[[ノート/ノート]]~
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*breseqその2 2017-03-24 [#y6f8e363]

breseqのHPの[[チュートリアルセクションーClonal Samplesを参照しつつ:http://barricklab.org/twiki/pub/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing/documentation/tutorial_clones.html]]

**  Download data filesのRead filesのところ [#fd6335a5]
we’re going to use Illumina genome re-sequencing data from E. coli strains that evolved for up to 40,000 generations in population Ara-3 from the Lenski long-term evolution experiment [Blount2011]. 

元のTutorialでは、
 Accession	Clone	Description
 SRR098289	ZDB564	Cit+ clone isolated at generation 31,500
 SRR098042	ZDB172	Cit+ clone isolated at generation 32,000
 SRR098040	ZDB143	Cit+ clone isolated at generation 32,500
 SRR097977	CZB152	Cit+ clone isolated at generation 33,000
 SRR098026	CZB154	Cit+ clone isolated at generation 33,000
 SRR098034	ZDB83	Cit+ clone isolated at generation 34,000
を扱っている。これらを一通りチェックしてみたい。

**チュートリアルにある元のデータの解析 [#me824f8f]
ダウンロード
 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098289/SRR098289.fastq.gz
 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098042/SRR098042.fastq.gz
 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098040/SRR098040.fastq.gz
 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR097/SRR097977/SRR097977.fastq.gz
 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098026/SRR098026.fastq.gz
 wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098034/SRR098034.fastq.gz 

FastQCでチェックしてみる
 fastqc *.gz
処理結果として SRR098289_fastqc.htmlなどが得られる。更にbreseqで解析した結果が得られる。

|  FastQC 出力結果 | breseq 実行結果 |
|[[SRR098289_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098289_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098289_output/]]|
|[[SRR098042_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098042_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098042_output/]]|
|[[SRR098040_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098040_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098040_output/]]|
|[[SRR097977_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR097977_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR097977_output/]]|
|[[SRR098026_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098026_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098026_output/]]|
|[[SRR098034_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098034_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098034_output/]]|

FastQCでの評価を見ると、結構品質が不十分なデータがあることが分かる。




** UT-AustinのEvolution Experimentデータ [#vf07b04f]
[[ENA:http://www.ebi.ac.uk/ena]]で[[Ara-3を検索する:http://www.ebi.ac.uk/ena/data/search?query=Ara-3]]と、いくつかの情報が得られるが、さらに左側のRead/runをクリックすると、執筆時点で~
&ref(ENA-Ara-3.png,,360x240); ~
が得られた。

この中で、下記のようなデータ(UT-Austin)が見つかる。
 Study: PRJNA270637
 Escherichia coli Long-Term Evolution Experiment, Ara-3 Whole-Population Sequencing
 Name Escherichia coli REL606
 Submitting Centre The University of Texas at Austin
 Organism Escherichia coli REL606
 Strain REL606

Description~
This study used whole-population re-sequencing to track the appearance and dynamics of different adaptive mutations in population Ara–3 from the Lenski long-term evolution experiment with E. coli. The goal is to understand the genetic and ecological history that led to the evolution of a rare metabolic innovation (citrate utilization) in this population.

これに関するrunは
 SRR1721880    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 2,000 generation mixed population
 SRR1721881    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 5,000... 
 SRR1721882    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 10,000... 
 SRR1721883    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 15,000... 
 SRR1721884    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 20,000... 
 SRR1721885    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 25,000... 
 SRR1721886    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 30,000... 
 SRR1721888    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 31,500...  
 SRR1721889    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 32,000... 
 SRR1721890    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 32,500... 
 SRR1721956    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 33,000... 
 SRR1721957    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 33,500... 
 SRR1721958    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 34,000... 
 SRR1721959    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 36,000... 
 SRR1721960    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 38,000... 
 SRR1721961    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 45,000... 
 SRR1721963    Illumina Genome Analyzer sequencing; Ara-3 population 40,000... 
これらを分析することができる。

FastQCで品質をチェックした結果は以下の通り。
|[[SRR1721880_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721880_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721880_output/]]|
|[[SRR1721881_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721881_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721881_output/]]|
|[[SRR1721882_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721882_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721882_output/]]|
|[[SRR1721883_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721883_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721883_output/]]|
|[[SRR1721884_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721884_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721884_output/]]|
|[[SRR1721885_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721885_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721885_output/]]|
|[[SRR1721886_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721886_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721886_output/]]|
|[[SRR1721888_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721888_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721888_output/]]|
|[[SRR1721889_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721889_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721889_output/]]|
|[[SRR1721890_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721890_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721890_output/]]|
|[[SRR1721956_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721956_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721956_output/]]|
|[[SRR1721957_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721957_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721957_output/]]|
|[[SRR1721958_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721958_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721958_output/]]|
|[[SRR1721959_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721959_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721959_output/]]|
|[[SRR1721960_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721960_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721960_output/]]|
|[[SRR1721961_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721961_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721961_output/]]|
|[[SRR1721963_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721963_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR1721963_output/]]|

FastQCでの評価を見ると、結構品質がばらばらに見える。


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