.15.x/]]
-2019-09-02 [[使い方が超簡単な消火器。炎の中に投げ込むだけ！ 災害対策にも | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/09/amazon-ebis-soken-chiisana-shoboshi2.html]]
-2019-09-01 [[Windowsのランサムウェア対策とその設定方法 | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/08/why-you-should-use-windows-defenders-ransomware-prevent.html]]
-2019-08-29 [[ブログにExcelの表を貼り付けるいろいろな方法: パソコンを便利に！！:http://fanblogs.jp/pontaoyaji/archive/661/0]]
-2019-08-29 [[シリコンに代わるカーボンナノチューブを用いたプロセッサの作成に研究者が成功 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190829-carbon-nanotube-transistors-microprocessor/]]
-2019-08-29 [[UbuntuでのGPUディープラーニング環境の構築【Ubuntu 18.04 LTS対応】 (1/3)：機械学習＆ディープラーニング環境構築入門 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1908/29/news020.html]]
-2019-08-27 [[新卒エンジニアがAIチャットボットをQiitaに実装してみました！ - Qiita:Zine:https://zine.qiita.com/products/ai-chatbot-on-qiita/]]
-2019-08-24 [[スマホではなくコミュニケーター。QWERTYキーボード搭載端末「Cosmo Communicator」が日本上陸：山根博士のスマホよもやま話 - Engadget 日本版:https://japanese.engadget.com/2019/08/23/qwerty-cosmo-communicator/]]
-2019-08-23 [[2分割レイアウトで、学習効率を高めてくれるウェブノート『WingNotes』 | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/08/lht_wingnotes.html]]
-2019-08-23
--[[Thermodesulfobacterium commune DSM 2178, complete genome - Nucleotide - NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP008796]]~
[[Thermodesulfobacterium commune YSRA-1 | Type strain | DSM 2178, ATCC 33708, VKM B-1767 | BacDiveID:16891:https://bacdive.dsmz.de/strain/16891]] (70℃)
--[[Thermococcus kodakarensis KOD1 DNA, complete genome - Nucleotide - NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AP006878]] AP006878 85-90℃~
[[Taxonomy browser (Thermococcus kodakarensis KOD1):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=69014]]
-2019-08-21 [[「危険すぎる」と言われたAIの自動文章作成ツール「GPT-2」のモデルが新たに公開へ - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190821-openai-releases-gpt-2-language-model/]]
-2019-08-21 [[ARWU World Top 500 Candidates | ARWU World University Rankings 2018 | Academic Ranking of World Universities 2018 | Top 500 universities | Shanghai Ranking - 2018:http://www.shanghairanking.com/ARWU2018Candidates.html]] 右端の評価項目別の数値を競合校と並べてみたい。
-2019-08-20 [[「LINE証券」スタート LINE上から数百円〜で取引可能なスマホ向け新投資サービス - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1908/20/news109.html]]
-2019-08-20 SnapGeneファイル （SnapGene概要は[[macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/?page=1498551612]]）
-- [[snapgene_reader PyPI:https://pypi.org/project/snapgene_reader/#files]] [[Description:https://pypi.org/project/snapgene_reader/#description]] 読むだけ
-- [[SnapGeneFileReader · PyPI:https://pypi.org/project/SnapGeneFileReader/]] 読むだけ
-2019-08-19 [[XAI（Explainable AI：説明可能なAI）／解釈可能性（Interpretability）とは？：AI・機械学習の用語辞典 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1908/19/news022.html]]
-2019-08-18 [[シンプルなテキストファイルで UML が書ける、オープンソースのツール:http://plantuml.com/ja/]] どうよ？
-2019-08-14 [[世界的作家が指南する「論文の書き方」まとめ、文章を読みやすくするにはどうすればいいのか？ - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190814-how-write-thesis-umberto-eco/]]
-2019-08-12 snpEffを使うときに必要となるデータベースを探す。[[SnpEff_manual:http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html]]
java -jar /usr/local/snpEff.jar databases | grep -i Escherichia_coli
見たところ、Escherichia_coli_k_12 が使えるか？
-2019-08-10 [[無料レポート「自作ハイエンドスピーカー大百科事典」 | 音工房Z:https://z1000.biz/lp/zisaku-g.html]]
-2019-08-10 [[「Googleに蓄積された『自分のデータ』をダウンロードできることを知ってる？…最も落ち着かない情報は何だった？」回答いろいろ:らばQ:http://labaq.com/archives/51911279.html]]
-2019-08-09 [[家庭教師のトライAI導入で学力診断テストを1時間から10分に短縮 - Engadget 日本版:https://japanese.engadget.com/2019/08/09/ai-1-10/]]
-2019-08-09 [[AIが心電図を読み無症候性の心不全を予想する：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/cvdprem/blog/furukawa/201908/561810.html?n_cid=nbpnmo_mled]]
-2019-08-09 [[Windows PCにCloudReadyをインストールしてChromebookとして再利用する (1/2)：中古PC活用 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1908/09/news032.html#utm_medium=email&utm_source=ait-sinchaku&utm_campaign=20190809]]
-2019-08-03 [[エアコンを自分で掃除できる4アイテム。実際使ってわかったポイントをご紹介 | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/08/amazon-air-conditioner-cleaning-goods.html]]
-2019-08-02 [[pandasのDataFrameを元に、画像入りの表をつくる - Qiita:https://qiita.com/nshinya/items/a46ef0002284d2f77789]]
-2019-08-02 [[デキる人は"説明は20字以内"を必ず守る 「エレベーターで一言」に超役立つ | PRESIDENT Online（プレジデントオンライン）:https://president.jp/articles/-/29461]]
-2019-08-01 [[Googleの安全な2段階認証を構築し不正アクセスを防ぐ物理キー「Titan セキュリティ キー」が日本で登場 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190801-google-titan-security-keys/]]
-2019-07-31 [[オープンソース3DCGソフト「Blender」2.80リリース、UIが一新され物理ベースの新リアルタイムレンダラー・Eevee搭載 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190731-blender-2-80/]]
-2019-07-30 [[Googleがニューラル機械翻訳の弱点を克服すべくAdversarial Examplesを取り入れたモデルを開発 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190730-robust-neural-machine-translation/]]
-2019-07-30 [[人間の感情を分類できるAI、コロラド大とデューク大が開発 - CNET Japan:https://japan.cnet.com/article/35140588/]]
-2019-07-28 [[無料で241種類ものPCゲームのソースコードを見ることができる「Game Source Code Collection」 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190727-game-source-code-colection/]]
-2019-07-26 Flaskのイントロ
--[[はじめての Flask #1 ~はじめてのウェブアプリ~ - Qiita:https://qiita.com/nagataaaas/items/d249c3905d41137cd510]]
--[[はじめての Flask #2 ~POSTを受け取ろう~ - Qiita:https://qiita.com/nagataaaas/items/3116352da186df102d96]]
--[[はじめての Flask #3 ~htmlをrenderしてみよう~ - Qiita:https://qiita.com/nagataaaas/items/4662237cfb7b92f0f839]]
--[[はじめての Flask #4 ~データベースをSQLAlchemyでいじってみよう~ - Qiita:https://qiita.com/nagataaaas/items/5c7c9ec4813fea85c40c]]
-2019-07-26 [[中国で使われる漢字の包括的な辞典である「中国字海」の収録漢字数は85568文字である:https://gigazine.net/news/20180417-fascinating-process-creating-chinese-font/]]~
[[中華字海 - Wikipedia:https://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%B8%AD%E8%8F%AF%E5%AD%97%E6%B5%B7]]
-2019-07-25 [[pyenv-virtualenvでディレクトリ単位のpython環境構築 - Qiita:https://qiita.com/niwak2/items/5490607be32202ce1314]]
-2019-07-23 [[CRLA - College Reading & Learning Association:https://www.crla.net/index.php/certifications/ittpc-international-tutor-training-program]] TAのトレーニングに関するcertificate機関
-2019-07-23 ribosomal RNA
--[[RNA-seqにおけるrRNAの扱い - 備忘録 a record of inner life:http://amphipod.hatenablog.com/entry/2016/12/01/190843]]
--[[RNA-seq データからの rRNA除去 | Tips for NGS Data Analysis:http://catway.jp/bioinformatics/RNA-Seq/rrna.html]]
--[[RNA-Seq 〜研究に合わせたアプリケーションの選び方〜 (illumina):https://jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/2015_techsupport_session7.pdf]]
--[[シーケンス講習会
RNA-seq library調製法の特徴と選び方（理研）:http://www.clst.riken.jp/files/5914/3338/5219/4_How_to_prepare_RNAseq_library_and_sequence_data.pdf]]
--[[rRNAのコンタミを除く SortMeRNA - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/01/21/125838]]
--[[Bonsai bioinformatics - sortmerna:https://bioinfo.lifl.fr/sortmerna/sortmerna.php]]
--[[SortMeRNA-user-manual-v2.1.pdf:https://bioinfo.lifl.fr/RNA/sortmerna/code/SortMeRNA-user-manual-v2.1.pdf]]
-2019-07-22 [[WineskinでMacでもWindowsアプリ(東方とか)を動かすまとめ - Qiita:https://qiita.com/amasaku/items/9101add74779bca03614]]
-2019-07-21 [[バイオスタティスティクス基礎論＜主成分分析＞(バイプロット説明アリ):http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/lectures/AG03/20160422.pdf]]
-2019-07-20 [[Microsoft PowerPoint - 統計科学研究所_R_主成分分析.ppt:https://statistics.co.jp/reference/software_R/statR_9_principal.pdf]]
-2019-07-17 edgeR DEseq/DEseq2 cuffdiff/cuffdiff2 比較（利用論文数比較）
--[[Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size (2018):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29491871]] [[同PDF:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5817962/pdf/fpls-09-00108.pdf]]
--[[McDermaid A, Monier B, Zhao J, Liu B, Ma Q. Interpretation of differential gene expression results of RNA-seq data: review and integration. Brief Bioinform. 2018. bby067. DOI: 10.1093/bib/bby067 本文は無料公開は無し~
[[同じものか？ 検索で引っかかった論文:https://oup.silverchair-cdn.com/oup/backfile/Content_public/Journal/bib/PAP/10.1093_bib_bby067/2/bby067.pdf?Expires=2147483647&Signature=QOJdmAGXXl~YcTNvvDH2u1C6yd2ZCk7PW-Y6NsopPjwKY5D9KC56QQB65nxa32GXmP1ltMrxBy~le~vdk6Kmqtf1n1oo93J9FetuWYnZwfmjLb2VEph850cYz8~rQqo-ulYM5OkT-dCVWcwCTxT24ctym-KpYanYjyitUYXic3vpa7X3E~kqZRQyZPL8NQZeXqMpVDlnkyyj8X5FYkiTmskTnI9GDQdxOB0B8VEu9RPmgyEHjY3~8Q5Ad-eabI~~UGY1~8NDgCHb0yQ~~OTJ7D5o~wSRUcA~jjSxaYdoUip0OPWiN1YR9jnT-boR33LRkw3DXZV1H~Vm5Y7cPWscQg__&Key-Pair-Id=APKAIE5G5CRDK6RD3PGA]]
---同著者の別論文（刊行の形跡はなし）に同データを含む [[ViDGER: An R package for integrative interpretation of differential gene expression results of RNA-seq data: Briefings in Bioinformatics doi: 10.1093/bib/bby067:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/268896v1.abstract]] [[同PDF:https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2018/02/21/268896.full.pdf]]
-2019-07-17 cuffdiff2論文(2012) [[cuffdiff 2 manuscript published at Nature Biotechnology:http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/announcements/cuffdiff2-paper/]] で論文は PubMed [[Differential analysis of gene regulation at transcript resolution with RNA-seq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23222703]]にあって[[PDF原稿はこれ:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3869392/pdf/nihms439296.pdf]]
-2019-07-16 Mean-Variance Dependence
-2019-07-16 Converting R scripts into Python (まだダメらしい)
--[[Convert a R script into Python — pyensae 1.3.817:https://www.xavierdupre.fr/app/pyensae/helpsphinx/notebooks/r2python.html]]
-2019-07-13 Negative Binomial model 負の二項分布
--[[edgeR Users Guide:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf]]
--[[Scipy:https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.stats.nbinom.html]]
--[[Scipy:https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.stats.nbinom.html]]
--[[Statsmodels:https://www.statsmodels.org/devel/generated/statsmodels.discrete.discrete_model.NegativeBinomial.html]]
--[[Statsmodels' Negative Binomial: after .fit_regularized(), how to turn PMF into PPF to get the discrete values?:https://stats.stackexchange.com/questions/368321/statsmodels-negative-binomial-after-fit-regularized-how-to-turn-pmf-into-p]]
--[[PyMC:https://docs.pymc.io/notebooks/GLM-negative-binomial-regression.html]]
-2019-07-13 Jensen-Shannon divergence カルバック・ライブラー情報量
--[[情報量 divergence - Qiita:https://qiita.com/kilometer/items/5be635edefeadaca9281]]
--[[カルバック・ライブラー情報量 - Wikipedia:https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AB%E3%83%AB%E3%83%90%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%BB%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%BC%E6%83%85%E5%A0%B1%E9%87%8F]]
--[[バイオインフォマティクスによる遺伝子発現解析:https://www.slideshare.net/sesejun/ss-24923282]] <-- good
--[[Jensen–Shannon divergence - Wikipedia:https://en.wikipedia.org/wiki/Jensen%E2%80%93Shannon_divergence]]
--[[Jensen-Shannonダイバージェンス - 機械学習の「朱鷺の杜Wiki」:http://ibisforest.org/index.php?Jensen-Shannon%E3%83%80%E3%82%A4%E3%83%90%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%83%B3%E3%82%B9]]
-2019-07-13
--[[seabornの細かい見た目調整をあきらめない - Qiita:https://qiita.com/skotaro/items/7fee4dd35c6d42e0ebae]]
--seaborn.clustermap — seaborn 0.9.0 documentation:https://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.clustermap.html]]
--[[seaborn.set — seaborn 0.9.0 documentation:https://seaborn.pydata.org/generated/seaborn.set.html]]
--[[clustermap - easy option to change colorbar location? · Issue #589 · mwaskom/seaborn · GitHub:https://github.com/mwaskom/seaborn/issues/589]]
--[[Seaborn でヒートマップを作成する – Python でデータサイエンス:https://pythondatascience.plavox.info/seaborn/heatmap]]
--[[seabornでプロットサイズの変更: https://qiita.com/nj_ryoo0/items/9105ddfdf1b08b58398e]]
--[[seabornでMatplotlibの見た目を良くする | note.nkmk.me:https://note.nkmk.me/python-matplotlib-seaborn-basic/]]
--[[【Python】seabornでグラフのスタイルとカラーを操作する:https://code-graffiti.com/seaborn-style-and-color-in-python/]]
--[[seaborn - ヒストグラムを作成する方法について - Pynote:http://pynote.hatenablog.com/entry/seaborn-histogram]]
-2019-07-12 [[定年退職後「健康保険」のお得な選び方、4つの選択肢を徹底解説 | 知らないと損する！医療費の裏ワザと落とし穴 | ダイヤモンド・オンライン:https://diamond.jp/articles/-/208494]]
-2019-07-12 [[1時間100円のコワーキングスペース「100円スペイシー」 安く電源を確保したい人向け - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1907/11/news036.html]]
-2019-07-11 [[ヒートマップ – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）:http://array.cell-innovator.com/?page_id=2913]]~
[[マイクロアレイデータの解析例 1.6 （機能で抽出、ヒートマップ） – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）:http://array.cell-innovator.com/?p=2403]]
-2019-07-11 [[log fold-change (=logFC or log ratio) の算出方法の確認（解答）:http://array.cell-innovator.com/?p=1613]]
-2019-07-11 やっぱり本格的な差分解析にはいろいろと必要で、モデルを限定した(負の二項分布)処理は分野特有なので、既存パッケージしかないのかもしれない。 ~
[[発現量解析 | RNA-Seq を利用した発現変動遺伝子の検出:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/]]~
[[Count-based differential expression analysis of RNA sequencing data using R and Bioconductor | Nature Protocols:https://www.nature.com/articles/nprot.2013.099]]
--DESeq2
--- [[Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4302049/]]
---[[Beginner’s guide to using the DESeq2 package:https://bioc.ism.ac.jp/packages/2.14/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/beginner.pdf]]
---[[一般化線形モデルによる発現変動遺伝子の検出 二群間比較（DESeq2）:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/de-analysis/2g-deseq2.html]]
--edgeR
---[[edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data | Bioinformatics | Oxford Academic:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/26/1/139/182458]]
---[[Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variation | Nucleic Acids Research | Oxford Academic:https://academic.oup.com/nar/article/40/10/4288/2411520]]
---[[edgeR Package Introduction:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeR.pdf]]
---[[edgeR User’s Guide:http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf]]
---[[TMM 正規化 | edgeR で発現変動遺伝子を検出する際に利用する RNA-Seq データの正規化法:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/normalizaiton/tmm.html]]
--edgePy package ほぼ空っぽ [[edgepy · PyPI:https://pypi.org/project/edgepy/]]、
[[GitHub r-bioinformatics/edgePy: A Python implementation of edgeR:https://github.com/r-bioinformatics/edgePy]]
--[[Python interface for Bioconductor libraries:http://pypi.python.org/pypi/rpy2-bioconductor-extensions/.]]
