バイオインフォマティクス基礎論
アクセス数 1059  このページの最終更新 2009-10-13 (火) 09:47:19

2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論第5回 配列解析(1)

モチーフ・HMM・カーネル法

予習問題

  1. 教科書p55の例2を確かめてみよ。PROSITEパターン
    A - x(1,3) - [CG].
    が、配列AAC, AAAC, AAAAC, ATTTGとマッチすること、他方AAT, CAAC, AAAAT, ATTTAとはマッチしないことを説明せよ。
  2. 教科書p56の図3.1にある重み行列を用いて、図3.1の配列ACTGAACATAG中の3塩基のパターン全てについてスコアを計算し、図にあるCTGとCAT以外にスコア閾値9.0を越えるものがないか、確認せよ。
  3. 教科書p64の図3.4にある隠れマルコフモデル(HMM)の遷移図を使って、 π=q0→q1→q2→q2→q1→q1→q0 の状態遷移パスが起こる場合の確率と、この状態遷移パスによって配列 S=TCGAG が生成される確率を求め、パスπが生成されかつその上で配列Sが生成される同時確率を求めよ。
  4. 教科書3.2.1.1のViterbiアルゴリズム(参考: http://unicorn.ike.tottori-u.ac.jp/murakami/doctor/node14.html)とは何をするものか説明せよ。
  5. 教科書3.2.2の前向きアルゴリズムと後ろ向きアルゴリズムがなにをするものか説明せよ。
  6. 教科書3.2.3のEMアルゴリズムと、3.2.4のBaum-Welchアルゴリズム(参考: http://unicorn.ike.tottori-u.ac.jp/murakami/doctor/node13.html、   http://www.fukudat.com/wiki/ja/%E8%AC%9B%E7%BE%A9/Baum-Welch_Algorithm)が何をするものか説明せよ。
  7. 教科書定義6の(ハードマージン)SVMとはどういうものか、説明せよ。(参考: http://n-opac.toho-u.ac.jp/opac/books-query?mode=2&code=01045047&key=B125539463009931
  8. 教科書定義10のカーネルとはどういうものか、説明せよ。(参考: http://n-opac.toho-u.ac.jp/opac/books-query?mode=2&code=01058826&key=B125539470810129
  9. 教科書定義12のスペクトラムカーネルとはどういうものか、説明せよ。

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