[[山内の授業のページ]]~
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&color(red){12/19(金)は計算機演習を行うので、3号館1階計算機室に集合してください};

**2008年秋学期 情報科学講究II バイオインフォマティクス入門 [#n6e6725c]
金曜日 2限

***授業の目的 [#i39d8213]
このクラスでは、情報科学の眼から見たバイオインフォマティクス(生命科学への情報科学・情報処理の応用)を概観し、およそどのような分野であるか、またどのような情報科学・技術が求められてきたのか、を理解する。その最終目的は、情報技術者としての応用分野との関わり方を、生命科学を例題分野として、掴み取ることである。

***前提知識 [#w624b5ac]
-生命科学についての予備知識は、高校の生物や啓蒙書レベルの程度を求める。
-情報科学・情報処理についての予備知識は、情報科学科3年生としてのレベルを求める。アルゴリズムとはどのようなものかを理解していること、アルゴリズムをプログラム化できること、コンピュータおよびネットを操作できることなど。

***授業の進め方・評価・教科書などについて [#ge1135c8]
教科書:特に指定しない~
参考書:「バイオインフォマティクス基礎講義」A.M.Lesk、岡崎康司他訳、MEDSi 4-89592-343-6~
「バイオインフォマティクス入門」J.C.Setubal他、五条堀孝他訳、共立出版 4-320-05580-2~
その他、授業中に必要に応じて紹介する。

評価~
中間レポート(3回、各20点、計60点)、期末レポート(40点)の合計点を評価とする。

オフィス・アワー~
山内:月曜日3・5限、火曜日4・5限(4541教室)(実験・会議のない週に限る、[[予定表>山内のサイト]]を参照のこと)~
吉田:月曜日16:20〜17:00、水曜日14:40〜17:00、金曜日14:40〜17:00(4641教室)

***授業スケジュール [#xabbd469]
シラバスから若干の変更があるので注意。

|回|日|テーマ|内容|資料|
| 1| 9/19| バイオインフォマティクス | (分子)生物学の概観、情報処理とのかかわり |&ref(bif08_1.pdf); &ref(bif07_ref.pdf);|
| 2| 9/26| ゲノムとデータベース | ゲノム解析へのコンピュータやネットの貢献 |&ref(bif08_2.pdf); |
| 3|10/03| 配列(1) | (吉田先生)相同性の分析 ||
| 4|10/10| 配列(2) | (吉田先生)ダイナミックプログラミング ||
| 5|10/17| 生物分類と配列 | 距離とクラスタ分析 |&ref(bif08_5.pdf); &ref(highschool08.pdf);|
| 6|10/24| 計算機演習1 | 配列解析・CLUSTAL-W演習 |&ref(bif08_6_enshuu.doc);   &ref(bif08_6_enshuu.pdf);   &ref(hemoglobin_fasta.txt); &ref(myoglobin_fasta.txt); &ref(lysozyme_fasta.txt);  [[ノート/分子進化学]]|
| 7|10/31| タンパク質の構造と機能 | 構造の分類、機能との関連、構造決定/推定技術概論 |&ref(bif07_7.pdf); &ref(bif07_7.ppt);|
| 8|11/14| タンパク質の構造と機能 | 構造推定技術、動力学的分子モデル、ヒューリスティックな分析 |&ref(bif07_8.pdf);&ref(bif07_8.ppt);|
| 9|11/21| %%構造分析演習%% 創薬と情報科学 |  |&ref(bif07_9_enshuu2.pdf);|
|10|11/28| %%創薬と情報科学%% 遺伝子多型(SNP)とテーラーメード医療 |  ||
|11|12/05| %%遺伝子多型(SNP)とテーラーメード医療%% パスウェイ情報と生物シミュレーション |  ||
|12|12/12| %%パスウェイ情報と生物シミュレーション%% 文献情報とテキストマイニング |  |&ref(bif08_13_enshuu2.doc);   &ref(bif08_13_enshuu2.pdf);|
|13|12/19| %%文献情報とテキストマイニング%% 計算機演習2 |タンパクの構造  ||
|12|12/12| %%パスウェイ情報と生物シミュレーション%% 文献情報とテキストマイニング |  ||
|13|12/19| %%文献情報とテキストマイニング%% 計算機演習2 |タンパクの構造  |&ref(bif08_13_enshuu2.doc);   &ref(bif08_13_enshuu2.pdf);|
|14|01/09| 演習(未定) |||

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