Pythonバイオ/ツール/RNAseq-edgeR・DESeq2 - 東邦大学理学部情報科学科　山内のサイト

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Pythonバイオ/ツール
├配列の切出し・加工
├RNAseq①リードデータ取得とクオリティチェック・トリミング
├RNAseq②リードの参照配列へのマッピング
├RNAseq③発現解析～カウントデータの解析
├RNAseq④発現解析（続き）
├RNAseq～GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換
├RNAseq～VCFとBCF
├RNAseq～AP012030
└Variant-Calling

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IRメモ/IRメモ

Pythonバイオ?　Pythonバイオ/ツール?
2796　　　2019-06-19 (水) 16:50:19

どちらもRの中。

DESeq2 †

二群間比較（DESeq2） | 一般化線形モデルによる発現変動遺伝子の検出

RLE 正規化 | DESeq/DESeq2 に実装されている RNA-Seq カウントデータの正規化法

edgeR †

二群間比較（edgeR） | RNA-Seq による比較トランスクリプトーム解析

edgeR - MACでインフォマティクス

edgeR: リードカウントから発現変動遺伝子を検出 - Heavy Watal

Last-modified: 2019-06-19 (水) 16:50:19 (1379d)