ノート/解析支援_2017-01-15

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最新の5件

ノート/ノート
1137　　　2017-01-29 (日) 16:42:51

ノート/解析支援_2017-01-15 †

お勉強記事 †

• 次世代シークエンサーにより得られたデータの解析
• 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 5 回 アセンブル、マッピング、そしてQC
• 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 6 回 ゲノムアセンブリ
• (Rで)塩基配列解析 (last modified 2017/01/11, since 2010)
• RNA-Seq配列のde novoアセンブリを中心に - DDBJ - 国立遺伝学研究所
• 次世代シークエンサを使ったバイオインフォマティクスツール概要
• NGSのためのバイオインフォマティクス
• Platanus Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads.

• Tips for NGS Data Analysis（二階堂）

• 次世代シークエンサ実習II（アメリエフ）

FastQCでの品質解析 †

参考

• ０から始めるNGSデータ解析メモ
• FastQCによるシーケンス実験の品質チェック
• FastQC

本家は

• Babraham Bioinforamatics --- Publicly Available Projects
• 同上：ダウンロードページ 要領は、
• Java JRE が必要
• ダウンロードしてunzipして終わり
• 実行時は、インタラクティブモードvsバッチモード、どちらも可

Trimmomaticによるアダプタートリミング †

• 解説　Trimmomatic

Platanusによるアセンブリ †

• Platanus Assembler

Bowtie2によるマッピング †

• Bowtie 2のインストール
• Bowtie2を使って、参照塩基配列と一致した配列を抽出、一致しなかった配列を抽出する
• Bowtie2でRNA-seqデータをトランスクリプトームへマッピングする

GATK (Genome Analysis Toolkit) †

• 大元（ダウンロードリンクも含む）
  the toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping
• GATKのインストールについて
• :0から始めるエクソームデータ解析　v1.0
• GATK
• 関係あるかどうかわからないけれど VCF format

HaploTypeCaller †

変異・多型検出？　GATKの一部らしい

• HaplotypeCaller - GATK | GATK | Tool Documentation Index
  The HaplotypeCaller is capable of calling SNPs and indels simultaneously via local de-novo assembly of haplotypes in an active region. In other words, whenever the program encounters a region showing signs of variation, it discards the existing mapping information and completely reassembles the reads in that region.
• Replication Recipe for HaplotypeCaller Tool Runtimes　？？
• ReSeq解析

nspEff †

snpEffとは、SNVやIndelなどの変異にアノテーション付けをしてくれるソフトの事です。

• SnpEffを使ってアノテーションをつける
• snpEffデータベースの作成方法
• snpEffインストールログ

Integrative Genomics Viewer †

• Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す　〜基本編〜
• Integrative Genomics Viewer(IGV)を使ってみた
  Integrative Genomics Viewer(IGV)とは、Standalone（自分のパソコン上）で動かせるゲノムビューワの代表格です。illuminaが提供しているGenome Studioに近いものと考えてくれればいいです。
• IGV (Integrative Genomic Viewer)を使ってみる
• 次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析に欠く事ができない基盤技術である、k-mer counting法のまとめ
  k-merとは、NGSが出力したリードの塩基配列を決まった文字数切り出したもの http://en.wikipedia.org/wiki/K-mer
  　ゲノム・トランスクリプトームアセンブル時のエラー補正
  　ゲノムサイズの推定
  　マルチプルアライメント（MUSCLE）
  　実験のQuality Control
  R　NAの定量化（Sailfish、RNA-Skim）
  ...等々、様々な箇所で利用されている。
  
  データ内にどのk-merがどの程度あるのか数える事をk-mer countingという。k-mer countingを行うソフトウェアは以下のようなものがある。
• イントロ | 一般 | k-mer解析 | k=1(塩基ごとの出現頻度解析) | Biostrings
• 講義資料 - アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 農学生命情報科学特論I-第３回（門田先生）

TIGER2 †

• [TIGER:http://nagasakilab.csml.org/ja/tigar]]　長崎先生本家、ダウンロード先あり
  RNA-Seqデータから変分ベイズ法により転写産物アイソフォームの定量を行うソフトウェアです。
  ギャップ付きアライメントを扱うことができます。
• TIGAR2: sensitive and accurate estimation of transcript isoform expression with longer RNA-Seq reads　元論文

TCC †

• 門田　幸二のホームページ
• RNA-seq発現変動解析用RパッケージTCC　　TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies
• (Rで)マイクロアレイデータ解析

GSA GO・Path解析 †

• 機能ゲノム学第４回　講義資料（門田先生）

• GO解析とパスウェイ解析の違い　パスウェイ解析とは？　GO解析とは
• GSEA,GSA(R,CytoScape)

EQTL (expression quantitative trait loci, expression quantitative trait locus) 発現定量的形質遺伝子座 †

• eQTL解析

TWAS †

• TWAS: transcriptome-wide association study through expression imputation　本家？ダウンロードあり。
• Nature Genetics 48, 245–252 (1 March 2016) | doi:10.1038/ng.3506 Integrative approaches for large-scale transcriptome-wide association studies
  Preprint

---

G/C含量 †

• GC量を計算するプログラム
• Nucleic and Amino Acid content (Osaka Univ)

コドン使用頻度 †

• 分子生物学研究用ツール集
• G-language Project - Documentations

01-17 追加メモ †

• DDBJ 遺伝子リスト〜たぶん不要　cereus遺伝子検索
• 細菌芽胞の耐熱性について
• Wikipedia バシラス属　ここから個別種へリンクあり
• Wikipedia セレウス菌（B. cereus）