---[[(PDF) An intuitive Python interface for Bioconductor libraries demonstrates the utility of language translators:https://www.researchgate.net/publication/49733329_An_intuitive_Python_interface_for_Bioconductor_libraries_demonstrates_the_utility_of_language_translators]]
--[[Running deseq2 in python · GitHub:https://gist.github.com/wckdouglas/3f8fb27a3d7a1eb24c598aa04f70fb25]]
--新し目(2018)レビュー
---[[Frontiers | Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size | Plant Science:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.00108/full]]
---[[Interpretation of differential gene expression results of RNA-seq data: review and integration | Briefings in Bioinformatics | Oxford Academic:https://academic.oup.com/bib/advance-article-abstract/doi/10.1093/bib/bby067/5066173?redirectedFrom=fulltext]]
-2019-07-10 Jensen-Shannon distance
--[[Wikipedia Jensen–Shannon divergence:https://en.wikipedia.org/wiki/Jensen%E2%80%93Shannon_divergence]]
--[[情報量 divergence - Qiita:https://qiita.com/kilometer/items/5be635edefeadaca9281]]
--[[scipy.spatial.distance.jensenshannon — SciPy v1.4.0.dev0+492e7f8 Reference Guide:https://scipy.github.io/devdocs/generated/scipy.spatial.distance.jensenshannon.html]]
-2019-07-10 [[Cufflinks papers:http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/papers/]]
アルゴリズム説明
-2019-07-10 [[seabornでプロットサイズの変更 - Qiita:https://qiita.com/nj_ryoo0/items/9105ddfdf1b08b58398e]]
-2019-07-09 ヒートマップの利用
--(2016 Bioinfomatics) [[Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data | Bioinformatics | Oxford Academic:https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/18/2847/1743594]]
--(1998 PNAS) [[Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns | PNAS:https://www.pnas.org/content/95/25/14863.short]]~
[[(semanticscholar):https://pdfs.semanticscholar.org/ff70/3f5b683354e567490a2c6f5a450c9340603d.pdf?_ga=2.172521507.1859283906.1562648561-764981055.1562648561]]
--(2008 Cancer Cell) [[Hotspot mutations in H3F3A and IDH1 define distinct epigenetic and biological subgroups of glioblastoma.:https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(12)00364-9]]
--(BioPapyrus) [[発現量解析 | RNA-Seq を利用した発現変動遺伝子の検出:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/]]
--[[edgeR - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/07/11/114021]] 下の方でヒートマップ
--[[RNA-seq Analysis With R/Bioconductor - The Cat Way (二階堂愛):http://catway.jp/lecture/tohoku-u/NGS-R-Bioconductor-2nd.html]]
--(FilGen) [[NGSデータ解析入門Webセミナー https://filgen.jp/Product/BioScience21-software/CLC/NGS_Web_Seminar_slide_20181126.pdf]]
-2019-07-08 [[ダイヤモンド・オンライン 伝え方が9割:https://diamond.jp/ud/dolbook/5cff4ee47765616a5d060000]]
-2019-07-08 [[グーグル元社員が考案「新型やることリスト」が超便利 | 時間術大全 | ダイヤモンド・オンライン:https://diamond.jp/articles/-/205309]]
-2019-07-05 [[AI時代のいまPythonがブレイクする本当の理由 | 日経 xTECH（クロステック）:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/column/18/00818/061100001/]]
-2019-07-05 [[Python3インストール（Mac編） - Qiita:https://qiita.com/ms-rock/items/72b8f1abc661c539bb09]]を使ってみた
-2019-07-04 [[ディープラーニングも使える確率的プログラミングツール「Gen」を開発、MIT：AIモデルやアルゴリズム作成の民主化に貢献 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1907/03/news102.html]]
-2019-07-02
--[[Variant Callers for Next-Generation Sequencing Data: A Comparison Study:https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0075619]]
--[[Variant Calling From Next Generation Sequence Data. - PubMed - NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27008017]]
--[[cole-trapnell-lab/cufflinks:https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks]]
-2019-06-29 [[RNA seq 其の２ マッピングから統計処理まで - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/03/27/141521]] いろいろと。cufflinksの使い方も。
-2019-06-28 [[加齢で衰えた体のキレ 脳の感覚チェックで取り戻す｜ヘルスＵＰ｜NIKKEI STYLE:https://style.nikkei.com/article/DGXMZO45771560W9A600C1000000?channel=DF140920160927&n_cid=LMNST002]]
-2019-06-28 [[「WSL 2」へのバージョンアップでLinux互換環境はどう変わるのか？：Windows 10 The Latest - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1906/28/news034.html#utm_medium=email&utm_source=ait-sinchaku&utm_campaign=20190628]]
-2019-06-28 [[ペットボトルを高圧洗浄機にするスプレーノズル。隙間掃除が楽に | ライフハッカー［日本版]:https://www.lifehacker.jp/2019/06/amazon-fujisho-pet-bottle-dedicated-pressure-type-spray-nozzle.html]]
-2019-06-28 [[女性の写真を1クリックで裸にしてしまう「DeepNude」が登場 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190627-deepnude-ai-undresses-photo/]] 出るんじゃないかと思ってたよ。
-2019-06-28 [[Python 2系終了のタイムリミット迫る。早く「3系」に切り替えよう：気になるニュース＆ネット記事 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1906/27/news016.html]]
-2019-06-24 [[見知らぬ客同士に会話させたら店員の評価UP!? 立ち飲みチェーンの狙いとは（ITmedia ビジネスオンライン） - Yahoo!ニュース:https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20190624-00000010-zdn_mkt-bus_all]] 同じ原理で、教員が学生に話しかけたら何ポイント、学生同士議論させたら何ポイント、とかできないかなぁ。
-2019-06-23 [[4万円台で買えるスマートフォン3機種 あなたならどれを選ぶ？ - Engadget 日本版:https://japanese.engadget.com/2019/06/02/4-3/]] という時代になったのかなぁ。
-2019-06-21 [[人はなぜ癌になるの？／シリーズ癌＃13：日経ビジネス電子版:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00024/061100014/?n_cid=nbpnb_mled_enew]]
-2019-06-21 [[ウィルヘルムの叫び - Wikipedia:https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A3%E3%83%AB%E3%83%98%E3%83%AB%E3%83%A0%E3%81%AE%E5%8F%AB%E3%81%B3]]
-2019-06-21 [[QS World University Rankings 2020 | Top Universities:https://www.topuniversities.com/university-rankings/world-university-rankings/2020]]
-2019-06-20
--[[その作業に価値はあるのか？---「時間泥棒」は誰だ（1） - 経営者に読ませる「B2Bマーケティング...：日経 xTECH Active:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/17/040600053/021700024/]]
--[[測れなければ改善できない！---「時間泥棒」は誰だ（2） - 経営者に読ませる「B2Bマーケティング...：日経 xTECH Active:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/17/040600053/031400025/]]
--[[答えは私の手元にあった---「時間泥棒」は誰だ（3） - 経営者に読ませる「B2Bマーケティング攻略...：日経 xTECH Active:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/17/040600053/041100026/]]
--[[自己変革なしには解決できない---時間泥棒は誰だ（4） - 経営者に読ませる「B2Bマーケティング攻...：日経 xTECH Active:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/17/040600053/052000027/]]
--[[「時間泥棒」は二人いた！---時間泥棒は誰だ（5） - 経営者に読ませる「B2Bマーケティング攻略ガ...：日経 xTECH Active:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/17/040600053/061700029/]]
-2019-06-20 [[英語よりもずっと役に立つチカラ - 経営者に読ませる「B2Bマーケティング攻略ガイド」：日経 xTECH Active https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/17/040600053/012100023/?ST=act-marketing]] 示唆に富む説明
-2019-06-20 [[ウォーレン・バフェット、誰もが読むべき19冊 | BUSINESS INSIDER JAPAN:https://www.businessinsider.jp/post-190977]]
-2019-06-19 Differential analyses for RNA-seq
-- [[Differential analyses for RNA-seq: transcript-level estimates improve gene-level inferences | F1000Research:https://f1000research.com/articles/4-1521/v2]]
-- [[09097205-0b0d-4854-b78b-4545efe991d8_7563_-_mark_robinson_v2.pdf:https://f1000researchdata.s3.amazonaws.com/manuscripts/8770/09097205-0b0d-4854-b78b-4545efe991d8_7563_-_mark_robinson_v2.pdf?doi=10.12688/f1000research.7563.2&numberOfBrowsableCollections=17&numberOfBrowsableGateways=23]]
-2019-06-19 [[「飛行機がなぜ飛ぶか」分からないって本当？：日経ビジネス電子版:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00059/061400036/?P=1]]
-2019-06-17 [[あのハーバード大学で最も人気を集める「ビッグデータについての講義」がネットで無料公開中 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190617-harvard-economics-big-data/]]
-2019-06-17 [[恥の感情に押し潰されないための方法 | DHBR最新号から｜DIAMOND ハーバード・ビジネス・レビュー:https://www.dhbr.net/articles/-/5952]]
-2019-06-17 [[大学3年 授業への本音は 文科省、60万人にネット調査へ 大学・学部名を公表 教育改革の一助に :日本経済新聞:https://www.nikkei.com/paper/article/?n_cid=kobetsu&ng=DGKKZO46170390W9A610C1CR8000]]
-2019-06-16 [[Bioinformatics Exercises:http://www.tcoffee.org/Courses/Exercises/index.html] この先生（Cedric Nortredame, Center for Genomic Regulation (CRG) Barcelona Spain ）はバイオのアルゴリズムの多様なコースを提供しているようだ。
-2019-06-16 [[クラス分けや採点はAIで 先生助ける「学校テック」 :日本経済新聞:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO46050680T10C19A6X11000/?n_cid=kobetsu]]
-2019-06-14 [[Base Quality Score Recalibration (BQSR) — GATK-Forum:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/44/base-quality-score-recalibration-bqsr]]
-2019-06-13 [[実録漫画：交通事故で頭を強打したらどうなるか？:http://anbox.hinami.net/kad/]]
-2019-06-13 [[被告弁護人と高木浩光氏は何と闘ったのか、そしてエンジニアは警察に逮捕されたらどう闘えばいいのか（Coinhive事件解説 前編） (2/3)：権利は国民の不断の努力によって保持しなければならない - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1906/13/news018_2.html]]
-2019-06-13 [[VCFのユーティリティツール VCF-kit - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/03/26/123548]] （バリアントコールの後の解析処理）遺伝子型の帰属（Browning and Browning、2007）、変異のアノテーション（Pedersen et al、2016）、変異型予測（Cingolani et al、2012）および集団遺伝解析（Pfeifer et al、2014）
-2019-06-12 [[中教審教学マネジメント特別委員会:http://www.mext.go.jp/kaigisiryo/2019/05/1417489_25603.html]]
-2019-06-12 [[Markdown＋CSS組版での技術系同人誌制作時の環境 | 吉川ウェブ:https://yoshikawaweb.com/markdown-css.html#title8]]
-2019-06-11 [[アメリカの最強補修テープ。ネジやパーツも作れて車も引っ張れる | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/06/lht-forj.html]]
-2019-06-09 [[生命医科学特論講義前原 http://www.sls.kyushu-u.ac.jp/wp-content/uploads/2017/04/2017.04.25_maehara1.pdf]]
-2019-06-06 pandasの中でDFのstyle [[Pandas 0.24.2 document Styling:https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/style.html]] 新規機能なのでまだ変更の可能性ありと書かれている。テスト結果はガイドのサンプルを見ると、
import pandas as pd
import numpy as np
np.random.seed(24)
df = pd.DataFrame({'A': np.linspace(1, 10, 10)})
df = pd.concat([df, pd.DataFrame(np.random.randn(10, 4), columns=list('BCDE'))],
axis=1)
df.iloc[0, 2] = np.nan
def color_negative_red(val):
"""
Takes a scalar and returns a string with
the css property `'color: red'` for negative
strings, black otherwise.
