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*breseq Multi-Isolate その2 2017-04-01 [#q5cce2f2]

DDBJから、multi-isolateのプロジェクトを探して、breseq処理をしてみる、の続き

出発点は、multi-isolateだと変異の同定が難しいのではないか、と言う疑問。


**PRJDB4303のデータをマップしてみる [#je03e967]

[[DRASearch:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/query?keyword=PRJDB4303&show=20]] の結果、たくさんのサンプルがあることが分かる。

そもそも元の実験の記述を[[DRA004267.study.xml:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004267/DRA004267.study.xml]] で見ると、

Recent rapid increase in ESBL-producing Enterobacteriaceae isolate is closely related to the emergence and worldwide spread of Escherichia coli ST131 clone. Of the ST131 clone, CTX-M-15-producing H30Rx subclone has been identified as the responsible subclone of this pandemic. In this study, we investigated clinical ESBL-producing E. coli ST131 isolates in Japan using whole genome sequencing and comaparative genomic analysis to define responsible subclones spread in Japan.

ということなので、まあいいかな、と。
論文は [[Global Escherichia coli Sequence Type 131 Clade with blaCTX-M-27 Gene:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5088012/]] で、

One of the surveillance programs collected ESBL-producing E. coli isolates during 2001–2010 at 10 acute-care hospitals in the Kyoto and Shiga prefectures of Japan (6); the other program collected all E. coli isolates during December 2014 at 10 acute-care hospitals in the 5 prefectures in central Japan. ST131 isolates were identified by PCR specific for mdh and gyrB alleles, O25b or O16 rfb variants, fimH allele, and H30Rx status (6). The selection process of the Japanese ST131 ensured equal representation by geographic location, specimen type, and date of isolation.

We used the Nextera XT DNA sample preparation kit (Illumina, San Diego, CA, USA) to prepare libraries for sequencing. Samples were multiplexed and sequenced on an Illumina MiSeq for 600 cycles (300-bp paired-end) or NextSeq500 for 300 cycles (151-bp paired-end). The ST131 genomes were sequenced at an average depth of 44.03 (SD ± 14.70) and an average coverage of 97.73% (SD ± 0.93%) using the 5,109,767-bp EC958 chromosome as previously described (16).

ということなのだけれど、勉強不足で、良くは分からないです。

***リードデータのダウンロード [#fb84eabe]
[[DRASearch:http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/query?keyword=PRJDB4303&show=20]] の DRA004266.experiment.xml の行から、Accessionのリンクをたどる。まとめて見るには [[ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/:ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/]] が簡単かも。

それぞれのDRXのリンクの先にFASTQのリストが(2つずつ)貼ってあるので、それらをダウンロードする。
 wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045886/DRR050994_1.fastq.bz2
 wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045886/DRR050994_2.fastq.bz2
 wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045887/DRR050995_1.fastq.bz2
 wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045887/DRR050995_2.fastq.bz2
 wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045888/DRR050996_1.fastq.bz2
 wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/DRX045888/DRR050996_2.fastq.bz2

これも大変なので、まとめてwgetしてしまおう。
 wget -r ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA004/DRA004266/

