[[ノート/テキストマイニング]]~
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以前(08/12/20付)[[医薬品添付文書DB:http://www.info.pmda.go.jp/psearch/html/menu_tenpu_base.html]] というリンクをメニューに貼った。

今般、もう少し考えてみることにした。

***狙い目 [#ucf174e1]
薬剤師や医師などの医療関係者が、医薬品を使う(処方する)ときに、
医薬品情報を「より容易に」チェックできるようにしよう。

「より容易に」の定義は難しい。今後ユーザ(現場のスタッフ)側からの意見を吸い上げたい。~
現段階では、技術側からの改良可能な点を考えてみる。

***データの材料 [#i0b7f52d]
まず、以前のリンクで見たような「独立行政法人 医薬品医療機器総合機構(Pharmaceuticals and Medical Devices Agency)」のデータベースがある。
>およそ、各製薬企業が提供した(電子化された)添付文書の内容を集めたもの。~
Web画面表示のほか、(1つ1つの医薬品ごとではあるが)SGML(DTD)形式のファイルをダウンロードすることができる。
 <?EBT: ENCODING shift-jis>
 <!DOCTYPE PACKINS SYSTEM "package_insert.dtd"
 [
 ]>
 
 <packins lang="ja" version="2.1"><variablelabel onswitch="on">添付文書</variablelabel>
 <packageinsertno><variablelabel onswitch="on">添付文書番号</variablelabel>2790803Q1020_2_01</packageinsertno>
 <companyidentifier><variablelabel onswitch="on">製薬会社識別コード</variablelabel>201315</companyidentifier>
 
 
 <dateofpreparationorrevision><variablelabel onswitch="on">作成又は改訂年月</variablelabel>
 <serialno onoff="off"><variablelabel>順序番号</variablelabel>1</serialno>
 <markofrevision><variablelabel>改訂記号</variablelabel>*</markofrevision>
 <yearmonth><variablelabel>作成改訂年月</variablelabel>2006年11月改訂</yearmonth>
 <version><variablelabel>版数</variablelabel> (第2版、薬事法改正に伴う改訂)</version>
 <serialno onoff="off"><variablelabel>順序番号</variablelabel>2</serialno>
 <markofrevision><variablelabel>改訂記号</variablelabel></markofrevision>
 <yearmonth><variablelabel>作成改訂年月</variablelabel>1999年1月作成</yearmonth>
 </dateofpreparationorrevision>
 <sccj><variablelabel onswitch="on">日本標準商品分類番号</variablelabel>
 <serialno onoff="off"><variablelabel>順序番号</variablelabel>1</serialno>
 <sccjno><variablelabel>日本標準商品分類番号</variablelabel>87279</sccjno>
 </sccj>
 <sccjetc><variablelabel onswitch="on">日本標準商品分類番号等</variablelabel>
 <yrmoofreevaluation><variablelabel onswitch="on">再評価結果公表年月(最新)</variablelabel>1982年8月</yrmoofreevaluation>
 </sccjetc>
 <therapeuticclassification><variablelabel onswitch="on">薬効分類名</variablelabel>
 <serialno onoff="off"><variablelabel>順序番号</variablelabel>1</serialno>
 <detail><variablelabel>薬効分類名称</variablelabel>歯科口腔用剤</detail>
 </therapeuticclassification>
 <approvaletc><variablelabel onswitch="on">承認等</variablelabel>
 <serialno onoff="off"><variablelabel>順序番号</variablelabel>1</serialno>
 <detailbrandname><variablelabel>販売名毎の明細</variablelabel>
 <approvalbrandname><variablelabel onswitch="on">販売名</variablelabel><chr><bold>カントップ用8%塩化亜鉛溶液</bold></chr></approvalbrandname>
 <brandcode><variablelabel onswitch="on">販売名コード</variablelabel>
 <serialno onoff="off"><variablelabel>順序番号</variablelabel>1</serialno>
 <yjcode><variablelabel>YJ(医情研)コード</variablelabel>2790803Q1020</yjcode>
 </brandcode>
 (途中まで)