"""
color = 'red' if val < 0 else 'black'
return 'color: %s' % color
s = df.style.applymap(color_negative_red)
s.to_excel('pandasstyle.xlsx')
これで実行できた。
#ref(pandasstyle.png);
-2019-06-04 [[28コアIntel Xeonプロセッサ＆最大1.5TBメモリ搭載可能なモンスター機「Mac Pro」が発表 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190604-mac-pro-wwdc-2019/]]
-2019-06-04 [[起業したい人がやるべき準備と起業例まとめ7 | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/06/191588-start-your-own-business_matome.html]]
-2019-06-04 [[突然消滅したMICROSOFT TECHNET／MSDNブログ（日本語）の捜索：山市良のうぃんどうず日記（154） - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1906/04/news004.html]]
-2019-06-04 [[AI導入で女性が職を失うリスクは日本が一番！「ガラスの天井」が深刻化 | ＤＯＬ特別レポート | ダイヤモンド・オンライン:https://diamond.jp/articles/-/204354?]] 極論すれば日本の女性労働者（の多く？一部？）は機械と同じレベルの（知性しか求められない）労働をしているということですね。今までいろいろと言われてはいたけれど、こういう形で明確に出たということ？
-2019-06-02 [[single-end read, paired-end readsのおはなし - ばいばいバイオ:https://www.kimoton.com/entry/2018/02/19/214214]]
-2019-06-01 [[私の台湾研究人生：初めての台湾、1973年春「蒋介石は良いところに逃げ込んだ」（nippon.com） - Yahoo!ニュース:https://headlines.yahoo.co.jp/article?a=20190531-00010003-nipponcom-pol]]
-2019-06-01 [[きちんと一打鍵ずつ入力 オートで功徳を積む「写経を自動化したプログラム」が公開される - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1906/01/news020.html]]
-2019-05-30 アソシエーション分析の説明のために
--[[Lift in an association rule:https://www.ibm.com/support/knowledgecenter/es/SSEPGG_9.7.0/com.ibm.im.model.doc/c_lift_in_an_association_rule.html]]
--[[Lift (data mining) - Wikipedia:https://en.wikipedia.org/wiki/Lift_(data_mining)]]
--[[What is the lift value in association rule mining?:https://www.dataminingapps.com/2017/04/what-is-the-lift-value-in-association-rule-mining/]]
--[[Association Rules and the Apriori Algorithm: A Tutorial:https://www.kdnuggets.com/2016/04/association-rules-apriori-algorithm-tutorial.html]]
-2019-05-30 [[ログ出力のための print と import logging はやめてほしい - Qiita:https://qiita.com/amedama/items/b856b2f30c2f38665701]]
-2019-05-26 マッピングソフト
--[[Bowtie 2: fast and sensitive read alignment:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml]]、論文は[[Li H. and Durbin R. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2:https://www.nature.com/articles/nmeth.1923]]
--BWA [[Burrows-Wheeler Aligner:http://bio-bwa.sourceforge.net/]]、論文は[[Li H. and Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler Transform. Bioinformatics, 25:1754-60.(2009):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2705234/]]
--[[TopHat2:https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml]] 2016年にHisat2に開発を移す旨記述あり。論文は[[Kim D, Pertea G, Trapnell C, Pimentel H, Kelley R, Salzberg SL. TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions. . Genome Biology 2013, 14:R36:http://genomebiology.com/2013/14/4/R36/abstract]]
--[[Hisat2:http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml]]、論文は[[Kim D, Langmead B and Salzberg SL. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements. Nature Methods 2015:http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3317.html]]
--[[STAR:https://github.com/alexdobin/STAR]]、論文は[[Dobin A, Davis CA, Schlesinger F, Drenkow J, Zaleski C, Jha S, Batut P, Chaisson M, Gingeras TR. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics. 2013 Jan 1;29(1):15-21.:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3530905/pdf/bts635.pdf]]
-2019-05-26 下の例題と似た例題 [[Gene Expression Profile Analysis:https://jp.mathworks.com/help/bioinfo/examples/gene-expression-profile-analysis.html]] 材料は[[Gene Expression Omnibus websit:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE28]]~
曰く~
The MAT-file yeastdata.mat contains the expression values (log2 of ratio of CH2DN_MEAN and CH1DN_MEAN) from the seven time steps in the experiment, the names of the genes, and an array of the times at which the expression levels were measured.~
-2019-05-26 教師付き学習・classification問題の例題として、[[biopython Chap16 Supervised learning methodsでは:http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc237]]Bacillus subtilisの隣接する遺伝子がオペロン（生物の染色体は、一群の機能的に関連した構造遺伝子をまとめた領域(オペロン)をつなぎ合わせた構造をもち、オペロンを一括して発現調節しているとされる。この考えをオペロン説という。[[ウィキペディア:https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AA%E3%83%9A%E3%83%AD%E3%83%B3]]）に属するか否かの判定をしている。
-2019-05-25 [[molbio-dresden/flexidot: Highly customizable, ambiguity-aware dotplots for visual sequence analyses https://github.com/molbio-dresden/flexidot]]~
[[FlexiDot: highly customizable, ambiguity-aware dotplots for visual sequence analyses:https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/34/20/3575/4995848?redirectedFrom=fulltext]]
-2019-05-24 Excelファイルをpandasで読み出す [[pandasでExcelファイル（xlsx, xls）の読み込み（read_excel） | note.nkmk.me:https://note.nkmk.me/python-pandas-read-excel/]]
import pandas as pd
df = pd.read_excel('mytest.xlsx')
print(df)
Excelファイルはそのまま（文字コード変換とかcsvとか考える必要なし）でよい。xlrdライブラリをインストールしておく必要あり~
read_csvのように先頭何行スキップとかタイトル行選択とかはできないようだ。シート洗濯はできる。
-2019-05-24
--[[アメリカの Institutional Research：ＩＲ とはなにか？ - Postsecondary Analytics, LLC:http://www.postsecondaryanalytics.com/whatisir/]]
--[[Institutional Researchと大学:https://www.jstage.jst.go.jp/article/jkg/68/3/68_86/_article/-char/ja]]
--[[Institutional Research論 （第1期2019年5月〜8月、第2期2019年8月〜12月開催） | イベントカレンダー | 東京工業大学 https://www.titech.ac.jp/event/2019/043683.html]]
--[[第 17 章 アメリカの Institutional Research IR とはなにか？:https://www.niad.ac.jp/media/001/201802/ni008017.pdf]]
--[[Institutional research - Wikipedia:https://en.wikipedia.org/wiki/Institutional_research]]
--[[Association for Institutional Research | AIR:https://www.airweb.org/]]
--[[中小規模大学のIR事例からのヒント〜「すぐできること」で着実な一歩を | 大学改革を知る | Between情報サイト:http://between.shinken-ad.co.jp/univ/2017/12/cyusyodai-IR.html]]
-2019-05-22 [[Marp - Markdown Presentation Writer:https://yhatt.github.io/marp/]]~
[[Marp - Markdown Presentation Writer:https://yhatt.github.io/marp/]]~
[[Markdown記法 チートシート:GitHub:https://gist.github.com/mignonstyle/083c9e1651d7734f84c99b8cf49d57fa]]~
[[Markdown記法 チートシート - Qiita:https://qiita.com/Qiita/items/c686397e4a0f4f11683d]]~
[[Marp(Markdown Presentaiton)の文法まとめ - Qiita:https://qiita.com/pocket8137/items/27ede821e59c12a1b222]]~
[[Qiita Markdown 書き方 まとめ - Qiita:https://qiita.com/shizuma/items/8616bbe3ebe8ab0b6ca1]]
-2019-05-22 [[RNA-Seqパイプライン（HISAT2/StringTie/Ballgown） - ノート:http://mctakashima.blog.jp/archives/2587379.html]] 以下引用~
普段はTophat, cufflinks, cuffmerge, cuffdiff, cummeRbundが主軸のRNA-Seqパイプラインで解析している。（中略）そこで次の世代のRNA-Seq解析パイプラインとの呼び声高い（？）HISAT2/StringTie/Ballgownを使ってみた。参考は[[坊農先生のブログ:http://bonohu.jp/blog/2017/05/23/stringtie/]]と[[開発元:http://ccb.jhu.edu/software.shtml]]と[[この方のブログ:http://qiita.com/rouninnomi/items/d92d9fb65d52ed4353e4#_reference-5ee01e2d469c467c333b]]（自分と同じくらいのインフォマ歴で親近感！！！）を参考にしました。
-2019-05-22 [[高速なRNA seqのマッピングツール HISAT2 - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/03/21/171900]] は
HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements.
Kim D, Langmead B, Salzberg SL
Nat Methods. 2015 Apr;12(4):357-60.
を訳したものらしい。~
なお、このページで参照されていたのが[[サルマップ2018 (1) 爆速Aspera Connect & HISAT2 - ノンコーディングRNAネオタクソノミ:https://ncrna.jp/blog/item/385-2018-aspera-connect-hisat2]]
-2019-05-21 python namedtuple
--[[namedtupleで美しいpythonを書く！（翻訳） - Qiita:https://qiita.com/Seny/items/add4d03876f505442136]]
--[[collections --- コンテナデータ型 — Python 3.7.3 ドキュメント:https://docs.python.org/ja/3/library/collections.html#collections.namedtuple]]
--一般には、p.fieldnameのようにしてアクセス。
--フィールド名リストは p._fields なので、
--文字列としてフィールド名が与えられている時の値の取り出し getattr(p, 'フィールド名')
for fieldname in p._fields:
print(getattr(p, fieldname)
-2019-05-21 [[color spaceのアライナー CUSHAW3 - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/03/31/103447]] color space ⇒~
--[[What Does Color Space And Nucleotide Space Mean:https://www.biostars.org/p/44269/]]~
Short answer: color space refers to the native format of ABI SoLID technology. Color space is translated to nucleotide, or base space (same thing) so that it can be understood.~
That technology is not growing in market share, so in the next few years it will become less common. ABI is putting most of their effort behind the Ion Torrent now.~
--[[Tutorial: Transforming And Manipulating Color Space Reads:https://www.biostars.org/p/43855/]]
-2019-05-21 [[ショートリードのアセンブリツール - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/27/172012]]
-2019-05-20 [[お弁当のすきまおかずにもぴったり！ 切り干し大根と酢を使ったあえもの（レタスクラブニュース）:https://headlines.yahoo.co.jp/article?a=20190520-00189927-lettucec-life]]
-2019-05-19 [[GATK | BP Doc #11145 | Germline short variant discovery (SNPs + Indels):https://software.broadinstitute.org/gatk/best-practices/workflow?id=11145]]
-2019-05-19 [[構造変化が起きた部位のマッピング状況を出力する samplot - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/04/28/182216]]
-2019-05-19 [[Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3334321/]]
-2019-05-17 CDS⇒タンパク質分子量
--[[リンク（便利なツール集）:https://www.rs.tus.ac.jp/yokoyama/link.html]]
--⇒ [[分子生物学研究用ツール集:http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/molbio-j.html]]
--⇒⇒ [[EMBOSS Transeq < Sequence Translation Sites < EMBL-EBI:https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/]] １つ１つ手作業はいやだ？ Embossをbiopythonから使えばいい？
--⇒⇒[[ExPASy - Compute pI/Mw tool:https://web.expasy.org/compute_pi/]] これもBiopythonから使えるのでは？
--⇒⇒[[ExPASy - ProtParam tool:https://web.expasy.org/protparam/]]
--
--何と Biopythonに機能アリ。Package Bio :: Package SeqUtils :: Module ProtParam~
ドキュメント [[ProtParam:https://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParam-module.html]]~
テストの必要あり。
--あとはこれで抽出して注ぎ込めば良いはず。[[BiopythonでGenbankファイルからアミノ酸配列を抽出する - ほぼ中立ブログ:https://www.hobochuritsu.com/entry/2018/10/13/004352]]
-2019-05-17 タンパク質の分子量をアミノ酸列から計算するツール~
[[ExPASy - ProtParam tool:https://web.expasy.org/protparam/]]、
[[ExPASy - Compute pI/Mw tool:https://web.expasy.org/compute_pi/]]
-2019-05-16 [[Googleが音声翻訳で話者の声を保ったまま翻訳させる画期的なシステム「Translatotron」を発表 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190516-google-translatotron/]] この説明だと音声to音声でのマッピングみたいだが、言語を介さないと何が起こるのだろうか？ 言語に落とすことでかなり圧縮しているはずなのだがそれを通さないことになる？
-2019-05-16 [[CentOS6のgccをアップデートする:http://thr3a.hatenablog.com/entry/20180308/1520506543]] CenOs7はデフォでgcc4.8.5。Breseqのmakeでは4.9以上を要求（）~
#if (__GNUC__ * 10000 + __GNUC_MINOR__ * 100 + __GNUC_PATCHLEVEL__) < 40900
#error "unsupported GCC version - see https://github.com/nlohmann/json#supported-compilers"
#endif
やることは
# yum install centos-release-scl
# yum install scl-utils
# yum install devtoolset-7-gcc devtoolset-7-gcc-c++ devtoolset-7-binutils
# または全部のdevtoolset-7を入れるなら yum install devtoolset-7
# レベル6とか5も可
加えて毎回使用を宣言
# scl enable devtoolset-7 bash
なので、何時も使うならbash_profileの中で
$ cat /etc/profile.d/enabledevtoolset-7.sh
#!/bin/bash
source scl_source enable devtoolset-7
-2019-05-16 [[【 evince 】コマンド――PDFファイルやPostScriptファイルの内容を表示する：Linux基本コマンドTips（304） - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1905/16/news029.html]]
-2019-05-15 [[GATK | Doc #1268 | What is a VCF and how should I interpret it?:https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php?id=1268]]
-2019-05-15 [[Analysis Flow 解析フロー:https://cell-innovation.nig.ac.jp/surfers/analys_flow.html#a3eeb1e5be388328b601a01b61071ae7c]] NGS Surfer's Wiki
-2019-05-13 [[bash 入門:https://rat.cis.k.hosei.ac.jp/article/linux/bash_intro.html]]
-2019-05-09 [[MA プロット (MA Plot) – 遺伝子発現解析（マイクロアレイ解析, RNA-seq）:http://array.cell-innovator.com/?p=1772]]
-2019-05-08 [[主成分分析 | RNA-Seq サンプル同士の類似度:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/clutering/pca.html]]
-2019-05-08 [[PythonがJavaを追い抜く、SlashDataの開発者実数調査：開発者数の伸びで際立つKotlin - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1905/07/news033.html]]
-2019-05-07 [[創薬研究者が仮説を入力すると関連論文を探すAI | 日経 xTECH（クロステック:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/column/18/00001/02003/]]
-2019-05-05 [[Pythonとカーネル密度推定(KDE)について調べたまとめ:https://vaaaaaanquish.hatenablog.com/entry/2017/10/29/181949]]
-2019-05-02 [[構造変化が起きた部位のマッピング状況を出力する samplot:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/04/28/182216]]
-2019-05-02 [[ゲノム情報はないが、モデル生物と近縁な生物のRNA seq 解析:http://kazumaxneo.hatenablog.com/?page=1501306401]]
-2019-05-01 [[フォーマット変換 FASTA => BED:http://kazumaxneo.hatenablog.com/?page=1501071328]]
-2019-05-01 [[AIは人間とディベートできるレベルまできた――IBMの「Project Debater」 - DIGITALIST｜デジタリスト:https://project.nikkeibp.co.jp/atcldgl/idea/041800044/]]
-2019-05-01 GOATOOLSのテストのメモ
--githubパッケージに含まれるrun.shサンプルを実行してみる
git clone https://github.com/tanghaibao/goatools.git --- まず全体をclone
./run.sh
select the test from below
1) Test enrichment 3) Test mapslim
2) Test plotting go terms 4) Test mapslim on assocation
1を選択する
go-basic.obo: fmt(1.2) rel(2019-04-17) 47,398 GO Terms
HMS:0:00:00.463984 128,975 annotations READ: data/association
Study: 276 vs. Population 33239
Propagating term counts to parents ..
