[
トップ
] [
新規
|
一覧
|
単語検索
|
最終更新
|
ヘルプ
]
開始行:
[[ノート/ノート]]~
訪問者数 &counter(); 最終更新 &lastmod();
*Platanusまとめ 2017-03-31 [#n0df02d2]
**Platanusイントロ [#u8e972a2]
[[トップページ:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?p=1]]~
[[Platanus Assembler:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?page_id=180]] 書いてあることはほぼ同じ~
Platanus is a novel de novo sequence assembler that can reconstruct genomic sequences of
highly heterozygous diploids from massively parallel shotgun sequencing data.
[[tips & usage:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?page_id=2]]~
To get good statistical results, mate-pair library sequences are indispensable. We received many claims and questions of poor assembling results. However, in almost all cases, only paired-end sequences were inputted. Except in the case of assembling very simple and small size genomes, it is impossible to get good results without using a mate-pair library.
インストールは、ダウンロードページ http://platanus.bio.titech.ac.jp/platanus/?page_id=14 からソースでダウンロード、README.txtに従って、make して終わり。 バイナリを、見えるように/usr/local/bin/からシンボリックリンクを貼っておく。
**トライアル [#u7d1ea16]
[[PlatanusのTips & Usageのページ:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?page_id=2]]にも簡単なPlatanus Tutorialがある。
Tutorialにあるように、[[DRP002483:https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=DRP002483:https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=DRP002483]]から、Experiment DRX019819 のFASTQを開いて、
-[[DRR021673_1.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019819/DRR021673_1.fastq.bz2]],
-[[DRR021673_2.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019819/DRR021673_2.fastq.bz2]]
を得る。同様に、Experiment DRX019820 のFASTQを開いて、
-[[DRR021674_1.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019820/DRR021674_1.fastq.bz2]],
- [[DRR021674_2.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019820/DRR021674_2.fastq.bz2]]
を得る。
**トライアル２ [#t07e4a88]
ここではJSTバイオサイエンスデータベースセンターの[[H28年度 NGSハンズオン講習会カリキュラム（門田先生方）:https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h28-2]]での
[[第２回目「第１部統計解析」の「ゲノム解析・塩基配列解析」:https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20160720_1_kadota.pdf]]の
スライド27〜31にある手順で試してみる。
ただし、DDBJパイプラインサービスを使わず、自前でダウンロードして行う。
DDBJのDRA Searchから
[[DDR024501:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=DRR024501]]
を探してダウンロード。
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_1.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_2.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_2.fastq.bz2
Step 1) Assembly
platanus assemble -t 15 -m 120 -o out -f DRR024501_1.fastq DRR024501_2.fastq
&ref(DRR024501_Assemblylog.txt,,Assemblyのログ);
Step 2) Scaffold
platanus scaffold -o out -c out_contig.fa -b out_contigBubble.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8
&ref(DRR024501_Scaffoldlog.txt,,Scaffoldのログ);
Step 3) Gap_Close
platanus gap_close -o out -c out_scaffold.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8
&ref(DRR024501_GapCloselog.txt,,Gap_Closeのログ);
終了行:
[[ノート/ノート]]~
訪問者数 &counter(); 最終更新 &lastmod();
*Platanusまとめ 2017-03-31 [#n0df02d2]
**Platanusイントロ [#u8e972a2]
[[トップページ:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?p=1]]~
[[Platanus Assembler:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?page_id=180]] 書いてあることはほぼ同じ~
Platanus is a novel de novo sequence assembler that can reconstruct genomic sequences of
highly heterozygous diploids from massively parallel shotgun sequencing data.
[[tips & usage:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?page_id=2]]~
To get good statistical results, mate-pair library sequences are indispensable. We received many claims and questions of poor assembling results. However, in almost all cases, only paired-end sequences were inputted. Except in the case of assembling very simple and small size genomes, it is impossible to get good results without using a mate-pair library.
インストールは、ダウンロードページ http://platanus.bio.titech.ac.jp/platanus/?page_id=14 からソースでダウンロード、README.txtに従って、make して終わり。 バイナリを、見えるように/usr/local/bin/からシンボリックリンクを貼っておく。
**トライアル [#u7d1ea16]
[[PlatanusのTips & Usageのページ:http://platanus.bio.titech.ac.jp/?page_id=2]]にも簡単なPlatanus Tutorialがある。
Tutorialにあるように、[[DRP002483:https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=DRP002483:https://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/study?acc=DRP002483]]から、Experiment DRX019819 のFASTQを開いて、
-[[DRR021673_1.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019819/DRR021673_1.fastq.bz2]],
-[[DRR021673_2.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019819/DRR021673_2.fastq.bz2]]
を得る。同様に、Experiment DRX019820 のFASTQを開いて、
-[[DRR021674_1.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019820/DRR021674_1.fastq.bz2]],
- [[DRR021674_2.fastq.bz2:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002407/DRX019820/DRR021674_2.fastq.bz2]]
を得る。
**トライアル２ [#t07e4a88]
ここではJSTバイオサイエンスデータベースセンターの[[H28年度 NGSハンズオン講習会カリキュラム（門田先生方）:https://biosciencedbc.jp/human/human-resources/workshop/h28-2]]での
[[第２回目「第１部統計解析」の「ゲノム解析・塩基配列解析」:https://biosciencedbc.jp/gadget/human/20160720_1_kadota.pdf]]の
スライド27〜31にある手順で試してみる。
ただし、DDBJパイプラインサービスを使わず、自前でダウンロードして行う。
DDBJのDRA Searchから
[[DDR024501:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/run?acc=DRR024501]]
を探してダウンロード。
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_1.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_1.fastq.bz2
wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX022186/DRR024501_2.fastq.bz2
bunzip2 DRR024501_2.fastq.bz2
Step 1) Assembly
platanus assemble -t 15 -m 120 -o out -f DRR024501_1.fastq DRR024501_2.fastq
&ref(DRR024501_Assemblylog.txt,,Assemblyのログ);
Step 2) Scaffold
platanus scaffold -o out -c out_contig.fa -b out_contigBubble.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8
&ref(DRR024501_Scaffoldlog.txt,,Scaffoldのログ);
Step 3) Gap_Close
platanus gap_close -o out -c out_scaffold.fa -IP1 ./DRR024501_1.fastq ./DRR024501_2.fastq -t 8
&ref(DRR024501_GapCloselog.txt,,Gap_Closeのログ);
ページ名:
![[Toho University]](image/CLogo_Kihon_process.jpg "[Toho University]")
![[YYLAB]](image/yamanouc2.png "[YYLAB]")