**FastQCとBreseq [#d1031981]


| DRR050994 | [[DRR050994_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050994_1_fastqc.html]] | [[DRR050994_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050994_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050994-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050994-ST131-output]] |
| DRR050995 | [[DRR050995_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050995_1_fastqc.html]] | [[DRR050995_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050995_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050995-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050995-ST131-output]] |
| DRR050996 | [[DRR050996_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050996_1_fastqc.html]] | [[DRR050996_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050996_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050996-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050996-ST131-output]] |
| DRR050997 | [[DRR050997_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050997_1_fastqc.html]] | [[DRR050997_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050997_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050997-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050997-ST131-output]] |
| DRR050998 | [[DRR050998_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050998_1_fastqc.html]] | [[DRR050998_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050998_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050998-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050998-ST131-output]] |
| DRR050999 | [[DRR050999_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050999_1_fastqc.html]] | [[DRR050999_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050999_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050999-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR050999-ST131-output]] |
| DRR051000 | [[DRR051000_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051000_1_fastqc.html]] | [[DRR051000_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051000_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051000-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051000-ST131-output]] |
| DRR051001 | [[DRR051001_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051001_1_fastqc.html]] | [[DRR051001_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051001_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051001-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051001-ST131-output]] |
| DRR051002 | [[DRR051002_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051002_1_fastqc.html]] | [[DRR051002_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051002_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051002-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051002-ST131-output]] |
| DRR051003 | [[DRR051003_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051003_1_fastqc.html]] | [[DRR051003_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051003_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051003-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051003-ST131-output]] |
| DRR051004 | [[DRR051004_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051004_1_fastqc.html]] | [[DRR051004_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051004_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051004-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051004-ST131-output]] |
| DRR051005 | [[DRR051005_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051005_1_fastqc.html]] | [[DRR051005_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051005_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051005-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051005-ST131-output]] |
| DRR051006 | [[DRR051006_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051006_1_fastqc.html]] | [[DRR051006_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051006_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051006-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051006-ST131-output]] |
| DRR051007 | [[DRR051007_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051007_1_fastqc.html]] | [[DRR051007_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051007_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051007-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051007-ST131-output]] |
| DRR051008 | [[DRR051008_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051008_1_fastqc.html]] | [[DRR051008_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051008_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051008-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051008-ST131-output]] |
| DRR051009 | [[DRR051009_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051009_1_fastqc.html]] | [[DRR051009_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051009_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051009-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051009-ST131-output]] |
| DRR051010 | [[DRR051010_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051010_1_fastqc.html]] | [[DRR051010_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051010_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051010-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051010-ST131-output]] |
| DRR051011 | [[DRR051011_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051011_1_fastqc.html]] | [[DRR051011_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051011_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051011-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051011-ST131-output]] |
| DRR051012 | [[DRR051012_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051012_1_fastqc.html]] | [[DRR051012_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051012_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051012-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051012-ST131-output]] |
| DRR051013 | [[DRR051013_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051013_1_fastqc.html]] | [[DRR051013_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051013_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051013-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051013-ST131-output]] |
| DRR051014 | [[DRR051014_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051014_1_fastqc.html]] | [[DRR051014_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051014_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051014-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051014-ST131-output]] |
| DRR051015 | [[DRR051015_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051015_1_fastqc.html]] | [[DRR051015_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051015_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051015-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051015-ST131-output]] |
| DRR051016 | [[DRR051016_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051016_1_fastqc.html]] | [[DRR051016_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051016_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051016-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051016-ST131-output]] |
| DRR051017 | [[DRR051017_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051017_1_fastqc.html]] | [[DRR051017_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051017_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051017-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051017-ST131-output]] |
| DRR051018 | [[DRR051018_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051018_1_fastqc.html]] | [[DRR051018_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051018_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051018-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051018-ST131-output]] |
| DRR051019 | [[DRR051019_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051019_1_fastqc.html]] | [[DRR051019_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051019_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051019-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051019-ST131-output]] |
| DRR051020 | [[DRR051020_1_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051020_1_fastqc.html]] | [[DRR051020_2_fastqc:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051020_2_fastqc.html]] | [[breseq with REL606の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051020-output]] | [[breseq with ST131の結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/DRR051020-ST131-output]] |
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***ST131のマップ済みgenome sequenceを探す [#p208943a]
[[この辺:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject?LinkName=biosample_bioproject&from_uid=2726231]] から [[この辺:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/244447]] を見て [[この辺:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCA_000681435.1]] で探す。

最終的に [[/genomes/all/GCA/000/681/435/GCA_000681435.1_IEH71520_1.0 のインデックス:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/681/435/GCA_000681435.1_IEH71520_1.0]] で、 [[GCA_000681435.1_IEH71520_1.0_genomic.gbff.gz:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/681/435/GCA_000681435.1_IEH71520_1.0/GCA_000681435.1_IEH71520_1.0_genomic.gbff.gz]] をダウンロード。

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