53 GO IDs in assc. are not found in the GO-DAG: GO:0016566 GO:0005792 GO:0003702
GO:0000300 GO:0046853 GO:0016986 GO:0019204 GO:0016944 GO:0035300 GO:0006987
GO:0006800 GO:0000060 GO:0008471 GO:0003840 GO:0006496 GO:0019446 GO:0000059
GO:0019575 GO:0004428 GO:0008159 GO:0004437 GO:0016585 GO:0000903 GO:0022627
GO:0000072 GO:0005057 GO:0033903 GO:0030528 GO:0007108 GO:0005678 GO:0005625
GO:0042891 GO:0016563 GO:0010149 GO:0046909 GO:0048196 GO:0008565 GO:0000299
GO:0004086 GO:0000739 GO:0003715 GO:0008943 GO:0005624 GO:0003701 GO:0004702
GO:0004871 GO:0042156 GO:0004221 GO:0042991 GO:0022625 GO:0045750 GO:0017163
GO:0016564
96% 31,855 of 33,239 population items found in association
97% 269 of 276 study items found in association
100% 276 of 276 study items found in population(33239)
Calculating 6,076 uncorrected p-values using fisher
6,076 GO terms are associated with 31,847 of 33,239 population items
773 GO terms are associated with 269 of 276 study items
（中略）
# Generated by GOATOOLS v0.8.12 (2019-05-01)
# min_ratio=None pval=0.05
GO NS enrichment name ratio_in_study ratio_in_pop p_uncorrected
depth study_count p_bonferroni p_sidak p_holm p_fdr_bh study_items
....GO:0036211 BP e protein modification process 33/276 1725/33239
8.07e-06 5 33 0.049 0.0470.049 0.00981 AT1G13580, AT1G66610,
AT1G66860, AT1G66980, AT2G29220, AT2G41140, AT2G41970, AT2G42550, AT3G25540,
AT3G28600, AT3G45390, AT3G45420, AT3G46400, AT3G46410, AT3G46420, AT3G46930,
AT3G56760, AT3G57710, AT3G57720, AT3G58690, AT4G00960, AT4G11490, AT4G17483,
AT4G23220, AT4G23270, AT4G26840, AT5G37910, AT5G37930, AT5G38210, AT5G47340,
AT5G55160, AT5G59010, AT5G59650
（以下略）
--[[README_find_enrichment.md:https://github.com/tanghaibao/goatools/blob/master/doc/md/README_find_enrichment.md]] のGOEA command-line examplesの一部は、テスト用データが無いのでできない。できた例：
python scripts/find_enrichment.py data/study data/population data/association --outfile=goea_fdr_bh.xlsx,goea_fdr_bh.tsv \
--pval_field=fdr_bh
（上記と同じ表示結果）
Calculating 6,076 uncorrected p-values using fisher
6,076 GO terms are associated with 31,847 of 33,239 population items
773 GO terms are associated with 269 of 276 study items
5 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 5 enriched + 0 purified): local bonferroni
110 study items associated with significant GO IDs (enriched)
0 study items associated with significant GO IDs (purified)
5 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 5 enriched + 0 purified): local sidak
110 study items associated with significant GO IDs (enriched)
0 study items associated with significant GO IDs (purified)
5 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 5 enriched + 0 purified): local holm
110 study items associated with significant GO IDs (enriched)
0 study items associated with significant GO IDs (purified)
17 GO terms found significant (< 0.05=alpha) ( 16 enriched + 1 purified): statsmodels fdr_bh
111 study items associated with significant GO IDs (enriched)
1 study items associated with significant GO IDs (purified)
245 of 6,076 results have uncorrected P-values <= 0.05=pval
17 items WROTE: goea_fdr_bh.xlsx
17 items WROTE: goea_fdr_bh.tsv
（ファイル goea_fdr_bh.xlsx、goea_fdr_bh.tsvを生成、xlsxを開いてみる）
&ref(goatools-goea_fdr_bh_xlsx.png);
-2019-04-30 [[構造変化が起きた部位のマッピング状況を出力する samplot - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/04/28/182216]]
-2019-04-28 [[[PYTHON] インスタンスのプロパティへ動的にアクセスする - YOHEIM .NET:https://www.yoheim.net/blog.php?q=20161002]]
-2019-04-27 [[「難解な論文をわかりやすく要約してくれるAI」が開発される - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190427-science-writing-be-automated/?fbclid=IwAR3JxKnUR1WjPkekyb8dUlA92W5cyVLkcXxDpeiAGmksG_0pnAaU3z5TANU]]
-2019-04-27 [[Genomon The Zen of Cancer Genome Sequence Analysis:https://genomon-project.github.io/GenomonPagesR/]]~
Genomon is a suite of bioinformatics tools for analyzing cancer genome and RNA sequencing data.
-2019-04-26 [[最新版「Node.js 12」が公開、TLS 1.3に対応：診断レポート機能を導入 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/25/news129.html]]
-2019-04-26 東工大[[CITL 教育革新センター:https://www.citl.titech.ac.jp/]]
-2019-04-26 [[無駄な会議を、公立と生産性を高め、人を育てる時間にする方法 | ライフハッカー［日本版］:https://www.lifehacker.jp/2019/04/meeting_practical-use.html]]
-2019-04-25 [[コニカミノルタと米AIベンチャー、胸部X線画像から異常部位を検出へ | 日経 xTECH（クロステック）:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/event/18/00055/00011/?n_cid=nbpnxt_mled_nmo]]
-2019-04-25 [[国内初承認の「AI診断支援ソフト」ができるまで | 日経 xTECH（クロステック）:https://tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/column/18/00001/01947/?n_cid=nbpnxt_mled_nmo]] SVMだそうな。
-2019-04-25 [[AIは放射線科医に代わるのか？ 答えはNo：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/hotnews/int/201904/560709.html?n_cid=nbpnmo_mled]]
-2019-04-25 [[医学会総会、「AIとICT」が一番人気：日経メディカル:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/1000research/201904/560650.html?n_cid=nbpnmo_mled]]
-2019-04-23 [[バイオインフォマティクスに関連する機関の一覧 - Wikipedia:https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%82%AA%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%9E%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%81%AB%E9%96%A2%E9%80%A3%E3%81%99%E3%82%8B%E6%A9%9F%E9%96%A2%E3%81%AE%E4%B8%80%E8%A6%A7]]
-2019-04-23 [[人工知能が生成したデスメタルを毎日24時間配信し続けるYouTubeチャンネル「Dadabots」 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190422-ai-generated-death-metal/]] どんなジャンルの曲にでも適用できそうな気がする。
-2019-04-23 [[ヤフー、分散表現の学習時間を短縮化するAI技術「yskip」をOSSとして公開 - CNET Japan:https://japan.cnet.com/article/35135988/]]
-2019-04-21 [[平成28年度NGSハンズオン講習会 NGS解析基礎（アメリエフ）:https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20160725_amelieff.pdf]]
-2019-04-21 [[〜 Rで塩基配列解析:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20140423_kadota.pdf]] シロイヌナズナの例（門田先生）
-2019-04-21 DNA-seqがらみで、２つのVCFファイルの比較。[[サンプル間で共通する変異と固有の変異を抽出する:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/06/165329]]、 GATKを使う方法と、bcftoolsを使う方法と。要確認。~
その手前。[[small indelとSNV検出のワークフロー:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/05/31/170329]]~
更にその元 (GATKサイト) [[Variant Calling Pipeline: FastQ to Annotated SNPs in Hours:https://gencore.bio.nyu.edu/variant-calling-pipeline/]]
-2019-04-21 DNA-seq pipeline [[A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data (Nature Genetics 43, 491?498 (2011) doi:10.1038/ng.806):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3083463/]]
-2019-04-21 NIG National Institute of Genetics [[Maser_ja:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/index_ja.html]]、
NIGのパイプラインサービス [[NGSアプリケーション Pipline-Menu-wiki:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/Applications/applications_top.html]]、 [[提供全パイプラインリスト All-Pipelines:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser_cgi/cip-pl_list_violin_ja.cgi]]、と [[RNA-seqのパイプライン:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/Applications/RNA-seq.html]]、と [[DNA-seqのパイプライン:http://cell-innovation.nig.ac.jp/maser/Applications/Genome-seq.html]]
-2019-04-20 [[cufflinksのFPKMを遺伝子ごとに集計して、サンプル間で比較する。 - kuroの覚え書き:http://k-kuro.hatenadiary.jp/entry/20180209/p2]]
-2019-04-20 [[Python系解析ツール(HT-seq/subread)のらくらくインストール:https://ncrna.jp/blog/item/319-subread]] Python系というとsubread/featureCountの辺なのか？
-2019-04-20 [[RNA-seqデータ解析（２群間比較, Unstranded, Single-end） - いろいろ試してみる:http://imamachi-n.hatenablog.com/entry/2017/03/25/232035]] 〜 いくつかのワークフロー（パイプライン？）の紹介 TopHat-Cuffdiff TopHat-featureCounts-edgeR、古いけれど基礎的な知識の補充
-2019-04-20 [[あまり紹介されていない可視化ツールを試す - drillerの部屋:https://drillan.github.io/notebooks/jupyter_advent_calendar_2017.html]] いろいろなツールの紹介
-2019-04-20 [[[Python] CufflinksでPandasのデータフレームをPlotlyに一発描画 - Qiita:https://qiita.com/inoory/items/7c8ca9fd5e1aca3e2e72]] 〜〜 Python世界でのcufflinksは違うものらしい
-2019-04-19 [[音声で外国語を学べるWebサービスのプロトを作りました。英語と中国語と韓国語を学べます。：村上福之の「ネットとケータイと俺様」：オルタナティブ・ブログ:https://blogs.itmedia.co.jp/fukuyuki/2019/04/web.html]]
-2019-04-18 [[VcXsrv Windows X Server download | SourceForge.net:https://sourceforge.net/projects/vcxsrv/]]
-2019-04-18 [[HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう - Palmsonntagmorgen:http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/11/09/165200]]
-2019-04-18 [[HISAT-StringTie-Ballgown を試してみよう その2 - Palmsonntagmorgen:http://rnakato.hatenablog.jp/entry/2018/11/26/145847]]
-2019-04-18 [[Bioconductor - ballgown:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ballgown.html]]
-2019-04-18 [[Bioconductor - ballgown:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ballgown.html]]
-2019-04-18 [[GitHub - alyssafrazee/ballgown: Bioconductor package "ballgown", devel version. Isoform-level differential expression analysis in R.:https://github.com/alyssafrazee/ballgown]]
-2019-04-18 [[VcXsrv Windows X Server download | SourceForge.net:https://sourceforge.net/projects/vcxsrv/]]
-2019-04-18 [[Download RStudio - RStudio:https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/]]
-2019-04-17 [[AIのトレーニング時間を60％以上短縮する新手法を開発、米大学：AIアプリの開発を加速 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/17/news093.html]]
-2019-04-17 [[StringTie:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml]] is a fast and highly efficient assembler of RNA-Seq alignments into potential transcripts. It uses a novel network flow algorithm as well as an optional de novo assembly step to assemble and quantitate full-length transcripts representing multiple splice variants for each gene locus. Its input can include not only the alignments of raw reads used by other transcript assemblers, but also alignments longer sequences that have been assembled from those reads.In order to identify differentially expressed genes between experiments, StringTie's output can be processed by specialized software like Ballgown, Cuffdiff or other programs (DESeq2, edgeR, etc.).~
マニュアルは[[manual:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]]~
HISAT2の出力を使う場合、be sure to run HISAT2 with the --dta option for alignmen~
~
StringTieのHPで照会されている[[gffcompare:https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml#gffcompare]]は、~
The program gffcompare can be used to compare, merge, annotate and estimate accuracy of one or more GFF files (the "query" files), when compared with a reference annotation (also provided as GFF/GTF).
