Pythonバイオ/ツール/SnapGene

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├配列の切出し・加工
├RNAseq①リードデータ取得とクオリティチェック・トリミング
├RNAseq②リードの参照配列へのマッピング
├RNAseq③発現解析～カウントデータの解析
├RNAseq④発現解析（続き）
├RNAseq～GeneBankファイルからfasta+gffファイルへ変換
├RNAseq～VCFとBCF
├RNAseq～AP012030
└Variant-Calling

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SnapGeneで、GenBank形式ファイルのuser-defined featureを表示できるか †

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SnapGeneでフィーチャーを追加 †

SnapGeneでフィーチャーを追加できる。追加したフィーチャーはGenBank形式にダンプすると以下のように入っている。

FEATURES Location/Qualifiers

    source          1..4621430
                    /organism="Escherichia coli DH1"
                    /strain="DH1"
                    /mol_type="genomic DNA"
                    /note="The strain DH1 (stock number: ME8569) was obtained 
                    from the National Institute of Genetics in Japan."
                    /db_xref="taxon:536056"
    misc_feature    10..19
                    /label=XYZABCPQR
                    /note="Whatever"
    gene            190..255
                    /gene="thrL"
                    /gene_synonym="b0001; ECK0001; JW4367"
                    /locus_tag="ECDH1ME8569_0001"
                    /label=thrL
    CDS             190..255
                    /codon_start=1
                    /transl_table=11
                    /gene="thrL"
                    /gene_synonym="b0001; ECK0001; JW4367"
                    /locus_tag="ECDH1ME8569_0001"
                    /product="thr operon leader peptide"
                    /label=thrL
                    /protein_id="BAJ41857.1"
                    /translation="MKRISTTITTTITITTGNGAG"

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