バイオインフォマティクス基礎論
アクセス数 865  このページの最終更新 2009-09-24 (木) 10:19:38

2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論第2回 配列アラインメント(1)

予習問題

  1. 教科書の2.1.1を読んで、アラインメントとはどういうことか・何をすることか整理せよ
  2. 教科書p21の例1で、左のAL1と真ん中のAL2の位置合せの違いは何か
  3. 教科書p21の例1で、それぞれのスコアの値を自分で計算してみよ
  4. 教科書p21の例1で、スコア関数の重みwの物理的な意味を考えよ
  5. 教科書の2.1.2を読んで、編集距離を理解し、それぞれの編集コストを1として数えるとき、同じ問題を「スコア関数」で考えると重みwはどう定義すれば良いか
  6. 教科書p23の再帰式 (2.1) のそれぞれの行の意味を説明せよ
  7. この再帰式 (2.1) に従って、p23図2.2の例にある最適アラインメント(A-CGT, ATCCT)のスコアを計算せよ。
  8. この再帰式 (2.1) に従って、別のアラインメント(A-C-GT, ATCC-T)のスコアを計算せよ。まず再帰式どおりに計算せよ。次に、前問で計算した途中結果がどれだけ使えるか、検討せよ。
  9. 図2.2のグラフ図を描くことによって、前問の「途中結果の利用」がうまくできることを説明せよ。
  10. 教科書p27〜28の「トレースバック」とは何か、説明せよ。
  11. 教科書p28の定理1が成り立つわけを説明せよ
  12. 教科書2.1.4のアフィンギャップスコアとは何か、説明せよ

終了後のプログラム課題 (第1分野レポート)

  1. 教科書p23の1行目から書かれている「再帰式」(式2.1)を、その通りに計算する「再帰呼び出し」によるプログラムを書き、教科書同ページの図2.2にある例「ACGTとATCCTのアラインメント」を試みよ。
    但し、スコア関数wは図2.2の脚注にあるように、w(x,x)=1, x≠yのときw(x,y)=-1, d=1とせよ。
    提出期限は第3回目授業(10/09予定)とする。
  2. 教科書p23の図2.2にあるような、「格子状グラフ」による計算法を実現するプログラムを書き、図にある例「ACGTとATCCTのアラインメント」を試みよ。教科書p26-27のプログラムを参考にしてよいが、途中段階での「格子状グラフ」の様子を出力するようにして、プログラムの中での細かい動きを説明すること。最後にトレースバックを実行してみよ。
    (注意: 教科書p26-27のプログラム例はAlgolに近い言語を用いており、Javaとは異なるので注意。またトレースバックでは配列を逆転する関数を使っているので、自分で作る必要があるかもしれない。)
    提出期限は第5回目授業(10/23予定)とする。

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Last-modified: 2009-09-24 (木) 10:19:38 (4051d)