-2019-04-17 [[NGSデータから新たな知識を導出するためのデータ解析リテラシー 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2018008.html]]の「データ解析」の項が参考になりそう。
-2019-04-17 Cufflinks回り
--[[次世代シークエンサーDRY解析教本による遺伝子発現解析〜Cufflinks、cummeRbund、DAVID〜@AJACSa三島2 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2016010.html]]はcufflinksを使った解説で、古い？
--[[Cufflinks | RNA-seq を利用した遺伝子発現解析:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/expression/cufflinks.html]]
--その手前の概論 [[発現量解析 | RNA-Seq を利用した発現変動遺伝子の検出:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/]]
-2019-04-17 vcfとbcf 要はvcfがテキスト版、bcfがバイナリ版。変換は [[bcftools view:ｖ]]で可能らしい。~
ついでに[[コンセンサス配列の作成 | VCF の変異情報に基づいてリファレンスの塩基配列を置換しコンセンサス配列を作成方法:https://bi.biopapyrus.jp/gwas/vcf-consensus-fasta.html]]
-2019-04-17 [[能力と人物を見極める3つの新しい評価手法 | DHBR最新号から｜DIAMOND ハーバード・ビジネス・レビュー :https://www.dhbr.net/articles/-/5853]]
-2019-04-17 [[無料で手描きの線から超リアルな雲画像を誰でもサクッと作成できる「KumoWorks」レビュー - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190416-kumoworks/]]~
ソースコードもオープンだとか。[[GitHub - opentoonz/kumoworks: KumoWorks - A Cloud Rendering Tool for Animation Production.:https://github.com/opentoonz/kumoworks]]
-2019-04-16 EMBOSSのSeqRetを使ってGenBankからGFF3を作る
--EMBOSSのインストール 〜 [[ダウンロード:http://emboss.sourceforge.net/download/]] 〜 configure/make/make install
--[[使い方 Introduction to Sequence:http://emboss.sourceforge.net/docs/emboss_tutorial/emboss_tutorial.html]] ⇒ [[seqret:http://emboss.sourceforge.net/docs/emboss_tutorial/node2.html#SECTION00212000000000000000]]~
$seqret AP012030.gb -outseq AP012030.gff3 -osformat gcc3 -feature
-2019-04-16 IGVにsorted.BAMを食わせるために、インデックス付けをする。
--[[SAMtools:https://cell-innovation.nig.ac.jp/surfers/SAMtools.html#bam_index_]]~
$samtools index SRR453566.sorted.bam
これを作っておいて、同じディレクトリ内にSRR453566.sorted.bamとSR453566.sorted.bam.bai がある状態にして、IGV.jsに対して
{
"name": "BAM",
"type": "alignment",
"format": "bam",
#"displayMode": "EXPANDED",
"url": "files/SRR453566.sorted.bam",
"indexed": True
}
-2019-04-16 IGVにvcfを食わせるために、index付けをする。
[[サンプル間で共通する変異と固有の変異を抽出する - macでインフォマティクス:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/06/165329]]を参考にした。
--インデックス付けはbcftoolsで可能だが、入力たるvcfファイルがbgzipされていなければならない。[[gdzip:http://www.htslib.org/doc/bgzip.html]]自体はsamtoolsのhtslibの中に入っていて、samtoolsをmake; make installしただけでは入らない。make all all-htslib; make install install-htslib のように追加makeする必要がある。
bgzip -c s288c.vcf > s288c.vcf.gz
bcftools index s288c.vcf.gz
この結果できたs288c.vcf.csiをs288c.vcf.gzとおなじフォルダに置いて食わす。
-2019-04-16 [[次世代シークエンスデータベースの活用法最前線:https://katosei.jsbba.or.jp/view_html.php?aid=699]]
-2019-04-13 [[京大の「ニコ動的講義」が話題に 講師と学生がスライド上のコメントを介して交流 - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1904/12/news127.html]]~
[[「ニコ動的講義」が生み出す、教員と学生のシンクロ｜Topics | CONNECT:https://www.highedu.kyoto-u.ac.jp/connect/topics/mizuhara01.php]]
-2019-04-12 [[VLOOKUPで複数結果を全て抽出・表示する方法／重複したときに２番目以降も抽出できる？:https://excelkamiwaza.com/excel_hukusuu_kekka.html]]~
[[関数で条件を満たす複数のデータを表から取り出す方法 [エクセル（Excel）の使い方] All About:https://allabout.co.jp/gm/gc/297817/]]
-2019-04-11 [[「人の脆弱性」がセキュリティ最大のリスク どうやって「最悪の事態」を想定する？：事例で分かる、中堅・中小企業のセキュリティ対策【第17回】 - TechTargetジャパン 中堅・中小企業とIT:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1904/01/news01.html]]
-2019-04-11 [[AWS、Google、Azureの自然言語処理APIを比較 長所短所は？：開発者が注目するAIテクノロジー - TechTargetジャパン システム開発:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1904/02/news07.html]]
-2019-04-10 [[Microsoftが.NET向け機械学習フレームワーク「ML.NET 1.0 RC」を公開：95％のAPIを固定 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/09/news047.html]]
-2019-04-10 [[仮説なきデータマイニングが陥る「ファインマン・トラップ」という落とし穴｜WIRED.jp:https://wired.jp/2019/04/09/exaggerated-promise-of-data-mining/]]
-2019-04-09 [[Microsoftが「ハードウェアの安全な取り外し」を行わなくてもUSBを取り外してOKと認める - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190409-microsoft-windows-remove-usb/]]
-2019-04-05 [[Python向け日本語自然言語処理ライブラリ「GiNZA」、リクルートがGitHubで公開：新元号「令和」にも対応 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/05/news046.html]]
-2019-04-03 [[Pythonってどんな言語なの？ (1/2)：Python入門 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/02/news024.html]]
-2019-04-03 [[【Google Chrome】特定のサイト（ドメイン）のCookieだけ削除する方法：Google Chrome完全ガイド - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1904/03/news041.html]]
-2019-04-03 [[自然言語処理などに利用されるAIモデルは言葉の「言い換え」に脆弱であると研究者らが指摘 - GIGAZINE:https://gigazine.net/news/20190402-text-based-ai-vulnerable-paraphrasing/]]
-2019-04-02
--[[パスウェイデータベースの紹介とKEGG PATHWAYの使い方 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2016003.html]] 2016-01-26
--[[パスウェイデータベースの紹介とKEGG PATHWAYの使い方 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:https://togotv.dbcls.jp/ajacs2016017.html]] 2016-07-05~
データ形式はどうもBioPAXが標準になりつつあるらしい（のか？）。BioPythonがサポートするKGMLモジュールはどうよ？~
この中の「パスウェイデータベースのデータ形式」に曰く~
計算機での取り扱いを目的として XML (Extensible Markup Language) で記述されていることが多くなっています - KGML (KEGG Markup Language) は分子間の関係とダイアグラムのレイアウトを取り扱うための KEGG 独自のフォーマット - SBML (Systems Biology Markup Language)、CellML、CSML (Cell System Markup Language) はパスウェイのシミュレーションやモデリングを行うためのフォーマット - PSI-MI (Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction XML Format) はタンパク質間相互作用を記述するためのフォーマット - BioPAX (Biological Pathways Exchange) は様々なパスウェイデータを統合したり、データ交換を行うことを目的として策定された標準化を目指したフォーマット~
これらのデータ形式を扱うことのできるネットワーク可視化ソフトウェアには Cyroscape や VisANT などがあります - AJACS58 : Cytoscapeを使ったデータの可視化~
どのパスウェイデータベースを研究に使えば良いかは、対象生物や対象パスウェイ、目的によって異なってきます~
今回は BioCyc, Reactome, KEGG PATHWAY のブラウザ上での使い方を紹介します
-2019-03-29 [[genome-sci/basic_course: Basic session for Bioinformatics (especially RNA-seq analysis) supported by the project "Platform for Advanced Genome Science" (PAGS):https://www.genome-sci.jp/e https://github.com/genome-sci/basic_course]]
-2019-03-28 [[「Python」「R」「Jupyter Notebook」「Tableau」「Keras」が愛用される理由：経験豊かなデータサイエンティストのお墨付き - TechTargetジャパン データ分析:https://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1902/12/news04.html]]
-2019-03-27 [[政府、AI人材年25万人育成へ 全大学生に初級教育 :日本経済新聞:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO42932250W9A320C1SHA000/]]
-2019-03-26 [[株価を読むために、業績発表より重要なこと：日経ビジネス電子版:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00130/00002/?n_cid=nbpnb_mled_mre]]
-2019-03-24 [[Overleaf, Online LaTeX Editor:https://www.overleaf.com/]]
-2019-03-22 [[ブロックチェーン向けPythonライブラリ、VIPPOOLがOSSとして公開：秘密鍵を手元に保持できる - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/22/news046.html]]
-2019-03-22 [[情報解析講習会ビデオ＜2018年度 情報解析講習会（中級者向け）:https://www.genome-sci.jp/lecture20181st]] と [[その資料:https://github.com/genome-sci/python_bioinfo_2018]]
-2019-03-20 [[大容量のzipを展開(解凍)できない bad CRCなどのエラーが発生する場合の対処法 - Qiita:https://qiita.com/zakisanf05/items/6b305f505f9c96cd1935]]
-2019-03-20 [[Pandas DataFrameへの置換操作のまとめ - Qiita:https://qiita.com/kazetof/items/992638be821a617b900a]]
-2019-03-20
--[[GitHub - danielecook/Awesome-Bioinformatics: A curated list of awesome Bioinformatics libraries and software.:https://github.com/danielecook/Awesome-Bioinformatics]]
--[[samtools · GitHub:https://github.com/samtools]]
--[[Python for Biologists:https://pythonforbiologists.com/]]
-2019-03-18 [[NVIDIA、1万円台の小型AIコンピュータ「Jetson Nano」を発表 - CNET Japan:https://japan.cnet.com/article/35134401/]]
-2019-03-18 [[igv.js:https://igv.org/doc/doc.html]] こんなものがあるんだ。
-2019-03-18 [[bcbio/bcbio-nextgen: Validated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis:https://github.com/bcbio/bcbio-nextgen]]
-2019-03-18 [[Power BI Desktop | Microsoft Power BI:https://powerbi.microsoft.com/ja-jp/desktop/]]
-2019-03-18 [[今の小学生ってすげー PCいらずでプログラミングが勉強できる小学生向けドリルの誕生秘話を聞いた - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1903/14/news095.html]]
--[[ドリルの王様:https://www.shinko-keirin.co.jp/shinko/elementary/do/site/index.html]]
--[[プログラミングドリル「１〜２年の たのしいプログラミング」 無料ダウンロード｜ドリルの王様 大特集｜ドリルの王様 〜楽しく取り組めるから長続き！苦手対策にも！〜 新興出版社啓林館×ちびむすドリル コラボ企画:https://happylilac.net/ssk/sk1903041210.html]]
--[[プログラミングドリル「３〜４年の 楽しいプログラミング」 無料ダウンロード｜ドリルの王様 大特集｜ドリルの王様 〜楽しく取り組めるから長続き！苦手対策にも！〜 新興出版社啓林館×ちびむすドリル コラボ企画:https://happylilac.net/ssk/sk1903041215.html]]
--[[プログラミングドリル「５〜６年の 楽しいプログラミング」 無料ダウンロード｜ドリルの王様 大特集｜ドリルの王様 〜楽しく取り組めるから長続き！苦手対策にも！〜 新興出版社啓林館×ちびむすドリル コラボ企画:https://happylilac.net/ssk/sk1903041218.html]]
-2019-03-18 [[Scrimer:https://scrimer.readthedocs.io/en/latest/index.html]]
-2019-03-18
--[[Galaxy Samtools mpileup (supporting parallelization)(version 0.1.19-a.a):https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository/display_tool?repository_id=fd948844d7eb9b6b&render_repository_actions_for=tool_shed&tool_config=%2Fsrv%2Ftoolshed%2Fmain%2Fvar%2Fdata%2Frepos%2F001%2Frepo_1999%2Fsamtools-parallel-mpileup.xml&changeset_revision=460f0749aac5]]~
で、リンク先は [[GitHub - yhoogstrate/parallel-mpileup: attempt to parallelize mplileup:https://github.com/yhoogstrate/parallel-mpileup/]]
--[[the step of samtools mpileup is very slow · Issue #945 · samtools/samtools · GitHub:https://github.com/samtools/samtools/issues/945]]
--結局chromosomeなりregionなりごとにmpileupして、結果を結合するという話のようです。
-2019-03-18 [[【WSL入門】第1回 Windows 10標準Linux環境WSLを始めよう：ITの教室 - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/18/news031.html]]
-2019-03-17 GUIXソースコンパイル [[Requirements (GNU Guix Reference Manual) :ttps://www.gnu.org/software/guix/manual/en/html_node/Requirements.html]]
--GNU Guile, version 2.0.13 or later, including 2.2.x;~
[[Download:http://ftp.gnu.org/gnu/guile/]], configure/make/make install~
これのために、libtool中のlibltdtが必要になる。
---libtool: [[ダウンロード:http://ftpmirror.gnu.org/libtool/libtool-2.4.6.tar.gz]]~
./configure make make install
---libunistring: [[https://ftp.gnu.org/gnu/libunistring/libunistring-0.9.10.tar.gz]]~
./configure make make install
---Guile-Gcrypt, version 0.1.0 or later; 1.8.4
---libgpg-error version 1.35
---libnettle 3.4.1
---GnuTLS, specifically its Guile bindings (see how to install the GnuTLS bindings for Guile in GnuTLS-Guile);
---libnettle 3.4.1
---bdw-gc yum install gc-devel
--Guile-SQLite3, version 0.1.0 or later;
--Guile-Git, from August 2017 or later;~
この中でハング中 autoconfしたところconfigureはできたが、install-shが無いと言って怒る。
--zlib;
--GNU Make.