>これのためのDTDファイルもダウンロード可能である。

>その情報を元に、Web画面に表示されるほか、一般に頒布される本になったりCD-ROMになったりしている。手元に借りてきた、(財)日本医薬情報センター(JAPIC)の「医療用医薬品集」では、上記情報がHTML化された内容をCD-ROMに収容して、提供している。

***検索機構の材料 [#z941dfc5]

次に、これの検索を考える。医薬品医療機器総合機構のWeb検索ページでは、いろいろな検索項目を設けており、基本的にAND検索をする。具体的には、
-一般名・販売名
-薬効分類(選択肢)
-項目内検索1〜3 (AND/OR/NOTでの検索)
-以下の項目のあるものを検索(警告・禁忌・相互作用・慎重投与)

我々が手持ちの検索の可能性は、(単純な一致以外には)構造的な一致だろう。文構造(係り受け関係)を限定して検索することが可能だろうが、それがどれだけの効果があるかは、今後の実践にかかってくる。

係り受け関係の解析には、フリーのソフトとして、奈良先端のCaboChaと京都のKNPが有名である。Pythonからのインタフェースを予め提供してくれているCaboChaで解析した例を示す。

原文1:
 窩洞に溶液を作用させると,亜鉛は通電しない場合,窩洞表面にわずかに浸透している程度であるが,
 通電すると亜鉛の象牙質内への浸透は著明となり,象牙細管に沿って歯髄に達するまで深部に移行する。
 また,象牙質に導入された亜鉛はカルシウムと置換して,そこに不溶性の亜鉛化合物として沈着し,象牙細管を填塞する

分析結果:
           窩洞に---D
             溶液を-D
       作用させると,---D
                 亜鉛は-D
               通電しない-D
                     場合,-----D
                   窩洞表面に---D
                       わずかに-D
                     浸透している-D
                     程度であるが,-D
                           通電すると-----------------------D
                                 亜鉛の-D                   |
                             象牙質内への-D                 |
                                     浸透は-----D           |
                                           著-D |           |
                                           明と-D           |
                                           なり,-------D   |
                                         象牙細管に-D   |   |
                                               沿って---D   |
                                                 歯髄に-D   |
                                               達するまで---D
                                                     深部に-D
                                                   移行する。-------------------------D
                                                         また,-----------------------D
                                                         象牙質に-D                   |
                                                         導入された-D                 |
                                                               亜鉛は-----------------D
                                                           カルシウムと-D             |
                                                               置換して,-------D     |
                                                                     そこに-----D     |
                                                                     不溶性の-D |     |
                                                               亜鉛化合物として-D     |
                                                                         沈着し,---D |
                                                                         象牙細管を-D |
                                                                                   填-D
                                                                                 塞する
 EOS
 
