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*breseqその２ 2017-03-24 [#y6f8e363]
breseqのHPの[[チュートリアルセクションーClonal Samplesを参照しつつ:http://barricklab.org/twiki/pub/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing/documentation/tutorial_clones.html]]
** Download data filesのRead filesのところ [#fd6335a5]
we’re going to use Illumina genome re-sequencing data from E. coli strains that evolved for up to 40,000 generations in population Ara-3 from the Lenski long-term evolution experiment [Blount2011].
元のTutorialでは、
Accession Clone Description
SRR098289 ZDB564 Cit+ clone isolated at generation 31,500
SRR098042 ZDB172 Cit+ clone isolated at generation 32,000
SRR098040 ZDB143 Cit+ clone isolated at generation 32,500
SRR097977 CZB152 Cit+ clone isolated at generation 33,000
SRR098026 CZB154 Cit+ clone isolated at generation 33,000
SRR098034 ZDB83 Cit+ clone isolated at generation 34,000
を扱っている。これらを一通りチェックしてみたい。
**チュートリアルにある元のデータの解析 [#me824f8f]
ダウンロード
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098289/SRR098289.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098042/SRR098042.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098040/SRR098040.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR097/SRR097977/SRR097977.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098026/SRR098026.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098034/SRR098034.fastq.gz
FastQCでチェックしてみる
fastqc *.gz
処理結果として SRR098289_fastqc.htmlなどが得られる。更にbreseqで解析した結果が得られる。
| FastQC 出力結果 | breseq 実行結果 |
|[[SRR098289_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098289_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098289_output/]]|
|[[SRR098042_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098042_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098042_output/]]|
|[[SRR098040_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098040_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098040_output/]]|
|[[SRR097977_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR097977_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR097977_output/]]|
|[[SRR098026_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098026_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098026_output/]]|
|[[SRR098034_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098034_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098034_output/]]|
FastQCでの評価を見ると、結構品質が不十分なデータがあることが分かる。
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*breseqその２ 2017-03-24 [#y6f8e363]
breseqのHPの[[チュートリアルセクションーClonal Samplesを参照しつつ:http://barricklab.org/twiki/pub/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing/documentation/tutorial_clones.html]]
** Download data filesのRead filesのところ [#fd6335a5]
we’re going to use Illumina genome re-sequencing data from E. coli strains that evolved for up to 40,000 generations in population Ara-3 from the Lenski long-term evolution experiment [Blount2011].
元のTutorialでは、
Accession Clone Description
SRR098289 ZDB564 Cit+ clone isolated at generation 31,500
SRR098042 ZDB172 Cit+ clone isolated at generation 32,000
SRR098040 ZDB143 Cit+ clone isolated at generation 32,500
SRR097977 CZB152 Cit+ clone isolated at generation 33,000
SRR098026 CZB154 Cit+ clone isolated at generation 33,000
SRR098034 ZDB83 Cit+ clone isolated at generation 34,000
を扱っている。これらを一通りチェックしてみたい。
**チュートリアルにある元のデータの解析 [#me824f8f]
ダウンロード
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098289/SRR098289.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098042/SRR098042.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098040/SRR098040.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR097/SRR097977/SRR097977.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098026/SRR098026.fastq.gz
wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR098/SRR098034/SRR098034.fastq.gz
FastQCでチェックしてみる
fastqc *.gz
処理結果として SRR098289_fastqc.htmlなどが得られる。更にbreseqで解析した結果が得られる。
| FastQC 出力結果 | breseq 実行結果 |
|[[SRR098289_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098289_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098289_output/]]|
|[[SRR098042_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098042_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098042_output/]]|
|[[SRR098040_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098040_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098040_output/]]|
|[[SRR097977_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR097977_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR097977_output/]]|
|[[SRR098026_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098026_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098026_output/]]|
|[[SRR098034_fastqc.html:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098034_fastqc.html]]|[[breseq結果:http://ginger.yy.is.sci.toho-u.ac.jp/~yamanouc/NGS2017/SRR098034_output/]]|
FastQCでの評価を見ると、結構品質が不十分なデータがあることが分かる。
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![[Toho University]](image/CLogo_Kihon_process.jpg "[Toho University]")
![[YYLAB]](image/yamanouc2.png "[YYLAB]")