-2019-03-17
-- [[SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換 – バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]:http://bioinfo-dojo.net/2017/04/19/sra-toolkit_data_download_sra_fastq/]]
--[[公共NGSデータの検索と登録(2017NGSハンズオン講習会-8月29日):https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20170829_3_nakazato_20170818.pdf]]
--[[SRAデータを効率的にダウンロード - ノート:http://mctakashima.blog.jp/archives/2625885.html]]
--[[Home - SRA - NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/]]
-2019-03-16 bcbio
--[[bcbio/bcbio-nextgen: Validated, scalable, community developed variant calling, RNA-seq and small RNA analysis:https://github.com/bcbio/bcbio-nextgen]]
--[[bcbio-nextgen 1.1.3 documentation:https://bcbio-nextgen.readthedocs.io/en/latest/index.html]]
-2019-03-15 genebank to gff
--[[mscook/to-gff: Convert .gbk or .embl to .gff (and optionally .fa) (required for QUAST):https://github.com/mscook/to-gff]]
--[[Convert GFF and associated FASTA file into GeneBank format:https://www.biostars.org/p/2492/]]
--[[Converting sequence files with the Bio.SeqIO module.:https://biopython.org/wiki/Converting_sequence_files]]
--[[GFF（General Feature Format）:https://staffblog.amelieff.jp/entry/2015/07/31/143358]]
--[[SeqIO | データベースからダウンロードしたファイルを処理する BioPython モジュール:https://bi.biopapyrus.jp/python/biopython/seqio.html]]
--[[BiopythonでGenbankファイル操作：CDSをすべてFASTAに書き出す - Qiita:https://qiita.com/sato32ha6/items/b9d85fad2d9de53374bf]]
--[[Biopython：Genbank file parsing cheat sheet - Qiita:https://qiita.com/sato32ha6/items/9687f5f0b56d7f318783]]
--[[BiopythonでGenbankファイルからアミノ酸配列を抽出する - ほぼ中立ブログ:https://www.hobochuritsu.com/entry/2018/10/13/004352]]
--[[Parsing GFF Files · Biopython:https://biopython.org/wiki/GFF_Parsing]]の中に、Writing GFF3というセクションがあって、その中に
#Converting other formats to GFF3
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO
in_file = "your_file.gb"
out_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()
-2019-03-15 [[Faceook、AI処理向けのモジュラーハードウェアプラットフォームとASICを発表:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/15/news069.html]]
-2019-03-14 [[「わたし」のウェルビーイングから、「わたしたち」のウェルビーイングへ：ドミニク・チェン｜WIRED.jp:https://wired.jp/2019/03/14/well-being-dominique-chen/]]
-2019-03-14 [[稼ぐなら"やりたくないこと"を仕事に選べ | プレジデントオンライン:https://president.jp/articles/-/27921]]
-2019-03-11 [[Google音声入力をWindowsの任意アプリでインラインで使う方法:https://www.teradas.net/archives/29242/]]
-2019-03-10 [[個人事業主・フリーランス必見！経費にできるものをまとめました｜スモビバ！:https://www.sumoviva.jp/trend-tips/20150625_325.html]]
-2019-03-10 [[markdown to ePub - おっさんプログラマの戯れ言:http://d.hatena.ne.jp/unk_pizza/20141118/p1]]
-2019-03-10
--[[VFC | VFC フォーマットファイルの特徴および Python でパースする方法:https://bi.biopapyrus.jp/gwas/vcf.html]]
--[[VCF and BCF formatted files - GeneticVariation.jl:https://biojulia.net/GeneticVariation.jl/v0.1.0/io/vcf-bcf/]]
-2019-03-10 [[RNA-Seq | 遺伝子発現量解析:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/]]
--[[マッピング | RNA-seq による遺伝子発現解析:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/]]
--[[発現量取得 | マッピング結果らリードカウントデータを取得する方法:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/expression/]]
--[[発現量解析 | RNA-Seq を利用した発現変動遺伝子の検出:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/analysis/]]
-2019-03-09 [[Let's Encrypt:https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=ssl&f=2]] [[Apache httpd : SSL/TLS の設定:https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=httpd&f=7]] [[WebDAV の設定:https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=httpd&f=12]]
-2019-03-09 [[「この仕組み思い付いた人、天才だ」 どんなネジでもヌルヌル回せる工具が超便利だと注目集める - ねとらぼ:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1903/09/news019.html]]
-2019-03-08 [[グーグルがエッジでAIを利用するためのワンボードコンピュータを発表 - ZDNet Japan:https://japan.zdnet.com/article/35133858/]]
-2019-03-05 [[不測の事態に備えてGmailのメールデータをバックアップする：Tech TIPS - ＠IT:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1612/05/news023.html]]
-2019-03-05 [[市民のライフイベントに寄り添う--フィンランド政府が取り組むAIアシスタント「Aurora」 - ZDNet Japan:https://japan.zdnet.com/article/35133145/]]
-2019-03-03 [[1クリックでページタイトルとURLをコピーできるChrome拡張機能「Simple URL Copy」:https://gigazine.net/news/1urlchromesimple_url_copy/]]
-2019-03-01 散布図の各点に文字コメントを付ける
--[[【matplotlib】散布図の各点に文字を付けたい:https://www.tcom242242.site/entry/2017/08/21/185255]]
--[[pythonのmatplotlibで散布図の点に名前をつける:https://teratail.com/questions/110775]]
--[[<Python, matplotlib> 散布図の各要素に文字を付ける。:http://nekoyukimmm.hatenablog.com/entry/2015/10/08/224607]]
--[[matplotlib.pyplot.annotate:https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.pyplot.annotate.html?highlight=annotate#matplotlib.pyplot.annotate]]
--[[matplotlib.axes.Axes.annotate:https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.axes.Axes.annotate.html#matplotlib.axes.Axes.annotate]]
--[[Annotating a plot:https://matplotlib.org/gallery/pyplots/annotation_basic.html?highlight=annotating%20axes]]
--[[Annotations:https://matplotlib.org/tutorials/text/annotations.html?highlight=annotating%20axes]]
--[[Annotating Plots:https://matplotlib.org/gallery/text_labels_and_annotations/annotation_demo.html]]
--[[pyplotの散布図グラフでマーカーに文字を使う方法:https://blog.shikoan.com/pyplot-scatter-string-marker/]]
-2019-03-01 [[次期Windows 10最新動向：Windows 10からWSL上のLinuxのファイルシステムへのアクセスが可能に:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/01/news043.html]]
-2019-03-01 [[【 pdftotext 】コマンド――PDFファイルからテキストを抽出する:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/01/news029.html]]
-2019-03-01 [[システムの脆弱性からユーザーの心理的弱点へ、サイバー攻撃の手口が変化:https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1903/01/news053.html]]
-2019-02-28
--[[A Gene Ontology Tutorial in Python:https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-3743-1_16]] (Springer) と
--その紹介PubMedページ [[A Gene Ontology Tutorial in Python.:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27812946]] と
--その中で "An interactive version of the tutorial, including solutions, is available at" と書いてある
--[[THE GO HANDBOOK:http://gohandbook.org/doku.php]]
-2019-02-27 [[プログラミングの力で貧困の連鎖を止める・・・恵比寿Unity部の活動とは:https://news.yahoo.co.jp/byline/onokenji/20190226-00116273/]] 「ゲーム作りで」＋「ボランタリー」がいいと思う。
-2019-02-26 [[眠らせることで性能が向上するAIが開発される（イタリア研究）:http://karapaia.com/archives/52271325.html]] 記事に曰く~
人工ニューラルネットワーク（ANN）は、生物学的な神経ネットワークをモデルにした人工知能の一種であるが、放っておかれたからといって自然と眠りについて、夢を見たりはしない。|
だが、イタリア・サレント大学の数学者アドリアーノ・バッラ氏は、哺乳類の脳に備わった睡眠と夢のメカニズムにヒントを得て、「ホップフィールド・ネットワーク」なるANNの一種に睡眠機能を実装した。~
ちょっと意外で面白い思い付きだ！
-2019-02-26 [[Python内で対話的にpythonスクリプトを走らせる:https://hacknote.jp/archives/25213/]]
--python -i <file name>で、ファイル中のスクリプト実行後にプロンプトに戻る
--exec(open("./ファイル名").read()) いつでも使える。しかもスクリプトで実行した結果の変数とかが残っていて、そのまま継続可能みたいだ。
-2019-02-26 Python内でたプログラムをexecするとき（subprocess.Popenだったのが新しくsubprocess.runができてそちらを推奨しているようだ）
--[[subprocess — サブプロセス管理（Pythonマニュアル）:https://docs.python.jp/3/library/subprocess.html]]
--[[Pythonで外部プログラムを実行してコンソール出力を取得する:https://qiita.com/f0o0o/items/06dba8e331eb7897dcc7]] runの時は出力はreadが要らないらしい？
--[[subprocess.run(..., stdout=subprocess.PIPE)で日本語を含む場合のメモ(文字コード判定):https://qiita.com/int_main_void/items/c456d06312817f3bc78d]]
process = subprocess.run(['cal', '-A', '3'], stdout=subprocess.PIPE)
output = process.stdout.decode('utf-8')
# output = process.stdout.decode('cp932') # Windowsの場合
-2019-02-26 PythonのMac用配布プログラムの作成 Py2App
--[[【番外編コラム】Pythonプログラムの配布方法:https://news.mynavi.jp/article/python-28/]]~
バイナリ化を行うツールは、そのバイナリの対象OSごとにあり、Windowsの場合はpy2exeなどを使い、Macなどの場合はpy2appを使います。これ以外にもバイナリ化のツールにはいろいろありますので、自分の好きなものを使っていただければと思います。
--[[【Python】py2appでMacのネイティブアプリを作る（エラーあり？）:https://code-graffiti.com/create-native-mac-application-on-py2app-in-python/]]
--[[QuickIR を py2app で Macのアプリケーションにしてみた:https://y-naito.ddo.jp/index.php?id=1477186158]]
--[[PythonでスタンドアロンのMac OS Xアプリケーションを作成する:https://gist.github.com/uchcode/fb2187111581032ec6b1d71e7e2d754f]]
--[[Macintosh で Python を使う:https://docs.python.org/ja/3/using/mac.html]] (Python正規マニュアル)
--[[pythonCUIアプリケーションをmac用のappにする:https://qiita.com/musubi05/items/266703a1c9d57e14f897]] (2015)
--[[[Mac]自作アプリの配布用ディスクイメージの作り方:https://qiita.com/knoguchi/items/2e71d835ee4c238c9611]] (2017, dmgbuild)
-2019-02-26 Pythonの(Win用) EXEファイル作成
--[[超軽量、超高速な配布用Python「embeddable python」:https://qiita.com/mm_sys/items/1fd3a50a930dac3db299]] (2018-10)
--[[PythonスクリプトをWindows環境で動くexeファイルにしよう！:https://www.sejuku.net/blog/65881]] (2018-7)
--[[Pythonコードをexe化:https://kazusa-pg.com/python-make-exe/]] (2018-7)
--[[Pythonのファイルをexe化する方法【初心者向け】:https://techacademy.jp/magazine/18963]]
-2019-02-26 Pythonのモジュール配布
--[[Python モジュールの配布:https://docs.python.jp/3/distributing/index.html]]
--[[プロジェクトのパッケージングと配布:https://python-packaging-user-guide-ja.readthedocs.io/ja/latest/distributing.html]]
--[[Pythonのパッケージングのベストプラクティスについて考える2018:https://techblog.asahi-net.co.jp/entry/2018/06/15/162951]]
-2019-02-26 [[人工塩基を加えて通常の2倍である8種類の塩基で構成される「Hachimoji DNA(8文字DNA)」が作り出される:https://gigazine.net/news/20190225-hachimoji-dna/]] これによってどんなアミノ酸が作られるのかな？
-2019-02-25 [[マイクロソフトの「Kinect」がIoT機器として復活--ゲーム機向けから業務用へ進化:https://japan.cnet.com/article/35133211/]]
-2019-02-23 [[トランスクリプトーム解析の現況 ~マイクロアレイ vs. RNA-seq:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20131030_kadota.pdf]] (2013-10-30 門田先生)
-2019-02-21 MAS5をPythonで？
-2019-02-21 MAS5 (affimetrix)
--[[Robust estimators for expression analysis:https://watermark.silverchair.com/181585.pdf?token=AQECAHi208BE49Ooan9kkhW_Ercy7Dm3ZL_9Cf3qfKAc485ysgAAAmIwggJeBgkqhkiG9w0BBwagggJPMIICSwIBADCCAkQGCSqGSIb3DQEHATAeBglghkgBZQMEAS4wEQQMZd9X-RqistPe2OmNAgEQgIICFXDA-479kw445qbCyMjfh_YK4zGcOPTzJTEThmvJ72CWCU_J__JkU_UD2DY35LGdNBgKZP4DSM17x9q5Y5-erc1kr1z8UHq-qYyDdU5Bhy-WQtuj59Hrzj1U7iR-EOU_jeqTJDqo8tE7PDA0nco-qVnCxzm3nL3pEm633Kicgnp-lTu_tFEbY8e3UdEHLFvF77SFX0wiO6FAUfYR6sMprLD01rYnvqaCIfEXcMVNdG7Y_ITFq2NHoIXnUJGfYjgIgNzLiIDb8gJufwsxuHFWhCyCdFjm5wlwtgn9XfgXGVk9RyzLboN_lyisPjBLJJDxhsidO1VV43vXL1qtTqN5blPd2LjxwOUXJv5k4GtArhazZztGSk5QLgkiQ9XDoGBuXP7zLnnajYAodmITk1rOQG4fRHx9IEwi6LwfxKbvUu7UXMuwgb54vh0SzGX_sxv5U6HoZ3GKcnJAog7w1zUPyeVWZzu2MK6NcAecImmZkMTEGqGUGUPQb2cvklA_VN4Tjf4fUldOOrbugkZPyrZ2Tf6E_aZrUNSvltn94MoruwmvkKzES6nOf5PARrFslUg0t0rE-RMD7nI5zwzNrFX1A2gt8L-Xb_OjxI_fEPBtjHFR45q4dk5BaWZ5LcbVaDjncuXp48dQbWmPppmXNidQDXo-o8IqPi05zJ784fdEwi6GZKqF2H6QuitkmN8-PGLZFfjmrJZT]]
--[[Bioconductor中の"affy":https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/affy.html]]~
[[Description of affy:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/affy/inst/doc/affy.pdf]]
--[[Affymetrix Power Tools:https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/microarray-analysis/microarray-analysis-partners-programs/affymetrix-developers-network/affymetrix-power-tools.html]]~
Affymetrix Power Tools (APT) is a set of cross-platform command line programs that implement algorithms for analyzing and working with GeneChip™ arrays. APT programs are intended for "power users" who prefer programs that can be utilized in scripting environments and are sophisticated enough to handle the complexity of extra features and functionality. ~
Features include:~
. Multiple summarization methods like PLIER, RMA, MAS5, DABG, and IterPLIER~
. ...
