バイオインフォマティクス基礎論
アクセス数 1041  このページの最終更新 2009-09-18 (金) 15:25:07

2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論第4回 配列アラインメント(3)

ホモロジー検索、マルチプルアラインメント

予習問題

  1. 教科書の2.5を読んで、ホモロジー検索とはどういうことか・何をすることか説明せよ。特に、配列のアラインメントと何が違うのかを説明せよ。
  2. 教科書p40のFASTAの動作原理に加えて、必要であればこのFASTAアルゴリズムの説明を読んで、前回に見たペアワイズのアラインメントとどう違うのか、説明せよ。
  3. 教科書p41のBLASTの動作原理に加えて、必要であればこのBLASTアルゴリズムの説明を読んで、前回に見たペアワイズのアラインメントとどう違うのか、FASTAアルゴリズムとどう違うのか、説明せよ。
  4. PSI-BLASTの説明に加えて、必要であればこの説明(A.M.Lesk著 バイオインフォマティクス基礎講義 pp.201-203)filePSI-BLAST.pdfを読んで、動作原理を説明せよ。
  5. 教科書2.6、2.6.1のマルチプルアラインメントが、ペアワイズアラインメントやデータベースからのアラインメントに比べて、何が違うのか説明せよ。
  6. 教科書2.6.3のツリーベース法についてp48-49の説明を読んで、およそのイメージを説明せよ。p48のリストにある近隣結合法や進化系統樹構成法は未出であるので、イメージでよい。

添付ファイル: filePSI-BLAST.pdf 574件 [詳細]

トップ   編集 凍結 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2009-09-18 (金) 15:25:07 (4057d)