 
 * 0 2D 0/1 1.426286
 窩洞    名詞,一般,*,*,*,*,*     O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 1 2D 0/1 1.388611
 溶液    名詞,一般,*,*,*,*,溶液,ヨウエキ,ヨーエキ        O
 を      助詞,格助詞,一般,*,*,*,を,ヲ,ヲ O
 * 2 4D 1/3 0.052055
 作用    名詞,サ変接続,*,*,*,*,作用,サヨウ,サヨー        O
 さ      動詞,自立,*,*,サ変・スル,未然レル接続,する,サ,サ        O
 せる    動詞,接尾,*,*,一段,基本形,せる,セル,セル        O
 と      助詞,接続助詞,*,*,*,*,と,ト,ト  O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 3 4D 0/1 0.831576
 亜鉛    名詞,一般,*,*,*,*,亜鉛,アエン,アエン    O
 は      助詞,係助詞,*,*,*,*,は,ハ,ワ    O
 * 4 5D 1/2 1.018153
 通電    名詞,サ変接続,*,*,*,*,通電,ツウデン,ツーデン    O
 し      動詞,自立,*,*,サ変・スル,未然形,する,シ,シ      O
 ない    助動詞,*,*,*,特殊・ナイ,基本形,ない,ナイ,ナイ   O
 * 5 8D 0/0 1.048844
 場合    名詞,副詞可能,*,*,*,*,場合,バアイ,バアイ        O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 6 8D 1/2 1.361422
 窩洞    名詞,一般,*,*,*,*,*     O
 表面    名詞,一般,*,*,*,*,表面,ヒョウメン,ヒョーメン    O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 7 8D 0/1 2.190626
 わずか  副詞,助詞類接続,*,*,*,*,わずか,ワズカ,ワズカ    O
 に      助詞,副詞化,*,*,*,*,に,ニ,ニ    O
 * 8 9D 1/3 2.363379
 浸透    名詞,サ変接続,*,*,*,*,浸透,シントウ,シントー    O
 し      動詞,自立,*,*,サ変・スル,連用形,する,シ,シ      O
 て      助詞,接続助詞,*,*,*,*,て,テ,テ  O
 いる    動詞,非自立,*,*,一段,基本形,いる,イル,イル      O
 * 9 10D 0/3 0.163756
 程度    名詞,一般,*,*,*,*,程度,テイド,テイド    O
 で      助動詞,*,*,*,特殊・ダ,連用形,だ,デ,デ   O
 ある    助動詞,*,*,*,五段・ラ行アル,基本形,ある,アル,アル       O
 が      助詞,接続助詞,*,*,*,*,が,ガ,ガ  O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 10 22D 1/2 1.072063
 通電    名詞,サ変接続,*,*,*,*,通電,ツウデン,ツーデン    O
 する    動詞,自立,*,*,サ変・スル,基本形,する,スル,スル  O
 と      助詞,接続助詞,*,*,*,*,と,ト,ト  O
 * 11 12D 0/1 0.868923
 亜鉛    名詞,一般,*,*,*,*,亜鉛,アエン,アエン    O
 の      助詞,連体化,*,*,*,*,の,ノ,ノ    O
 * 12 13D 2/4 1.700219
 象牙    名詞,一般,*,*,*,*,象牙,ゾウゲ,ゾーゲ    O
 質      名詞,一般,*,*,*,*,質,シツ,シツ  O
 内      名詞,接尾,一般,*,*,*,内,ナイ,ナイ       O
 へ      助詞,格助詞,一般,*,*,*,へ,ヘ,エ O
 の      助詞,連体化,*,*,*,*,の,ノ,ノ    O
 * 13 16D 0/1 0.184359
 浸透    名詞,サ変接続,*,*,*,*,浸透,シントウ,シントー    O
 は      助詞,係助詞,*,*,*,*,は,ハ,ワ    O
 * 14 15D 0/0 0.313452
 著      形容詞,自立,*,*,形容詞・アウオ段,ガル接続,著い,シル,シル        O
 * 15 16D 0/1 1.867631
 明      名詞,固有名詞,人名,名,*,*,明,アキラ,アキラ      O
 と      助詞,格助詞,一般,*,*,*,と,ト,ト O
 * 16 20D 0/0 0.321806
 なり    動詞,自立,*,*,五段・ラ行,連用形,なる,ナリ,ナリ  O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 17 18D 1/2 1.198726
 象牙    名詞,一般,*,*,*,*,象牙,ゾウゲ,ゾーゲ    O
 細管    名詞,一般,*,*,*,*,細管,サイカン,サイカン        O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 18 20D 0/1 0.388663
 沿っ    動詞,自立,*,*,五段・ワ行促音便,連用タ接続,沿う,ソッ,ソッ        O
 て      助詞,接続助詞,*,*,*,*,て,テ,テ  O
 * 19 20D 0/1 1.648252
 歯髄    名詞,一般,*,*,*,*,歯髄,シズイ,シズイ    O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 20 22D 0/1 3.696688
