バイオインフォマティクス基礎論
アクセス数 890  このページの最終更新 2009-09-04 (金) 11:59:49

2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論第3回 配列アラインメント(2)

予習問題

  1. 教科書の2.2を読んで、ローカルアラインメントとはどういうことか・何をすることか説明せよ
  2. 教科書p33の(ローカルアラインメントの)再帰式と、p23の再帰式 (2.1) を比較して、何が違うのか、その違いが意味するものは何か、を検討せよ
  3. 図2.7のローカルアラインメントでの例(ATGC, AT-C)について、p23の再帰式 (2.1) でスコアを計算してみよ
  4. 教科書2.3の線形領域アラインメントの内容をまとめよ
  5. 教科書2.4.1で、アミノ酸の配列とは何か、今まで見てきた遺伝子配列と何が違うか、どういう関係か、説明せよ
  6. アミノ酸aがアミノ酸bに置換されるとは、どういうことか
  7. スコア行列の導出とは何か、説明せよ
  8. PAM(Percent Accepted Mutation)行列について、他の文献を見て、どういう(生物学的)理屈で導出されたかを理解せよ たとえばhttp://arep.med.harvard.edu/seqanal/submatrix.html、 http://trans.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~mano/bio/part1/part1.html
  9. 同様のことを、BLOSSUM行列についても行え。

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