[[山内の授業のページ]]~
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12/18 &color(red){【期末レポート課題】};  今日の授業で、期末レポート課題をアナウンスしました。⇒ &ref(bif09_final.pdf);
12/18 &color(red){【期末レポート課題】};  今日の授業で、期末レポート課題をアナウンスしました。⇒ &ref(bif09_final.pdf);    なお、1/8はレポート作成のための自習とします。

11/20 【レポート課題3を追加】 今日の授業で予告した「レポート課題3」(系統樹アルゴリズムのプログラミング)の内容を、第8回「進化系統樹(2)」のページに掲載しました。入力ファイルをアップしたと同時に、出力の表示プログラム(ダウンロードして使う)についても触れておきました。不明の点はメール等で質問してください。締切は12/04とします。

**2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論 [#l42131d4]
金曜日 1限

&color(red){【注意】 4月配布のシラバスの内容から多少変更があるので、よく注意すること};

***授業の目的 [#v2086850]
このクラスでは、情報科学の眼から見たバイオインフォマティクス(生命科学への情報科学・情報処理の応用)を概観し、およそどのような分野であるか、またどのような情報科学・技術が求められてきたのか、を理解する。その最終目的は、情報技術者としての応用分野との関わり方を、生命科学を例題分野として、掴み取ることである。

***前提知識 [#oc66276c]
-生命科学についての予備知識は、最低限として高校の生物や啓蒙書レベルの程度を求める。授業の進展につれて、興味を持っていろいろな本を読んで欲しい。
-情報科学・情報処理についての予備知識は、情報科学科3年生としてのレベルを求める。アルゴリズムとはどのようなものかを理解していること、アルゴリズムをプログラム化できること、コンピュータおよびネットを操作できることなど。授業で扱う特定のアルゴリズムについては、特に前提知識は不要である。

***授業スケジュール(as of 2009/09/18) [#c3cffa3c]
シラバスから若干の変更があるので注意。~

|回|日|テーマ|内容|教科書|
| 1|09/25| バイオインフォマティクス総論 | (分子)生物学の概観、情報処理 |第1章|
| 2|10/02| [[配列アラインメント(1)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第2回]] | ペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント | 2.1〜2.4 |
| 3|10/09| [[配列アラインメント(2)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第3回]] | ペアワイズアラインメント・ローカルアラインメント | 2.1〜2.4 |
| 4|10/16| [[配列アラインメント(3)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第4回]] | ホモロジー検索・マルチプルアラインメント | 2.5〜2.6 |
| 5|10/23| [[配列解析(1)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第5回]] | モチーフ・HMM・カーネル法 | 3.1〜3.3 |
| 6|10/30| [[配列解析(2)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第6回]] | ゲノム配列推定・ゲノム再構成 | 3.4〜3.5 |
| 7|11/13| [[進化系統樹推定(1)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第7回]] | 系統樹・距離行列法 | 4.1〜4.3 |
| 8|11/20| [[進化系統樹推定(2)>山内の授業のページ/09秋/バイオインフォマティクス基礎論/第8回]] | 最節約法・進化の確率モデル・評価と比較 | 4.4〜4.6 |
| 9|11/27| 高次構造解析(1) | RNA2次構造予測・構造比較 | 5.1〜5.2|
|10|12/04| 高次構造比較(2) | タンパク質立体構造予測 | 5.3 |
|11|12/11| ネットワーク解析(1) | 遺伝子発現解析・遺伝子ネットワーク | 6.1〜6.2 |
|12|12/18| ネットワーク解析(2) | タンパク相互作用推定・ネットワーク構造解析 | 6.3〜6.4 |
|13|01/08| 文献情報とテキストマイニング |  |  |
|14|01/15| (未定) |||


***授業の進め方・評価・教科書などについて [#hc83eb4d]
授業の進め方:
-事前に教科書等で予習し(スケジュール表テーマ欄リンク先に設問あり)、用語や概念など一通りを理解してから出席すること。分からなければ授業の中で質問すること。
-プログラミング課題がある。C言語・Javaなど得意な言語でプログラムを作成し、結果を提出すること。


教科書: (シラバスより変更あり)
-「バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム」 阿久津達也著 共立出版 4-320-12178-2 3,000円

参考書: いずれも、図書館にある。その他、授業中に必要に応じて紹介する。
-「バイオインフォマティクス基礎講義」A.M.Lesk、岡崎康司他訳、MEDSi 4-89592-343-6
-「バイオインフォマティクス入門」J.C.Setubal他、五条堀孝他訳、共立出版 4-320-05580-2

評価 (シラバスより変更あり)
-中間課題レポート(15点×4分野=60点)、期末レポート(40点)の合計点を評価とする。
-これらのレポートは3年後期の学生として恥じない、形式・内容共に十分に質の高いことを要求する。

オフィス・アワー
-当面は金2限(4号館5階 4541室)  [[週間予定>山内のサイト]] と [[その日の予定:http://www.google.com/calendar/embed?src=del681f17urk1auo7hp2bort0s%40group.calendar.google.com&pvttk=fa261f92a65990b8a8f20bc4a274558e]] を参照のこと~

メモ: [[清水謙多郎先生の資料:http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/bio/index-bio.html]]

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