山内の授業のページ/08秋/講究２

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山内の授業のページ
アクセス数　2444　　このページの最終更新　2008-12-16 (火) 09:26:42

12/19（金）は計算機演習を行うので、３号館１階計算機室に集合してください

2008年秋学期　情報科学講究II　バイオインフォマティクス入門 †

金曜日　２限

授業の目的 †

このクラスでは、情報科学の眼から見たバイオインフォマティクス（生命科学への情報科学・情報処理の応用）を概観し、およそどのような分野であるか、またどのような情報科学・技術が求められてきたのか、を理解する。その最終目的は、情報技術者としての応用分野との関わり方を、生命科学を例題分野として、掴み取ることである。

前提知識 †

• 生命科学についての予備知識は、高校の生物や啓蒙書レベルの程度を求める。
• 情報科学・情報処理についての予備知識は、情報科学科３年生としてのレベルを求める。アルゴリズムとはどのようなものかを理解していること、アルゴリズムをプログラム化できること、コンピュータおよびネットを操作できることなど。

授業の進め方・評価・教科書などについて †

教科書：特に指定しない
参考書：「バイオインフォマティクス基礎講義」A.M.Lesk、岡崎康司他訳、ＭＥＤＳｉ 4-89592-343-6
「バイオインフォマティクス入門」J.C.Setubal他、五条堀孝他訳、共立出版 4-320-05580-2
その他、授業中に必要に応じて紹介する。

評価
中間レポート（３回、各20点、計60点）、期末レポート（40点）の合計点を評価とする。

オフィス・アワー
山内：月曜日３・５限、火曜日４・５限（4541教室）（実験・会議のない週に限る、予定表を参照のこと）
吉田：月曜日16：20〜17：00、水曜日14：40〜17：00、金曜日14：40〜17：00（4641教室）

授業スケジュール †

シラバスから若干の変更があるので注意。

回	日	テーマ	内容	資料
1	9/19	バイオインフォマティクス	（分子）生物学の概観、情報処理とのかかわり	bif08_1.pdf bif07_ref.pdf
2	9/26	ゲノムとデータベース	ゲノム解析へのコンピュータやネットの貢献	bif08_2.pdf
3	10/03	配列（１）	（吉田先生）相同性の分析
4	10/10	配列（２）	（吉田先生）ダイナミックプログラミング
5	10/17	生物分類と配列	距離とクラスタ分析	bif08_5.pdf　highschool08.pdf
6	10/24	計算機演習１	配列解析・CLUSTAL-W演習	bif08_6_enshuu.doc 　　bif08_6_enshuu.pdf 　　hemoglobin_fasta.txt　myoglobin_fasta.txt　lysozyme_fasta.txt　　ノート/分子進化学
7	10/31	タンパク質の構造と機能	構造の分類、機能との関連、構造決定/推定技術概論	&ref(): File not found: "bif07_7.pdf" at page "山内の授業のページ/08秋/講究２"; &ref(): File not found: "bif07_7.ppt" at page "山内の授業のページ/08秋/講究２";
8	11/14	タンパク質の構造と機能	構造推定技術、動力学的分子モデル、ヒューリスティックな分析	&ref(): File not found: "bif07_8.pdf" at page "山内の授業のページ/08秋/講究２";&ref(): File not found: "bif07_8.ppt" at page "山内の授業のページ/08秋/講究２";
9	11/21	構造分析演習　創薬と情報科学		&ref(): File not found: "bif07_9_enshuu2.pdf" at page "山内の授業のページ/08秋/講究２";
10	11/28	創薬と情報科学　遺伝子多型(SNP)とテーラーメード医療
11	12/05	遺伝子多型(SNP)とテーラーメード医療　パスウェイ情報と生物シミュレーション
12	12/12	パスウェイ情報と生物シミュレーション　文献情報とテキストマイニング
13	12/19	文献情報とテキストマイニング　計算機演習２	タンパクの構造	bif08_13_enshuu2.doc 　　bif08_13_enshuu2.pdf
14	01/09	演習（未定）