ノート/ACS2

サイトトップ

ノート
データ処理
├マイニング
├バスケット解析
├バスケット解析をＲで
├図書貸出をＲで
├モデルクラスタリング
└
テキストマイニング
├テキストマイニングTM
├TMとシソーラス
├PubMedをTM
├TMとMeSH
├TMとNLTK
├テキストマイニングとtagger
├医薬品添付文書ＤＢ
├論文の処理1
├剽窃１
├Bing検索
└
分子進化学
├分子進化学
└
Pythonと論文アクセス
├Pythonを使ってみる
├PythonでPubMed
├Pythonで...続き
└
Macメモ
├Script

&ref(): File not found: "favicon_story.txt" at page "ノート/ノート";

自信ないので
├Winのバッチ
│├スクリプト入門
│├バッチファイル
│├SETコマンド
│├自分のメモ
│└
└

メニュー編集

ACS導入の経緯　２ †

↑

導入ガイドメモ　&ref(): File not found: "" at page "ノート/ACS2"; †

↑

面倒なので、ACSご指定の環境を別途構築　⇒　salt.yy †

間借りだとソフト環境がご指定のものにならない。特にPHP4 vs PHP5の問題は、さしあたって付き合いたくない。
もう１台マシンを調達。どうせテスト用だから非力でも良い。ということで、１台確保。念のためHDD（ころがっていた30GB）をローレベルフォーマットしてからスタート。
Linuxとして手元マシンと同様Fedora導入。これが間違いかも？？　Fedora-8。Live-CDを作り、そこからインストール。
ネットワーク設定でトラブル。NetworkManagerとかいうわけの分からないものが入っていて、「インターフェースの変更などを自動認識する」と称するのだが、勝手にネットワークの設定を変えてしまう。具合が悪いので（サーバーには向かないよね）、/etc/rc.d/rc2.d, rc3.d, rc4.dからNetworkManagerの起動を外す（S90NetworkManagerからK90NetworkManagerに名前変更）。今度は全くネットワークがスタートしないので、もともとからある"network"スクリプトを実行するように、K90networkをS10networkに変更。これは他のLinuxマシンでS90ではなくてS10の順位になっているため。
一応これで起動可能。

↑

環境作り salt編 †

saltはFedora8-live。パッケージからインストール。パッケージ情報は http://koji.fedoraproject.org/koji/packageinfo?packageID=280　あたりにあり。検索で探せる。
OpenSSLは、Fedora-8上のパッケージを利用。/usr/bin/openssl version　⇒　 OpenSSL 0.9.8b 04 May 2006。ということでよさそう。
ヘッダファイルなどが見当たらない。で　yum install openssl-devel
これのdependencyとして、yum install krb5-devel、yum install zlib-devel。
mod_sslが必要。コンパイル時にリンクしてしまうのではなく、モジュールとして実行時にロードする（ようにFedoraでは設定されている）
yum install mod_ssl
あと必要なのが、OpenSSLでサーバー証明書を作成しておくこと。これらの証明書ファイルの作り方は、http://httpd.apache.org/docs/2.2/ssl/ssl_faq.html　のCertificateの項を参照。今のところ手抜きで、Self-signed certificateを使うことにする。

ApacheにSSL virtual host 導入
- http://httpd.apache.org/docs/2.2/vhosts/
- http://wiki.apache.org/httpd/ExampleVhosts
- httpd.confファイルに２つの変更。１つはvirtual host機能を使ってnon-SSLとSSLの２つのサーバー（named host）を立てること。もう１つはSSL用の構成を作ること。
- virtual host機能は
```
### Virtual Host Configuration.  Two V-H are configured
NameVirtualHost *:80
NameVirtualHost *:443

# Virtual Host #1  Non-SSL host
<VirtualHost *:80>
  ServerName pepper.is.sci.toho-u.ac.jp
  DocumentRoot "/usr/local/apache2/htdocs"
</VirtualHost>

<VirtualHost *:443>
  ServerName pepper.is.sci.toho-u.ac.jp
  DocumentRoot "/usr/local/apache2/htdocs-ssl"
  SSLEngine On
</VirtualHost>
```
- SSL用の構成は、全体に
```
   SSLCertificateFile    /path/path/path/server.crt
   SSLCertificateKeyFile /path/path/path/server.key
```
- SSLがうまく動くかどうかのアクセスチェック方法として、 http://httpd.apache.org/docs/2.2/ssl/ssl_faq.htmlのConfigurationの項の「How do I speak HTTPS manually for testing purposes?」が使える。具体的には port80にtelnetする代わりに
```
$ openssl s_client -connect localhost:443 -state -debug
GET / HTTP/1.0
```
  でマニュアルアクセスできる。telnetの時と同様に、GET / HTTP/1.0のあとで２回Enterキーを押すこと。
Fedoraのapacheのconfファイルは、追加分を別ファイルとしてconf.d/ssl.confやconf.d/php.confのように作ることになっている。でも全体構造がわかり難いのでこのやり方はやめて（includeを止めて）すべてhttpd.confに書き込む。

