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**2009年秋学期 バイオインフォマティクス基礎論第4回  配列アラインメント(3) [#i3c8b19c]
ホモロジー検索、マルチプルアラインメント
***予習問題 [#k0774604]
+教科書の2.5を読んで、ホモロジー検索とはどういうことか・何をすることか説明せよ。特に、配列のアラインメントと何が違うのかを説明せよ。
+教科書p40のFASTAの動作原理に加えて、必要であれば[[このFASTAアルゴリズムの説明:http://www.genome.jp/Japanese/lect/13-05.html]]を読んで、前回に見たペアワイズのアラインメントとどう違うのか、説明せよ。
+教科書p41のBLASTの動作原理に加えて、必要であれば[[このBLASTアルゴリズムの説明:http://www.genome.jp/Japanese/lect/13-06.html]]を読んで、前回に見たペアワイズのアラインメントとどう違うのか、FASTAアルゴリズムとどう違うのか、説明せよ。
+PSI-BLASTの説明に加えて、必要であればこの説明(A.M.Lesk著 バイオインフォマティクス基礎講義 pp.201-203)&ref(PSI-BLAST.pdf);を読んで、動作原理を説明せよ。
+教科書2.3の線形領域アラインメントの内容をまとめよ
+教科書2.4.1で、アミノ酸の配列とは何か、今まで見てきた遺伝子配列と何が違うか、どういう関係か、説明せよ
+アミノ酸aがアミノ酸bに置換されるとは、どういうことか
+スコア行列の導出とは何か、説明せよ
+PAM(Percent Accepted Mutation)行列について、他の文献を見て、どういう(生物学的)理屈で導出されたかを理解せよ たとえば[[http://arep.med.harvard.edu/seqanal/submatrix.html]]、 [[http://trans.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~mano/bio/part1/part1.html]]
+同様のことを、BLOSSUM行列についても行え。
+教科書2.6、2.6.1のマルチプルアラインメントが、ペアワイズアラインメントやデータベースからのアラインメントに比べて、何が違うのか説明せよ。
+教科書2.6.3のツリーベース法についてp48-49の説明を読んで、およそのイメージを説明せよ。p48のリストにある近隣結合法や進化系統樹構成法は未出であるので、イメージでよい。



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