• NCBI BioProject で Bacillus cereus ATCC 10987 検索
• NCBI 同上 Bacillus cereus ATCC 10987の先（genome sequencing）
• NCBI 同上 See Genomeの先
• NCBI 同上 Referenced genomes のRefSeq NC_004722.1 の先
• NCBI 同上 Representative (genome information for reference and representative genomes) の先

• スタート　ここの Genome Assembly and Annotation report からそれぞれのOrganism/Nameをクリックし、Environmentの項にOptimum Temperature記述があれば拾う。

---

Bachillus cereusの場合 †

全308件をチェック、そのうち18件にOptimal Temperature記述あり。ほとんど役立たず？

• Bacillus cereus ATCC 14579　OptimumTemperature:25-35,
• Bacillus cereus ATCC 10987　OptimumTemperature:25-35
• Bacillus cereus E33L　OptimumTemperature:25-35
• Bacillus cereus B4264OptimumTemperature:37
• Bacillus cereus G9842　OptimumTemperature:25-35
• Bacillus cereus F837/76　OptimumTemperature:25-35
• Bacillus cereus DSM 2302　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus strain MB.1　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.15　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.18　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.16　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.17　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.21　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.8　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB 8/1　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.20　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus MB.22　OptimumTemperature:30 C
• Bacillus cereus DSM 626　OptimumTemperature:30 C

Bacillusの場合 †

全210件をチェック、そのうち8件にOptimum Temperature記述あり。

• Bacillus sp. SB49　OptimumTemperature:37C
• Bacillus sp. IHB B 7164　OptimumTemperature:28 C
• Bacillus sp. SB47　OptimumTemperature:37C
• Bacillus sp. NSP9.1　OptimumTemperature:35C
• Bacillus sp. NSP2.1　OptimumTemperature:37C
• Bacillus sp. NSP22.2　OptimumTemperature:35C
• Bacillus sp. SJS　OptimumTemperature:30C
• Bacillus sp. F56　OptimumTemperature:30

Bacillus licheniformisの場合 †

全42件をチェック、そのうち２件にOptimum Temperature記述あり。

• Bacillus licheniformis CG-B52　OptimumTemperature:30C
• Bacillus licheniformis strain:3F-3　OptimumTemperature:50C

Bacillus subtilisの場合 †

全135件をチェック、そのうち19件にOptimum Temperature記述あり。

• Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168　 OptimumTemperature:25-35
• Bacillus subtilis QB928　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BAB-1　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis HJ5　 OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis subsp. subtilis str. JH642　OptimumTemperature:25-35
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis B7-s　OptimumTemperature:30C
• Bacillus subtilis GXA-28　OptimumTemperature:45C
• Bacillus subtilis subsp. subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　 OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C,
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37C
• Bacillus subtilis　OptimumTemperature:37
• Bacillus subtilis T30　OptimumTemperature:30
• Bacillus subtilis strain:D7XPN1　OptimumTemperature:45C

Escherichia coliの場合 †

Genome Referenceのページ　から　Escherichia coli　
全部で5400件のうち、先頭の200件だけチェック。そのうち20件にOptimum Temperature記述あり。ほとんど37C。

• Escherichia coli O157:H7 str. Sakai OptimumTemperature:37
• Escherichia coli str. K-12 substr. 　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C　OptimumTemperature:35
• Escherichia coli str. K-12 substr. W3110　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli SE11　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli O139:H28 str. E24377A　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli HS　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli SMS-3-5　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli O157:H7 str. EC4115　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli DH1　OptimumTemperature:35-37
• Escherichia coli BL21(DE3)　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69　 OptimumTemperature:37
• Escherichia coli O26:H11 str. 11368　OptimumTemperature:37
• Escherichia coli JJ1886　OptimumTemperature:37C
• Escherichia coli O145:H28 str. RM13514　OptimumTemperature:37C
• Escherichia coli O145:H28 str. RM13516　ptimumTemperature:37C
• Escherichia coli O145:H28 str. RM12761　OptimumTemperature:37C
• Escherichia coli O145:H28 str. RM12581　OptimumTemperature:37C
• Escherichia coli KLY　OptimumTemperature:37C

何ができる？ †

• 2012年度 機能ゲノム学 全ゲノム比較解析
• 全ゲノム情報比較に基づくマイコプラズマの系統進化
• ゲノムから見た清酒酵母の系統分化と育種への新たな視点
• 分類系統学の基礎
• 微生物ゲノム配列解析
• From Genomes to Phenotypes: Traitar, the Microbial Trait Analyzer
• 修士論文：微生物ゲノムにおける塩基組成偏倚の体系化
• 微生物学：微生物ダークマターの系統発生とコード化能力に関する手がかり

16S rRNA系統解析

• ウィキペディア　16S rRNA系統解析
  　　リボソームの小サブユニットのRNA塩基配列を基にした微生物の進化系統を明らかにする方法
• ウィキペディア　リボソームRNA
  　　原核生物では23Sと5Sがリボソーム大サブユニット（50Sサブユニット）に含まれる。また小サブユニット（30Sサブユニット）には16SrRNAが含まれる。
• 腸内細菌学会　16S rRNA・16S rDNA
• ウィキペディア　メタジェノミクス
• BioStars -- Question: How To Identify The 16S Rrna Gene Sequence In A Genome
  　　Use RNAmmer　　-->　　サーバー：　[[RNAmmer 1.2 Server:http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/]]
  　　　　インストールするなら、まずHMMER(janelia.orgからhmmer.orgへ移行)をインストールした上でRNAmmerをインストール
• PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment
  • PyNAST Documentation v1.0らしきgithub

• What is QIIME?

• DDBJ 検索・解析　--> MiGAP
  　　　　MiGAPは、微生物ゲノム解析において定評あるデータベースと定評あるアルゴリズムを組み合わせたアノテーション実行パイプラインです。