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ノート/岸本4/手順メモhttps://pepper.is.sci.toho-u.ac.jp:443/pepper/index.php?%A5%CE%A1%BC%A5%C8%2F%B4%DF%CB%DC4%2F%BC%EA%BD%E7%A5%E1%A5%E2 |
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科研の分、ゲノムresequenceデータ
/KishimotoRNA/下
XXX_fastqc.html
昔のメモでは
breseq -j16 -o Output -r ../AP012030.gb 1_2-1_R1.fastq 1_2-1_R2.fastq >& breseq.out
正確に言うと、最初のメモではreferenceにFASTAと書いているが、その後のメモでGBとしている。GBを受け付けるし、結果出力にアノテーションが入るので、この方がいい。
#!/usr/bin/bash for lot in 01_43B_S1 02_45a_plus_S2 \ 03_45a_minus_S3 04_45b_plus_S4 05_45b_minus_S5 \ 06_45c_plus_S6 07_45c_minus_S7 \ 08_45A_plus_S8 09_45A_minus_S9 10_45L_S10 #for lot in 01_43B_S1 do file1="../Kishimoto_${lot}_R1_001.fastq.gz" file2="../Kishimoto_${lot}_R2_001.fastq.gz" log="${lot}.out.log" #echo "breseq -j16 -o $lot -r AP012030.gb $file1 $file2 >& $log" breseq -j16 -o $lot -r AP012030.fasta $file1 $file2 >& $log & done
breseqのCコードではpthreadで並列設定をしているが、実際に並列化されているコードは ほとんど見当たらなかった。Samtoolsを使う部分でnum_procを渡しているので、Samtoolsの 中は並列実行すると思われる。