--[[マイクロアレイの正規化手法とデータの解釈について:https://www.subioplatform.com/ja/products/subioplatform/mas5-vs-rma]]
-Gene Expression取得 and Array Expression (マイクロアレイは使わなくなってきたのかも？）
--[[NCBI Gene Expression Omnibus（GEO):https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/]]
--[[遺伝子発現データベースの使い方 at AJACS津軽:https://github.com/AJACS-training/AJACS56/tree/master/bono1]]
--[[Programmatic access to GEO:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo_paccess.html]]
-Array Express (EMBL-EBI)
--Array Express:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/]]
--[[FTP:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/]]
--[[ArrayExpress データの ftp ミラーサイト提供を開始:https://www.ddbj.nig.ac.jp/news/ja/wn161128.html]]
--[[pythonとRによる遺伝子発現量データの自動取得:https://qiita.com/joemphilips/items/4de464e63a5c0784b17d]]
--[[pyaffy 0.3.2:https://pypi.org/project/pyaffy/]] pyAffy is a Python/Cython implementation of the RMA algorithm for processing raw data from Affymetrix expression microarrays. For a detailed discussion of this implementation, see the pyAffy PeerJ preprint.
-2019-02-21 [[衛星データを無料で活用--“誰でも使える”宇宙データプラットフォーム「Tellus」開始:https://japan.cnet.com/article/35133163/]] 曰く~
このサービスは、経済産業省の「平成30年度政府衛星データのオープン&フリー化及びデータ利用環境整備事業」として同社が受託したもの。これまで高価だった衛星データをはじめ、巨大なストレージ、コンピューティングパワー、解析用ソフトウェアまですべてを、さくらインターネットがクラウド上で提供。利用料は無料で、法人・個人問わず利用可能だ。
-2019-02-20 [[学生の課題の採点をGitHubとTravis CIで自動化することで成績向上や採点にかかる時間短縮などの利点が得られる:https://gigazine.net/news/20190222-github-travis-ci-classroom/]] プログラム課題に対してテストケースを用意して、自動採点するのだそうな。「この考えが間違っている」というようなコメントまでしてくれるといいのだがな？？
-2019-02-20 [[BioPython Tutorial:http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html]]
-2019-02-20 Biopython [[Module QualityIO:http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqIO.QualityIO-module.html]]
-2019-02-20 [[ssbio: A Framework for Structural Systems Biology:https://ssbio.readthedocs.io/en/latest/]]
-2019-02-20 [[社長のトイレ掃除で、業績がよくなる理由:https://president.jp/articles/-/27717]]
-2019-02-20 備忘 門田先生 [[(Rで)塩基配列解析:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html]] と [[(Rで)マイクロアレイデータ解析:http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html]]
-2019-02-20 [[国会図書館の書誌データ、利用目的かかわらず誰でも無償で利用可能に 4月1日から:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1902/20/news138.html]]
-2019-02-19 [[「架空の人物の顔写真」を自動生成するサイトが登場 いそうでいない顔をポンポン生成:https://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1902/19/news078.html]] 著作権や肖像権のない顔画像として利用できるのかな？
-2019-02-19 [[京都市交通局アニメ「地下鉄に乗るっ」:https://www.youtube.com/watch?v=2OInuZFHeQo]]
-2019-02-19 [[Bioconda:https://bioconda.github.io/]]
-2019-02-19 [[バイオインフォマティクス勉強用サイトリンク集:http://sy41211.hatenablog.com/entry/2015/12/16/045039]]
-2019-02-19 [[(Bio)python course at CSC:https://www.csc.fi/documents/200270/272439/Biopython+course/2fb10e48-8cc8-472a-9a11-69ae8836d681]]
-2019-02-19 [[PyEnsembl:https://pypi.org/project/pyensembl/]]と[[PyVCF:https://pypi.org/project/PyVCF/]]
-2019-02-19 [[Bioconductor Essentials:https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2017/BioCAsia/A01-Bioc-Basics.html#25_emerging_area:_very_large_data]] ← Bioconductorのオフィシャルページの[[Courses & Conferences:https://www.bioconductor.org/help/course-materials/]]より
-2019-02-19 [[Bioconductor — Genomicデータ解析ツール群:https://heavywatal.github.io/rstats/bioconductor.html] この辺がPythonでどう足りるか？？
-2019-02-19 Python on Bioinfomatics関連の本？
--[[Bioinformatics with Python Cookbook: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge research in computational biology, 2nd Edition (英語) ペーパーバック – 2018/11/30 Tiago Antao (著):https://www.amazon.co.jp/Bioinformatics-Python-Cookbook-bioinformatics-computational/dp/1789344697/ref=sr_1_2?s=english-books&ie=UTF8&qid=1550537978&sr=1-2&keywords=Python+for+Bioinformatics]]
--[[Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology) (英語) ペーパーバック – 2017/7/31 Sebastian Bassi (著):https://www.amazon.co.jp/Bioinformatics-Chapman-Mathematical-Computational-Biology/dp/1138035262/ref=sr_1_5?s=english-books&ie=UTF8&qid=1550537978&sr=1-5&keywords=Python+for+Bioinformatics]]
--[[Hands-On Bioinformatics with Python: A practical guide to extract useful insights from a large collection of biological data (English Edition) Kindle版 Juan Caballero (著):https://www.amazon.co.jp/Hands-Bioinformatics-Python-collection-biological-ebook/dp/B07MVFLDMX/ref=sr_1_1?s=english-books&ie=UTF8&qid=1550537978&sr=1-1&keywords=Python+for+Bioinformatics]]
-2019-02-19 記事と元記事に曰く~
[[どうすれば教師は悪夢ともいえる大量の宿題をモチベーションを高く保ったまま学生に処理させられるのか:https://gigazine.net/news/20180817-students-want-do-assignment/]]~
[[Will Students Actually Want to Do This Assignment?:https://www.chronicle.com/article/will-students-actually-want-to/244247]]~
夏休みの課題を実行させるための動機づけとして、３つ挙げている。
--Value: how much the student values the learning goal we are trying to motivate them to pursue. 到達目標が学生にとってどれだけの価値があるか？ 学生が目標に価値を見出すほどモチベーションが高まる。
--Expectancies: Can the student expect to succeed in attaining the goal? 学生が到達目標を達成できると期待できるか？ これには２つの要素があって、(1)与えられたステップが学生を到達目標に導くものか？、(2)学生がステップを完了することができそれによって最終目標に到達することができるものか？ 学生がより目標へ到達できると思うほどモチベーションが高まる。
--Environment: How supportive is the classroom environment? 学習環境・コースの環境がサポーティブであるか？ 環境がサポーティブなほどモチベーションが高まる。~
~
また、学生に目標を設定してもらうため、「なぜ授業を受けるのか？」や「授業を受ければ将来何の役に立つと思うか？」などのさまざまな質問を投げかけるという。
-2019-02-19 アルバイトへのブラックの実態調査が引用されている [[「バイトテロ」への企業の法的措置と、ぬぐえない違和感:https://business.nikkei.com/atcl/seminar/19/00118/00010/?P=3&mds]]
-2019-02-18 [[Watsonと大人の工作の融合〜AIロボット"TJBot"を作って学んで遊ぼう！:http://blogs.itmedia.co.jp/digitalnakayama/2019/02/post_160_TJBot.html]]
-2019-02-18 [[世界最速のスパコンが深層学習の最速記録、気象予測を新たな次元へ:https://wired.jp/2019/02/18/fastest-supercomputer-record/]]
-2019-02-17 [[確定申告で通る｢経費｣と通らない経費の大差:https://toyokeizai.net/articles/-/254023]]
-2019-02-17 [[AI(人工知能)を用いた映像変換技術「Deepfake(ディープフェイク)」の文章版とも言うべきテキストジェネレーターを、イーロン・マスク氏らが出資する非営利のAI研究組織であるOpenAIが開発しました。しかし、あまりにも高精度のテキストを簡単に自動生成できるため、開発陣が「あまりにも危険過ぎる」と危惧しています。:https://gigazine.net/news/20190216-ai-fake-text-generator-dangerous-release/]]
-2019-02-16 pandasのplotを使うとき
--[[pandasのplotメソッドでグラフを作成しデータを可視化:https://note.nkmk.me/python-pandas-plot/]]
--[[Matplotlib でグラフの書き方メモ (折れ線グラフ・棒グラフ・ヒストグラム・散布図編):https://qiita.com/waterada/items/20f2d7aa49d0c1cbef3d]]
--[[Pandasのplotの全引数を解説:http://own-search-and-study.xyz/2016/08/03/pandas%E3%81%AEplot%E3%81%AE%E5%85%A8%E5%BC%95%E6%95%B0%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%84%E3%81%93%E3%81%AA%E3%81%99/]]
-2019-02-15
--[[シラバスの厳格化と「生活費はバイトで稼いで」と言う保護者の間で詰む学生が出る 藤代裕之:https://news.yahoo.co.jp/byline/fujisiro/20190215-00114839/]]~
いつも自分が思っていることと同じような主張だが、根拠データがあるのがいいかも。
--（その参照データの1つ）：[[第53回学生生活実態調査の概要報告（by 生協）:https://www.univcoop.or.jp/press/life/report.html]] うちと比較してみるか？
--（と、）：[[大学生の学習状況に関する調査結果の概要（by 国立教育政策研究所）:http://www.nier.go.jp/05_kenkyu_seika/pdf06/gakusei_chousa_gaiyou.pdf]]
-2019-02-15 [[マスク氏が支援するOpenAI、大規模な教師なし言語モデル「GPT-2」の情報を公開:https://japan.cnet.com/article/35132788/]]
-2019-02-15 [[な、懐かしい…。｢パワポマンメーカー｣なら、今はなきパワポのクリップアートを作成できるぞ:https://www.lifehacker.jp/2019/02/powerpoint-maker.html]]
-2019-02-13 [[カテゴリーを設定して、WordPressブログを整理整頓！:https://www.infact1.co.jp/staff_blog/webmarketing/3739/]]
-2019-02-13 [[markdownで書けるドキュメントツールのGitbookを試す:https://re-engines.com/2018/09/06/markdown%E3%81%A7%E6%9B%B8%E3%81%91%E3%82%8B%E3%83%89%E3%82%AD%E3%83%A5%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AEgitbook%E3%82%92%E8%A9%A6%E3%81%99/]]
-2019-02-11 BioConductor
--[[BioConductorサイト:https://www.bioconductor.org]]
--[[Bioconductor — Genomicデータ解析ツール群:https://heavywatal.github.io/rstats/bioconductor.html]]
--[[R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析入門(Togo TV):https://togotv.dbcls.jp/ajacs2015024.html]]
-2019-02-11 R Studio
--[[R と RStudioのインストール - Qiita:https://qiita.com/hujuu/items/ddd66ae8e6f3f989f2c0]]
--[[Windows で RStudio のインストール:https://www.kunihikokaneko.com/dblab/toolchain/rstudio.html]]
--[[RStudioの基本的な使い方・設定:http://plaza.umin.ac.jp/~takeshou/R/RStudio1st.html]]
-2019-02-11 RStudio Server
--[[RStudio Server: 始めよう:http://memorandum2015.sakura.ne.jp/docs/server/getting_started]]
--[[第529回 RStudio Serverをよりかんたんにインストールする:https://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0529]] (Dockerでインストール)
-2019-02-10 [[学校の授業時間再編を巡る騒動から得た、人工知能にまつわる重要な視点：伊藤穰一:https://wired.jp/2019/02/10/joi-ito-ai-and-bus-routes/]]
-2019-02-08 DMPとは
--[[DMP（データマネジメントプラットフォーム）の仕組みと特徴:https://dmlab.jp/adtech/dmp.html]] 記事に曰く~
DMP（Data Management Platform）とは、インターネット上の様々なサーバーに蓄積されるビッグデータや自社サイトのログデータなどを一元管理、分析し、最終的に広告配信などのアクションプランの最適化を実現するためのプラットフォームのことです。~
DMPは全く新しいシステムということではなく、DMPと同じような目的・機能を持つシステムにDWH（Data WareHouse）が昔からあります。これにオーディエンスデータという外部データが加わり、さらに分析したデータを広告配信などの施策に、より落としやすくなったシステムがDMPというイメージです。~
オープンDMP~
「オープンDMP」は、Webサイト訪問ユーザーのデモグラ情報や、興味関心・嗜好性等などの外部のオーディエンスデータとデータエクスチェンジさせることができるクラウド型のデータプラットフォーム（様々なWebサイトのオーディエンスデータを集約して整理するデータ格納庫のようなもの）のことです。~
プライベートDMP~
「プライベートDMP」は、オープンDMPの領域に加え、企業独自ののマーケティングデータ（購買情報、ユーザープロファイル、各種プロモーションの結果等）を集約し、これを外部のオーディエンス情報とシンクさせ構築するプラットフォームです。CRMデータに、従来では取得することが難しかった外部データを組み合わせたものだとすると、理解しやすいと思います。データ格納先が企業側にある点がポイントです。
--[[国内DMPの一覧と比較 〜DMPの実際の画面と使い方〜:https://dmlab.jp/adtech/new_tech/adtech151005_7.html]]
-2019-02-08 [[最新版!｢面倒見がよい大学ランキング｣TOP100:https://toyokeizai.net/articles/-/264747]]
-2019-02-08 [[無料で数式を自動計算したりグラフを図示したりしてくれる手書きノートのようなソフトウェア「SMath Studio」レビュー:https://gigazine.net/news/20190208-smath-studio/]]
-2019-02-08 [[“感情Ai”技術、気付きにくい13の活用法:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1902/08/news009.html]]
-2019-02-07 [[Identification of mutations in laboratory evolved microbes from next-generation sequencing data using breseq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4239701/]]
-2019-02-07 [[SNPデータ解析入門スライド（アメリエフ）:https://www.slideshare.net/Amelieff/snp-15645912]] 〜 SNPによる遺伝統計解析（p14）
-2019-02-07 [[（岩崎貴也氏（神奈川大）の）解析ソフトウェア:https://sites.google.com/site/takayaiwasakieuotaka/software]]
-2019-02-07 [[NGSのためのバイオインフォマティクス Bioinformatics for NGS:http://crusade1096.web.fc2.com/katei.html]]
--[[featureCounts: a ultrafast and accurate read summarization program:http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/]]
