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岸本　DNA-Reseq(Breseq) 追加データ　手順をメモっておく 2019-10-26 †

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受け取ったデータをコピー †

~/src/KishimotoRNA4/下

gzip strain1_1.fastq.gz
gzip strain1_2.fastq.gz
gzip strain2_2.fastq.gz
gzip strain2_1.fastq.gz

ungzipの後、md5チェック

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fastqcによる品質チェック †

~/src/KishimotoRNA4/下

#!/usr/bin/bash
for f in *.fastq
do
  fastqc --nogroup -o qc $f &
done
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トリミング †

Trimmomaticでトリミングを行う。「ここ」と同じ処理で、Pair EndでPEを指定する。入力ファイルは２つ（forwardとbackward）で、出力ファイルは４つ（pairedとunpaired × forwardとbackword）。またリード長が150なのでMINLENは120にセット。入力はgzipしてから食わすことにする。

java -jar -Xmx256g /usr/local/Trimmomatic/trimmomatic-0.38.jar PE\
 -threads 16 -phred33 -trimlog strain1.trimlog\
 strain1_1.fastq.gz strain1_2.fastq.gz\
 strain1_1.paired.fastq.gz strain1_2.paired.fastq.gz\
 strain1_1.unpaired.fastq.gz strain1_2.unpaired.fastq.gz\
 ILLUMINACLIP:/usr/local/Trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10\
 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:120
java -jar -Xmx256g /usr/local/Trimmomatic/trimmomatic-0.38.jar PE\
 -threads 16 -phred33 -trimlog strain2.trimlog\
 strain2_1.fastq.gz strain2_2.fastq.gz\
 strain2_1.paired.fastq.gz strain2_2.paired.fastq.gz\
 strain2_1.unpaired.fastq.gz strain2_2.unpaired.fastq.gz\
 ILLUMINACLIP:/usr/local/Trimmomatic/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10\
 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:120


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Breseq処理 †

breseq -j 32 -o strain1 -r ./AP012030.gb strain1_1.fastq.gz strain1_2.fastq.gz >& strain1.out &
breseq -j 32 -o strain2 -r ./AP012030.gb strain2_1.fastq.gz strain2_2.fastq.gz >& strain2.out &

　　出力

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Breseq出力の処理　　2019-12-20追記 †

Breseq出力のGDファイルを入力として、��Excel化する、��codon数等を追記する

BioPython-Dodify-Fasta/ProcessGD(-old-for-Kishimoto4).ipynb

出力は　sample.xlsx (DGのexcel化した出力）　と　sample_GD_trimmed.xlsx (それぞれのCDSのシーケンスをSNP置き換え処理してcodonに変換して計数した結果）

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Last-modified: 2019-12-22 (日) 09:37:51 (1193d)