Pythonバイオ/ツール/RNAseq～GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換

サイトトップ

Pythonバイオ/ツール
├配列の切出し・加工
├RNAseq①リードデータ取得とクオリティチェック・トリミング
├RNAseq②リードの参照配列へのマッピング
├RNAseq③発現解析～カウントデータの解析
├RNAseq④発現解析（続き）
├RNAseq～GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換
├RNAseq～VCFとBCF
├RNAseq～AP012030
└Variant-Calling

メニュー編集

GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換 †

遺伝研のフレームワークでは、参照シーケンスをfastaファイル+gffファイルで取り込んでいる。

GeneBankファイル形式から（配列部分を）Fastaに、（アノテーション部分を）GFF形式に変換することを考える。

参考資料

GFF（General Feature Format）
SeqIO | データベースからダウンロードしたファイルを処理する BioPython モジュール
BiopythonでGenbankファイル操作：CDSをすべてFASTAに書き出す - Qiita
Biopython：Genbank file parsing cheat sheet - Qiita

Parsing GFF Files · Biopythonの中に、Writing GFF3というセクションがあって、その中に

#Converting other formats to GFF3
from BCBio import GFF
from Bio import SeqIO

in_file = "your_file.gb"
out_file = "your_file.gff"
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file, "w")

GFF.write(SeqIO.parse(in_handle, "genbank"), out_handle)

in_handle.close()
out_handle.close()

Pythonバイオ/ツール/RNAseq～GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換

最新の5件

GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換 †