--[[iDEGES正規化:http://crusade1096.web.fc2.com/ideges.html]]
^
-2019-02-07 [[SNPhylo: a pipeline to generate a phylogenetic tree from huge SNP data:http://chibba.pgml.uga.edu/snphylo/]]~
[[Ensembl tool called Variant Effect Predictor:http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/index.html]]
-2019-02-07 VCF format とその解析
--[[VCF format� 淵▲瓮螢┘奸�:http://staffblog.amelieff.jp/entry/2012/05/23/091656]]
--[[VFC フォーマットファイルの特徴および Python でパースする方法:https://bi.biopapyrus.jp/gwas/vcf.html]]
--[[SNPデータからvcfを作って、手動でalt read のdepthなどを計算する方法:https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/cf30130fee9af38a5891]]
--[[次世代シークエンサーによるSNPの検出:http://k-kuro.hatenadiary.jp/entry/20140528/p2]]
--[[Variant calling using SAMtools:https://wikis.utexas.edu/display/bioiteam/Variant+calling+using+SAMtools]] [[TACC - High Performance Computing for NextGen Sequence Analysis:https://wikis.utexas.edu/display/bioiteam/TACC+-+High+Performance+Computing+for+NextGen+Sequence+Analysis]] (Univ Texas Austin)
--[[bioinformatics-workshops-and-training-2015.md:https://gist.github.com/stephenturner/746384284fe9902f824993ca0b9dc1fa]]
--[[Canadian Bioinformatics Workshops: Summer 2018:https://bioinformatics.ca/workshops/]]
---[[Informatics on High Throughput Sequencing Data:https://bioinformatics.ca/workshops/2018-informatics-on-high-throughput-sequencing-data/]]
---[[https://bioinformatics.ca/workshops/2018-informatics-on-high-throughput-sequencing-data/:https://bioinformatics.ca/workshops/2018-informatics-for-RNA-seq-analysis/]]
--[[Question: What are the best known workflow or tutorial for SNP calling?:http://bioinformaticsonline.com/answers/view/12790/what-are-the-best-known-workflow-or-tutorial-for-snp-calling?wish=stop]]
--[[A beginners guide to SNP calling from high-throughput DNA-sequencing data.:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22886560]]
--[[MiSeqデータのMHC領域へのマッピング（15）：RによるVCF fileの操作 (1): SNPごとの対立遺伝子頻度（allele frequency）および遺伝子型頻度（genotype frequency）の計算:http://hashiyuki.hatenablog.com/category/VCF%20format?page=1434961167]]
-2019-02-07 [[de novo transcriptomeのcontigクラスタリングツール Corset:http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/06/15/190300]]
-2019-02-06 [[事前届出なしでもオンラインで確定申告を行えるようになった「e-Tax」を実際に利用してみた:https://gigazine.net/news/20190205-e-tax/]]
-2019-02-05 [[Googleがスマホ上で音声をリアルタイムでテキストに起こすアプリを聴覚障害者向けに開発:https://gigazine.net/news/20190205-google-real-time-continuous-transcription/]]
-2019-02-05 [[プログラミング言語の人気ランキング、独自調査で解明:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/18/010800068/010800001/]]~
[[プログラミング言語別に年収を分析、ランキング1位は？:https://tech.nikkeibp.co.jp/it/atclact/active/18/010800068/010800003/]]
-2019-02-01 [[英語が自然と好きになる！ ネイティブも使う、子ども向け英語学習サイト3選:https://www.lifehacker.jp/2019/01/three-site-to-learn-english.html]]
-2019-01-31 [[議事録やインタビューにも。 録音と文字起こしを同時にしてくれるサイト｢Recording Studio｣:https://www.lifehacker.jp/2019/01/recording-studio.html]]
-2019-01-29 [[無料で商用利用可能な写真を自分で組み合わせて作ることができる「Photo Creator」は普通は見つからないような写真も自作可能:https://gigazine.net/news/20190128-photo-creator/]]
-2019-01-28 [[人工知能の「盲点」を人間からフィードバックを得て補うモデルを研究者が作成:https://gigazine.net/news/20190128-autonomous-system-blind-spot/]]
-2019-01-28 [[IPA、基本情報技術者試験にPythonを追加／COBOLを廃止:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1901/28/news038.html]]
-2019-01-28 [[Googleで検索ワードと一緒に使うと効率が劇的にアップする「検索演算子」とは？:https://gigazine.net/news/20190128-google-advanced-search-operator/]]
-2019-01-27 [[無料で商用利用可能な画像をサクッと検索できるネットサービス「Pixel Mob」:https://gigazine.net/news/20190127-pixelmob/]]
-2019-01-27 [[AIも人間も、ともに学んで進化する：「スタークラフト2」の歴史的な闘いを読み解く:https://wired.jp/2019/01/26/alphastar/]]~
[[人工知能が「スタークラフト2」で人間に勝利、その闘いから見えた機械学習の次なる課題:https://wired.jp/2019/01/26/deepmind-ai-beats-pros-starcraft2/]]
-2019-01-25 [[2018年でサポート終了のPHP バージョン5、企業に迫る深刻な脅威:http://techtarget.itmedia.co.jp/tt/news/1811/21/news07.html]]
-2019-01-19 [[自分だけのナレッジベースを作れるフリーソフト「Trilium Notes」を使い倒してみた:https://gigazine.net/news/20190118-trilium/]]
-2019-01-18 [[コンピュータ西暦2000年問題の概要:https://note.mu/rompal/n/n1a3d7e88232c]] 今年に起こる元号の変更に絡んで、前に起こった2000年問題が話題に出ていましたが、そこで参照されていた記述です。網羅的かつ整理された記述と思います。
-2019-01-18 [[Robocopyより高機能。ファイル同期ツールの決定版「FreeFileSync」:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1901/18/news029.html]] 記事に曰く~
「いまさらフォルダ同期など役に立つのか？」と思われるかもしれない。~
だが筆者は、OneDriveを「安全」に使うためにFreeFileSyncを利用している。具体的には、原稿などの仕事用のフォルダは、OneDriveの同期フォルダとは別の位置に保存してある。これをFreeFileSyncで1時間に1回、OneDrive上の同期用フォルダと同期させることで、OneDrive側に問題が起きても、ローカルの作業フォルダには、影響が出ないようにしている
-2019-01-18 [[問い合わせが「10分の1」に：チャットbotを導入して、「社内ヘルプデスクの電話対応」をやめてみた結果:http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/1901/17/news006.html]] 記事に曰く~
重複する問い合わせ、マニュアルを作っても読んでもらえない~
そんな中、「毎週水曜日以降は、ヘルプデスクの電話対応をやめる」という挑戦に踏み切って成果を挙げた企業がある。
-2019-01-17 [[「95％の消費者は買い物でロボットに話し掛けたいと思わず」――3カ国での調査:http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1901/17/news041.html]]
-2019-01-17 [[機械学習 × グラフデータベース × チャットで「組織内のカベ」を取り払え！【Developers Boost】:https://codezine.jp/article/detail/11309]] W2Vとかも使うらしい
-2019-01-16 [[pandas-datareaderで株価や人口のデータを取得:https://note.nkmk.me/python-pandas-datareader-stock-population/]]
-2019-01-13 「Pythonでマイクラ」を[[検索してみたら:https://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=Python%E3%81%A7%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%A9&lr=lang_ja]]
-2019-01-13 多重比較補正
--[[多重比較補正のはなし:https://tjo.hatenablog.com/entry/2018/06/12/093633]]
--[[多重検定:https://www.pediatricsurgery.site/entry/2016/11/01/071347]]
-2019-01-11 uniprot access (GO-id)
https://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes+AND+yliB+AND+organism:Escherichia%20coli&columns=go-id&format=tab
結果は
Gene ontology IDs
GO:0006974; GO:0030288; GO:0042938; GO:0043190; GO:1904680
-2019-01-10 [[「若い女性にバルプロ酸」処方していませんか:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/ndb-yoshimura/201812/559074.html]] と [[レセプト情報・特定健診情報等データベース（NDB）:https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000177182.html]]
-2019-01-09 [[高収入のプログラミング言語は 日経 xTECH独自調査:https://www.nikkei.com/article/DGXMZO38330150Z21C18A1000000/]]
-2019-01-08 MySQLでヒストグラム統計が作れるようになっているらしい。
--[[MySQLのヒストグラム統計 (MySQL Server Blogより):https://yakst.com/ja/posts/4873]]
なお、従来の方法ではこんなことをするとできるらしい。
--[[MySQLでざっくりとしたヒストグラムを書く:https://ainame.hateblo.jp/entry/2015/08/10/010048]]
-2019-01-05 [[CRISPRの“民主化”を目指した技術は、こうして中国の「遺伝子操作ベビー」に使われた:https://wired.jp/2019/01/05/biotech-firms-crispr-babies/]]
-2019-01-04 [[無料＆ワンクリックで簡単に堅牢性の高いrobocopyによるバックアップが可能な「WinRoboCopy」:https://gigazine.net/news/20190103-winrobocopy/]]
-2019-01-03
--[[GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化する:https://www.youtube.com/watch?v=mP_fEypmaHg]]
--[[DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 2012:https://www.youtube.com/watch?v=WIfe7Z_Mvxg]]
--[[DAVIDの使い方 実践編:https://www.youtube.com/watch?v=4f1t1ma9IRc]]
--[[Gene names to GO terms:http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=21829]]
--[[annFUN: Functions which map gene identifiers to GO terms:https://rdrr.io/bioc/topGO/man/annFUN.html]]
--[[Question: How to convert bulk UniProt Id to GO terms/Ids?:https://www.biostars.org/p/238865/]]
--[[GENE ONTOLOGY (GO) TOOLS:https://go.princeton.edu/]]
--[[Tool: Gene Set Clustering based on Functional annotation (GeneSCF):https://www.biostars.org/p/108669/]]
--[[biomart:http://www.biomart.org/notice.html]]
--[[R から BioMart を利用する方法 biomaRt:https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/annotation/r-biomart.html]]
--[[10. GO term enrichment analysis of DEGs}:http://girke.bioinformatics.ucr.edu/systemPipeR/mydoc_systemPipeRIBOseq_10.html]] ここでBioMartを使っている
--[[GSEAの本家？？（Broad Institute）:http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp]]
--[[遺伝子発言解析入門（中岡慎治）:http://coop-math.ism.ac.jp/files/216/%E8%B3%87%E6%96%99_nakaoka.pdf]]
--[[RNA-seq tutorial（中岡慎治）:https://www.slideshare.net/ShinjiNakaoka/rnaseq-tutorial]]
--[[Bioconductor DEGseqライブラリ（top page）:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DEGseq.html]]
--[[Bioconductor DEGseq ドキュメント:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DEGseq/inst/doc/DEGseq.pdf]]
--[[Bioconductor DESeqライブラリ (top page):http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq.html]]
--[[Bioconductor DESeq ドキュメント:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/DESeq/man/DESeq.pdf]]
--[[Bioconductor DESeq2ライブラリ (top page):https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html]]
--[[Bioconductor DESeq2 ドキュメント:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/DESeq2/man/DESeq2.pdf]]
--[[バイオインフォマティクスによる遺伝子発現解析:https://www.slideshare.net/sesejun/ss-24923282]]
--[[マイクロアレイデータ解析結果の正しい?!解釈について(門田先生):http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/20091120_kadota.pdf]]
--[[Go-subset (Go-slim):http://www.geneontology.org/page/go-subset-guide]]
-2019-01-03 [[製品紹介系動画に革命!? CGキャラに「現実のモノ」を持たせる驚きのアイデアが話題に:http://enoge.org/archives/post-40956.html]] なかなかよさげです。高田社長にするとよさそうな…
-2019-01-03 [[自律走行車は誰を犠牲にすればいいのか？ 「トロッコ問題」を巡る新しい課題:https://wired.jp/2019/01/02/moral-machine/]] 授業でトロッコ問題を取り上げるのが楽しみだったが、ここまで如実に社会規範を反映されると、ちょっと怖いものがある。民族間の対立の何割かは、この種の社会規範の相違によると信じているので……l
-2018-12-29 [[タイトルだけ考えたら漫画にしてくれるサービス「まんがか」爆誕 数万件の会話データと「いらすとや」の画像を駆使:http://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1812/29/news028.html]]
-2018-12-28 [[音声認識を使った｢文字起こしの自動化｣を3つの方法で試して比較！ 夢の｢寝て起きたらテキスト化｣は可能なのか？:https://www.lifehacker.jp/2018/04/mojiokoshi_voice_recognition.html]] 2018.04.18の記事
-2018-12-28 [[「若い女性にバルプロ酸」処方していませんか？ レセプト情報・特定健診情報等データベース（NDB）の活用について:https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/ndb-yoshimura/201812/559074.html]]
-2018-12-24 [[ダジャレの面白さをAIが判定し布団が吹っ飛ぶ装置「オフトゥンフライングシステム」が開発される:https://gigazine.net/news/20181224-ofutun-flying-system/]]
-2018-12-16 [[pandasノススメ -一行ずつ処理させないでください:https://qiita.com/shaka/items/5b536061a18f32b30cd4]] 「対処. groupbyを使う」が結構よさそう。
check_pd=[row for index, row in data.groupby("user_id")]
![[Toho University]](image/CLogo_Kihon_process.jpg "[Toho University]")
![[YYLAB]](image/yamanouc2.png "[YYLAB]")