PHP5 (ACSはPHP-4を仮定しているが、１２月いっぱいでPHP-4の提供が終わるので、PHP-5を入れてしかしZend-1を使うようにphp.iniを設定して、PHP-4をシミュレートしよう。）
yum install php　にてphp-5.2.4-3をインストール。
phpinfo();を試してＯＫ

PHPからldapサーバをアクセスするために、php-ldapモジュールが必要。上記のパッケージだと、--with-ldap=sharedでコンパイルされているため、shared moduleが必要になる。 yum install php-ldapを実行してインストール。ＯＫ。
テストのため、次のページを作って試す。http://www.php.net/manual/ja/ref.ldap.php

<?php
// LDAP の基本シーケンスは、接続、バインド、検索、検索結果の解釈、
// 接続のクローズです。

echo "<h3>LDAP query test</h3>";
echo "Connecting ...";
$ds=ldap_connect("localhost");  // 有効な LDAP サーバーに違いない!
echo "connect result is " . $ds . "<br />";

if ($ds) { 
    echo "Binding ..."; 
    $r=ldap_bind($ds);     // これは "匿名" バインドで、通常は
                           // 読みこみのみのアクセスとなります。
    echo "Bind result is " . $r . "<br />";

    echo "Searching for (sn=S*) ...";
    // 名前(surname)エントリを検索
    $sr=ldap_search($ds, "o=My Company, c=US", "sn=S*");  
    echo "Search result is " . $sr . "<br />";

    echo "Number of entires returned is " . ldap_count_entries($ds, $sr) . "<br />";

    echo "Getting entries ...<p>";
    $info = ldap_get_entries($ds, $sr);
    echo "Data for " . $info["count"] . " items returned:<p>";

    for ($i=0; $i<$info["count"]; $i++) {
        echo "dn is: " . $info[$i]["dn"] . "<br />";
        echo "first cn entry is: " . $info[$i]["cn"][0] . "<br />";
        echo "first email entry is: " . $info[$i]["mail"][0] . "<br /><hr />";
    }

    echo "Closing connection";
    ldap_close($ds);

} else {
    echo "<h4>Unable to connect to LDAP server</h4>";
}
?>

（localhostはリモートで試す。）

PostgreSQL（server）もパッケージで導入。yum install postgresql-serverで、postgresql8.2.5-1.fc8とpootgresql-server8.2.5-1を導入。yumで、Fedoraサイトに存在するパッケージを探すには

yum list | grep postgres

などとやるとよい。yumの使い方サマリーはhttp://www.searchman.info/tips/1800.html
Postgresqlをテストするにはhttp://www.postgresql.org/docs/8.2/static/install-short.html

adduser postgres　　これはyumでパッケージインストールすれば自動的に作られる
mkdir /usr/local/pgsql/data　　今は/var/db/pgsqlを作った
chown postgres /usr/local/pgsql/data
su - postgres
/usr/local/pgsql/bin/initdb -D /usr/local/pgsql/data
/usr/local/pgsql/bin/postgres -D /usr/local/pgsql/data >logfile 2>&1 &
/usr/local/pgsql/bin/createdb test
/usr/local/pgsql/bin/psql test

ImageMatickの導入。これもyumで済まそう。yum list | grep ImageMagickとするといろいろ出てくるが、ImageMagick.i386とImageMagick-devel.i386だけにしておこう。 yum install ImageMagick-develとすると、dependencyとしてImageMagick本体も入る。そのほかたくさんdependencyがある。

なんと、PHPでPEARによるライブラリ導入が必要。PEARとはPHPの（外部）ライブラリを簡単に導入できる仕組（というか、開発を標準化してみんなが便利なライブラリを作り、流通させられるようにする仕組かな）。ACSのインストールリストにあがっているものを PEARで導入する必要がある。たとえばDB, Mail, ...
まず、pear本体をyum install php-pearで1.6.2-2.fc8をインストール。
- PEARでライブラリをインストール。コマンドラインから
```
pear install --alldeps <library>
```
  無事完了

であるが、ここまでしか行かない。
PHP-4にして、完全にやり直し。

最新の5件

ACS導入の経緯 ２ †

導入ガイドメモ &ref(): File not found: "" at page "ノート/ACS2"; †

面倒なので、ACSご指定の環境を別途構築 ⇒ salt.yy †

環境作り salt編 †

ACS導入の経緯　２ †

導入ガイドメモ　&ref(): File not found: "" at page "ノート/ACS2"; †

面倒なので、ACSご指定の環境を別途構築　⇒　salt.yy †