 達する  動詞,自立,*,*,サ変・−スル,基本形,達する,タッスル,タッスル      O
 まで    助詞,副助詞,*,*,*,*,まで,マデ,マデ      O
 * 21 22D 0/1 3.320836
 深部    名詞,一般,*,*,*,*,深部,シンブ,シンブ    O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 22 35D 1/1 0.000000
 移行    名詞,サ変接続,*,*,*,*,移行,イコウ,イコー        O
 する    動詞,自立,*,*,サ変・スル,基本形,する,スル,スル  O
 。      記号,句点,*,*,*,*,。,。,。      O
 * 23 35D 0/0 0.000000
 また    接続詞,*,*,*,*,*,また,マタ,マタ O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 24 25D 1/2 1.680220
 象牙    名詞,一般,*,*,*,*,象牙,ゾウゲ,ゾーゲ    O
 質      名詞,接尾,一般,*,*,*,質,シツ,シツ       O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 25 26D 1/3 1.598255
 導入    名詞,サ変接続,*,*,*,*,導入,ドウニュウ,ドーニュー        O
 さ      動詞,自立,*,*,サ変・スル,未然レル接続,する,サ,サ        O
 れ      動詞,接尾,*,*,一段,連用形,れる,レ,レ    O
 た      助動詞,*,*,*,特殊・タ,基本形,た,タ,タ   O
 * 26 35D 0/1 0.000000
 亜鉛    名詞,一般,*,*,*,*,亜鉛,アエン,アエン    O
 は      助詞,係助詞,*,*,*,*,は,ハ,ワ    O
 * 27 28D 0/1 2.519112
 カルシウム      名詞,一般,*,*,*,*,カルシウム,カルシウム,カルシウム      O
 と      助詞,格助詞,一般,*,*,*,と,ト,ト O
 * 28 32D 1/2 0.460756
 置換    名詞,サ変接続,*,*,*,*,置換,チカン,チカン        O
 し      動詞,自立,*,*,サ変・スル,連用形,する,シ,シ      O
 て      助詞,接続助詞,*,*,*,*,て,テ,テ  O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 29 32D 0/1 1.011573
 そこ    名詞,代名詞,一般,*,*,*,そこ,ソコ,ソコ   O
 に      助詞,格助詞,一般,*,*,*,に,ニ,ニ O
 * 30 31D 0/1 1.154547
 不溶性  名詞,一般,*,*,*,*,不溶性,フヨウセイ,フヨーセイ  O
 の      助詞,連体化,*,*,*,*,の,ノ,ノ    O
 * 31 32D 2/3 1.023025
 亜鉛    名詞,一般,*,*,*,*,亜鉛,アエン,アエン    O
 化合    名詞,サ変接続,*,*,*,*,化合,カゴウ,カゴー        O
 物      名詞,接尾,一般,*,*,*,物,ブツ,ブツ       O
 として  助詞,格助詞,連語,*,*,*,として,トシテ,トシテ     O
 * 32 34D 1/1 0.066189
 沈着    名詞,サ変接続,*,*,*,*,沈着,チンチャク,チンチャク        O
 し      動詞,自立,*,*,サ変・スル,連用形,する,シ,シ      O
 ,      記号,読点,*,*,*,*,,,,,,      O
 * 33 34D 1/2 0.030409
 象牙    名詞,一般,*,*,*,*,象牙,ゾウゲ,ゾーゲ    O
 細管    名詞,一般,*,*,*,*,細管,サイカン,サイカン        O
 を      助詞,格助詞,一般,*,*,*,を,ヲ,ヲ O
 * 34 35D 0/0 0.000000
 填      動詞,自立,*,*,五段・ラ行,体言接続特殊2,填る,ハマ,ハマ  O
 * 35 -1D 1/1 0.000000
 塞      名詞,一般,*,*,*,*,*     O
 する    動詞,自立,*,*,サ変・スル,基本形,する,スル,スル  O
 EOS


***リンク [#hd6a5240]
-[[日本医薬品情報学会>http://www.jasdi.jp/]]~
[[論文誌を発行し始めたばかり:http://www.jstage.jst.go.jp/browse/jjdi/-char/ja]]
-[[東大 澤田康文:]]
-[[東大 澤田康文(寄附講座?):http://www.f.u-tokyo.ac.jp/~druginfo/]] <「医薬品ライフタイムマネジメント(Drug Lifetime Management、DLM)」を遂行するための「医薬品情報学(Drug Informatics)」の学問体系の確立≫ ということで、少し方向が違うかな?
-[[慶應 望月眞弓:http://www.pha.keio.ac.jp/laboratory/laboratory23.html]]
-[[千葉大 上田志朗:http://www.p.chiba-u.ac.jp/lab/jyoho/index_japanese.html]]
-[[昭和 加藤裕久:http://www10.showa-u.ac.jp/~pharm/labo/labo20.html]]

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